Bên cạnh các tác động tích cực, việc bảo hộ sáng chế dược phẩm cũng có những tác động tiêu cực nhất định đến sự phát triển của xã hội, đặc biết đối với các nước đang phát triển vì:
Thứ nhất, việc trao chủ sở hữu các độc quyền đối với sáng chế dược phẩm, dù là tạm thời đã hàm chứa khả năng làm tăng vị thế độc quyền của chủ sở hữu sáng chế dược phẩm, từ đó làm tăng giá thành sản phẩm được sản xuất theo sáng chế hoặc quy trình được bảo hộ. Trong suốt thời hạn được bảo hộ sáng chế, việc khơng có sản phẩm cạnh tranh sẽ tạo vị thế độc quyền cho người nắm độc quyền sáng chế để khai thác tối đa các quyền của mình. Điều đó có nghĩa là các độc quyền về mặt pháp lý của chủ sở hữu sáng chế có thể trở thành các độc quyền kinh tế. Có rất nhiều yếu tố ảnh hưởng đến giá của sản phẩm trong đó cạnh tranh là một yếu tố quan trọng. Nhiều cơng trình nghiên cứu đã phân tích sự tác động của việc bảo hộ sáng chế đối với giá sản phẩm và chỉ ra sự độc quyền, khơng có cạnh tranh là nguyên nhân chính dẫn đến giá sản phẩm cao. Bên cạnh đó, các chi phí khơng nhỏ cho việc bảo hộ sáng chế (chi phí cho việc xác lập quyền đối với sáng chế, cho việc duy trì bằng độc quyền sáng chế, cho việc thực thi quyền trên thực tế…) chắc chắn sẽ được cộng vào giá sản phẩm, góp phần làm tăng giá sản phẩm. Trong lĩnh vực dược phẩm, một nghiên cứu về tình huống của Ấn Độ trong việc bảo hộ sáng chế dược phẩm theo quy định của Hiệp định TRIPS, tập trung vào 20 loại thuốc cho thấy ước tính giá của các sản phẩm này tại Ấn Độ có thể tăng từ 0 đến 64% với chi phí khoảng 33 triệu USD, tương đương với 3% doanh số bán thuốc tại Ấn Độ [32,
tr.206]. Hội nghị của Liên hợp quốc về thương mại và phát triển (UNCTAD) cũng nhấn mạnh: “Các nghiên cứu hiện hành ước tính việc bảo hộ sáng chế dược phẩm tại các quốc gia đang phát triển có thu nhập trung bình hoặc thấp sẽ làm tăng giá thuốc từ 12% đến 200%, từ đó sẽ ảnh hưởng đến sự tiếp cận y tế ở những quốc gia này” [54]. Ngay tại các quốc gia phát triển, ví dụ như Hoa Kỳ, báo cáo của WTO cũng chỉ ra rằng: “Khi bằng độc quyền sáng chế hết hiệu lực, giá thuốc bán sỉ tại Hoa Kỳ sẽ giảm xuống còn khoảng 60% khi chỉ có một nhà cạnh tranh sản xuất thuốc đồng dạng, giảm xuống cịn 29% khi có mười nhà cạnh tranh” [35].
Bên cạnh đó, nếu khơng có sự kiểm sốt đúng mức, chủ sở hữu sáng chế có thể lạm dụng độc quyền sáng chế của mình để hạn chế số lượng sản phẩm đưa ra thị trường hoặc giá bán sản phẩm. Ngồi ra, người nắm độc quyền sáng chế cũng có thể lạm dụng các quyền độc quyền sáng chế để ngăn cản bên thứ ba tạo ta sáng chế mới hoặc sử dụng sáng chế đó. Điều này gây ảnh hưởng đến sự phát triển kinh tế, xã hội. Thứ hai, chi phí cho việc xây dựng và vận hành hệ thống sáng chế dược phẩm, bao gồm từ việc xây dựng và đổi mới pháp luật sáng chế thiết lập và vận hành các cơ quan đang ký sáng chế, cơ quan bảo vệ quyền đối với sáng chế, xây dựng nguồn nhân lực trong lĩnh vực này…khá lớn. Trong khoảng thời gian từ những năm 1850 - 1873, hệ thống sáng chế đã bị chỉ trích tốn kém về chi phí và khơng hiệu quả và đây là một trong những lý do dẫn đến sự phản đối bảo hộ sáng chế trong thời gian này. Hiện nay, chi phí cho hệ thống sáng chế dược phẩm vẫn được coi là khá lớn. Điều này có thể tạo gánh nặng về tài chính cho các quốc gia có thu nhập trung bình hoặc thu nhập thấp.
Thực tiễn áp dụng bảo hộ sáng chế cho dược phẩm tại các quốc gia cho thấy, việc bảo hộ sáng chế dược phẩm sẽ làm tăng giá sản phẩm, giảm số lượng sản phẩm góp phần làm giảm khả năng tiếp cận đối với các sản phẩm thiết yếu cho nhu cầu của người dân, gây khó khăn cho chính phủ giải quyết nhu cầu của xã hội, đặc biệt tại các quốc gia có thu nhập trung bình và thấp. Sẽ gây nên hành vi lạm dụng độc quyền của người nắm độc quyền sáng chế gây khó khăn trong việc giải quyết các vấn đề cấp thiếp của xã hội và vấn đề an ninh quốc gia.
Dưới góc độ của ngành cơng nghiệp dược phẩm, việc ấn định và thay đổi giá dược phẩm được xem là thuộc quyền tự do kinh doanh của doanh nghiệp, phản ánh
quy luật cung cầu của thị trường. Đối với các dược phẩm mới phát minh còn trong thời hạn được bảo hộ theo pháp luật sáng chế, các công ty dược với tư cách là chủ sở hữu sáng chế có quyền ngăn cấm người khác sử dụng sáng chế; có thể sản xuất ra dược phẩm theo sáng chế và bán với giá cao nhằm thu hồi chi phí đầu tư nghiên cứu, phát triển và thương mại hóa thành quả của sáng tạo đó. Tuy nhiên, dưới góc độ của người bệnh, nhất là những người bị các bệnh hiểm nghèo, phải điều trị trong thời gian dài, giá thuốc cao cản trở q trình chữa bệnh của họ, khiến tính mạng của họ có thể bị đe dọa. Ngồi ra, nếu phải chi trả một số tiền lớn cho thuốc chữa bệnh trong thời gian dài có thể đẩy bệnh nhân và gia đình của họ vào tình trạng đói nghèo.
Thứ ba, bảo hộ sáng chế cho dược phẩm sẽ ảnh hưởng rất lớn đến nhu cầu thiết yếu của con người, xã hội và mục tiêu an ninh quốc gia.
Các phân tích trên cho thấy bảo hộ sáng chế dược phẩm mang lại rất nhiều lợi ích cho việc phát triển kinh tế, xã hội. Tuy nhiên, trong ngắn hạn việc bảo hộ sáng chế ở mức độ cao có thể có những tiêu cực nhất định tới các quốc gia đang phát triển, đặc biệt các vấn đề an sinh xã hội như y tế, môi trường, an ninh lương thực. Điều này địi hỏi có một hành lang pháp lý thích hợp nhằm khai thác tối đa các lợi ích mà hệ thống sáng chế mang lại, đồng thời giảm bớt các tác động tiêu cực của hệ thống này.