Đổi mới mụ hỡnh tổ chức hệ thống tũa ỏn theo hai cấp xột xử cú thể coi là tiền đề tổ chức và là điều kiện chung cho việc thực hiện cỏc mục tiờu của cải cỏch tƣ phỏp. Tuy nhiờn, nếu phƣơng thức vận hành hệ thống tũa ỏn cựng với cỏc thủ tục ỏp dụng trong hoạt động của tũa ỏn khụng đƣợc đổi mới đồng bộ với tổ chức thỡ cỏc yờu cầu của cải cỏch nhƣ tớnh độc lập, nghiờm minh, cụng bằng, dõn chủ và hiệu quả của hoạt động xột xử - khõu trung tõm của hoạt động tƣ phỏp, chắc chắn sẽ khụng thể đạt đƣợc.
Nhƣ đó phõn tớch ở Chƣơng 1, sự độc lập của tũa ỏn thể hiện ở ba mối quan hệ - độc lập của tũa ỏn với cỏc yếu tố tỏc động ngoài hệ thống tũa ỏn; độc lập giữa cỏc cấp tũa ỏn trong hệ thống tũa ỏn và độc lập giữa cỏc thẩm phỏn, hội thẩm với nhau và với sự điều hành hành chớnh ngay trong một tũa ỏn.
Xột từ cỏc yếu tố ngoài hệ thống tũa ỏn, vấn đề cốt lừi hiện nay là xử lý đỳng đắn mối quan hệ giữa tũa ỏn với cấp ủy Đảng và chớnh quyền địa phƣơng cựng cấp, lƣu ý điểm mới là tũa ỏn sẽ đƣợc tổ chức theo cấp xột xử,
đƣợc điểm dừng thớch hợp, cần thiết nhằm đảm bảo tũa ỏn độc lập trong việc thực hiện chức năng xột xử nhƣng khụng trở thành một hệ thống khộp kớn trƣớc sự giỏm sỏt của nhõn dõn - ngƣời chủ thực sự của quyền lực tƣ phỏp.
Trƣớc tiờn, đú là việc đổi mới nội dung, phƣơng thức giỏm sỏt của cơ quan đại biểu nhõn dõn địa phƣơng đối với tũa ỏn cỏc cấp, nhất là đối với cỏc tũa ỏn khu vực cú quản hạt vƣợt ra ngoài một huyện, một tỉnh theo mụ hỡnh mới. Hiện nay, việc giỏm sỏt của Hội đồng nhõn dõn đối với tũa ỏn cựng cấp đƣợc thực hiện chủ yếu qua 2 nội dung: Hội đồng nhõn dõn bầu Hội thẩm tham gia xột xử và Hội đồng nhõn dõn giỏm sỏt hoạt động của tũa ỏn (qua bỏo cỏo của Chỏnh ỏn tũa ỏn tại cỏc kỳ họp của Hội đồng nhõn dõn và qua hoạt động giỏm sỏt của đại biểu hội đồng nhõn dõn).
Về việc Hội đồng nhõn dõn bầu Hội thẩm tham gia xột xử, theo chỳng tụi trƣớc mắt, đối với cỏc tũa ỏn khu vực, trờn cơ sở cõn nhắc nhu cầu thực tiễn, Chỏnh ỏn toà ỏn khu vực sẽ kiến nghị với Chỏnh ỏn tũa ỏn tối cao việc phõn bổ số lƣợng hội thẩm hợp lý cho từng địa phƣơng thuộc quản hạt của mỡnh để trỡnh Ủy ban Thƣờng vụ Quốc hội quyết định. Hội thẩm ở địa phƣơng nào (huyện, tỉnh) vẫn do Hội đồng nhõn dõn cấp đú bầu, giỏm sỏt và cựng chịu sự quản lý của Chỏnh ỏn tũa ỏn khu vực. Về lõu dài, nờn tập trung thẩm quyền bầu hoặc giới thiệu Hội thẩm nhõn dõn về một cấp - đú là Hội đồng nhõn dõn cấp tỉnh, điều đú sẽ gúp phần đảm bảo tớnh độc lập của cỏc hội thẩm nhõn dõn khi tham gia xột xử, nhất là xột xử cỏc vụ ỏn cú liờn quan đến cỏc cơ quan cụng quyền hay cỏc quan chức trờn địa bàn cỏc huyện thuộc quản hạt của tũa ỏn khu vực.
Về mối quan hệ bỏo cỏo - giỏm sỏt của Hội đồng nhõn dõn đối với tũa ỏn, theo tụi, để trỏnh những vƣớng mắc, xung đột thẩm quyền cú thể xảy ra, Chỏnh ỏn tũa ỏn sơ thẩm khu vực chỉ phải giữ mối quan hệ bỏo cỏo cụng tỏc và chịu sự giỏm sỏt trƣớc Hội đồng nhõn dõn trờn một cấp, nghĩa là trƣớc Hội
đồng nhõn dõn cấp tỉnh. Tuy nhiờn, đõy là vấn đề cần tiếp tục nghiờn cứu đặt trong tổng thể cải cỏch bộ mỏy Nhà nƣớc để xõy dựng đƣợc một cơ chế giỏm sỏt minh bạch, hiệu quả của cơ quan đại biểu nhõn dõn đối với tổ chức và hoạt động của tũa ỏn đồng thời đảm bảo tốt hơn tớnh độc lập của tũa ỏn trong tiến trỡnh cải cỏch tƣ phỏp.
Thứ hai, đổi mới mối quan hệ lónh đạo của cấp ủy Đảng địa phƣơng đối với tũa ỏn cỏc cấp. Sự lónh đạo của Đảng đối với tũa ỏn thể hiện qua 2 nội dung chớnh - lónh đạo về chớnh trị, tƣ tƣởng và lónh đạo về tổ chức, cỏn bộ. Nếu nhƣ ở cấp vĩ mụ, Đảng lónh đạo bằng đƣờng lối, chiến lƣợc cải cỏch phỏp luật, cải cỏch tƣ phỏp thỡ trỏch nhiệm hiện nay của cỏc cấp ủy đảng địa phƣơng lại là lónh đạo cụ thể đối với đƣờng lối ỏp dụng phỏp luật của cỏc cơ quan tƣ phỏp cựng cấp núi chung, tũa ỏn núi riờng trong một số vụ ỏn cú ý nghĩa đặc biệt về mặt chớnh trị cũng nhƣ lónh đạo việc xõy dựng, thực hiện quy hoạch cỏn bộ tũa ỏn, nhất là lónh đạo việc đề xuất bố trớ cỏc chức danh lónh đạo tũa ỏn và thẩm phỏn. Theo tinh thần cải cỏch, khi tũa ỏn đƣợc tổ chức khụng hoàn toàn theo địa giới hành chớnh thỡ phƣơng ỏn hợp lý, theo tụi là giao trỏch nhiệm cho một cấp ủy đảng địa phƣơng duy nhất - đú là cơ quan đảng cấp tỉnh lónh đạo tất cả cỏc tũa ỏn đúng trờn địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ƣơng (cả Tũa sơ thẩm khu vực và Tũa phỳc thẩm).
Nội dung lónh đạo của cấp ủy đảng cũng chỉ nờn tập trung chủ yếu vào cỏc chức danh chủ chốt của tũa ỏn cỏc cấp và kiểm tra, giỏm sỏt đảng viờn thực hiện điều lệ Đảng. Tổ chức Đảng, cấp ủy Đảng trong từng cơ quan tũa ỏn, đặc biệt là đảng viờn giữ chức danh lónh đạo, chức danh tƣ phỏp phải tự chịu trỏch nhiệm độc lập trƣớc Đảng, trƣớc Nhà nƣớc và nhõn dõn về việc thực hiện nhiệm vụ xột xử theo đỳng đƣờng lối của Đảng đó đƣợc thể chế húa thành phỏp luật của nhà nƣớc. Nội dung, phƣơng thức lónh đạo của cấp ủy
hiến phỏp, phỏp luật và phải cụng khai thực hiện dƣới sự giỏm sỏt của nhõn dõn. Điều này là hoàn toàn phự hợp với yờu cầu cú tớnh chất nền tảng mà Đảng đặt ra đối với cỏc tổ chức Đảng và đảng viờn trong điều kiện Đảng lónh đạo xõy dựng nhà nƣớc phỏp quyền xó hội chủ nghĩa.
Trong nội bộ hệ thống toà ỏn, việc đổi mới phƣơng thức lónh đạo, chỉ đạo của tũa ỏn cấp trờn đối với tũa ỏn cấp dƣới theo hƣớng phõn biệt rừ quan hệ hành chớnh và quan hệ tố tụng, đề cao và tụn trọng quan hệ tố tụng giữa cỏc cấp tũa ỏn là một yếu tố quan trọng tỏc động đến tớnh độc lập của hoạt động xột xử.
Việc xỏc định lại thẩm quyển của từng cấp tũa ỏn theo hƣớng tiến tới mỗi cấp tũa chỉ cú một thẩm quyền xột xử - sơ thẩm, phỳc thẩm hay giỏm đốc thẩm, tỏi thẩm là tiền đề về tổ chức để đảm bảo rằng quan hệ giữa cỏc cấp tũa ỏn chủ yếu là quan hệ tố tụng. Tũa ỏn tối cao tập trung vào nhiệm vụ tổng kết thực tiễn xột xử, phỏt triển ỏn lệ và hƣớng dẫn thống nhất ỏp dụng phỏp luật trong hoạt động xột xử. Vỡ vậy, trong thời gian tới cần đẩy nhanh việc nghiờn cứu, làm sỏng tỏ lý luận và thực tiễn vấn đề sử dụng ỏn lệ trong hoạt động xột xử của tũa ỏn phục vụ cho việc nõng cao chất lƣợng xột xử. Việc hƣớng dẫn xột xử của Tũa ỏn tối cao phải đƣợc thể hiện bằng hỡnh thức cỏc văn bản quy phạm cú tớnh ỏp dụng chung và bằng cỏc ỏn lệ đƣợc cụng nhận nhƣ một nguồn luật bổ sung. Đồng thời nghiờn cứu việc trao cho Tũa ỏn tối cao thẩm quyền giải thớch luật và xỏc lập hiệu lực thi hành của sự giải thớch đú, ớt nhất là trong hệ thống tũa ỏn. Hiện nay, theo Hiến phỏp, chức năng giải thớch luật chỉ đƣợc giao cho Ủy ban thƣờng vụ Quốc hội nhƣng trờn thực tế hiện nay, cơ quan này gần nhƣ khụng thực hiện trỏch nhiệm này, dẫn đến cỏc cơ quan thực thi phỏp luật núi chung, tũa ỏn núi riờng gặp rất nhiều khú khăn, khụng bảo đảm tớnh thống nhất của việc ỏp dụng phỏp luật. Mọi hỡnh thức hƣớng dẫn, chỉ đạo xột xử khụng chớnh thức khỏc của tũa ỏn cấp trờn đối với tũa ỏn cấp
dƣới trong từng vụ ỏn cụ thể hiện nay thƣờng đƣợc coi là "lề lối làm việc nội bộ" đều phải đƣợc xúa bỏ, qua đú chấm dứt tỡnh trạng thỉnh thị ỏn, "ỏn bỏ tỳi" từ trƣớc khi xột xử bất chấp diễn biến khỏch quan tại phiờn tũa.
Yờu cầu phi hành chớnh húa quan hệ tố tụng giữa Chỏnh ỏn hoặc chức danh lónh đạo khỏc và cỏc thẩm phỏn trong một cơ quan tũa ỏn là một bảo đảm cho tớnh độc lập cho hoạt động xột xử. Chỏnh ỏn khi hành động với tƣ cỏch là cụng chức quản lý hành chớnh một cơ quan Nhà nƣớc cú trỏch nhiệm phõn cụng hợp lý cụng việc xột xử và tạo điều kiện thuận lợi tối đa cho cỏc thẩm phỏn độc lập tự thực hiện và tự chịu trỏch nhiệm về việc xột xử từng vụ ỏn cụ thể đó đƣợc phõn cụng. Chỏnh ỏn, Chỏnh tũa chuyờn trỏch hay bất cứ một chức danh lónh đạo hành chớnh nào đều khụng đƣợc can thiệp, chỉ đạo