Bờn cạnh những kết quả đạt được, hoạt động ỏp dụng phỏp luật trong GQKN về đất đai trờn địa bàn thành phố Hà Nội cũn nhiều hạn chế, bất cập.
Theo đỏnh giỏ của Thanh tra Chớnh phủ, trờn địa bàn thành phố Hà Nội đang tồn tại 1 vụ việc khiếu nại, tố cỏo đụng người, 13 vụ việc cỏ nhõn khiếu nại. Trong đú, đa số cỏc vụ việc liờn quan đến vấn đề đền bự, bố trớ tỏi định cư khi Nhà nước thu hồi, giải phúng mặt bằng, tranh chấp quyền sử dụng đất. Ngoài ra, cũn cú một vài đơn tố cỏo những sai phạm kinh tế làm thất thoỏt tài sản nhà nước hoặc chủ đầu tư xõy dựng khụng đỳng thiết kế gõy mất an toàn và ảnh hưởng đến quyền lợi của người dõn... Theo Phú Chủ tịch UBND thành phố Vũ Hồng Khanh nguyờn nhõn dẫn đến những khiếu nại, tố cỏo đụng người, phức tạp kộo dài thời gian qua là do nhiều vụ việc vượt quỏ
thẩm quyền của thành phố. Cú những sự vụ cả ngành Cụng an, xõy dựng, nội vụ đều cú kết luận rồi nhưng người dõn vẫn tiếp tục khiếu nại. Để giải quyết dứt điểm những tồn tại trờn cần sự vào cuộc giỳp đỡ của Trung ương và cỏc bộ, ban, ngành cú liờn quan. Theo đú, đối với những vụ việc cũn tồn đọng liờn quan đến cỏc bộ, ban, ngành nào thỡ trỡnh Thủ tướng giao cho bộ, ban, ngành đú chịu trỏch nhiệm giải quyết. Đối với những vụ việc phức tạp khỏc, Thanh tra Chớnh phủ cựng với UBND thành phố Hà Nội rà soỏt lại và thống nhất hướng giải quyết dứt điểm để người dõn hiểu, đồng tỡnh với kết luận thanh tra.
- Một số đơn vị Chủ tịch UBND quận, huyện chưa thực hiện trực tiếp dõn lónh đạo theo định kỳ.
- Trong cụng tỏc xử lý đơn thư, cũn tồn tại về việc phõn định và xử lý đơn, cũn nhầm lẫn giữa đơn khiếu nại, tố cỏo với đơn kiến nghị, phản ỏnh, đơn tiếp tố với đơn khiếu nại, phõn định thẩm quyền giải quyết tranh chấp đất đai giữa cơ quan hành chớnh với cơ quan Tũa ỏn. Nhất là cấp xó, phường, thị trấn do khụng cú cỏn bộ chuyờn trỏch nờn cụng tỏc tiếp cụng dõn và xử lý đơn, tựy từng nơi bố trớ là cỏn bộ văn phũng, cỏn bộ tư phỏp, cỏn bộ địa chớnh hoặc Ban thanh tra nhõn dõn,… và lại thường luụn thay đổi cỏn bộ nờn về nghiệp vụ xử lý đơn thư khụng được sõu, dẫn đến nhầm lẫn, chưa chớnh xỏc.
- Một số đơn vị chưa ban hành quyết định thụ lý đơn khiếu nại thuộc thẩm quyền; thời hạn GQKN cũn kộo dài, chưa tổ chức đối thoại với cụng dõn khi GQKN lần đầu theo quy định của Luật khiếu nại, tố cỏo.
Quỏ trỡnh ỏp dụng phỏp luật trong GQKN về đất đai cũn một số tồn tại như:
- Do buụng lỏng quản lý đất đai nhiều năm trước đõy nờn tỡnh hỡnh cụng dõn tranh chấp, khiếu nại, tố cỏo trong lĩnh vực đất đai phỏt sinh nhiều vụ việc phức tạp, thậm chớ nhiều vụ phỏt sinh thành "điểm núng" tụ tập thành đoàn đụng người, kộo đến cỏc cơ quan của Trung ương và UBND thành phố để gõy sức ộp.
- Do chớnh sỏch phỏp luật thay đổi, thiếu chặt chẽ, cú điểm chưa cụ thể nờn khi Nhà nước ban hành chớnh sỏch mới một số cỏn bộ chuyờn mụn khi thực hiện gặp khú khăn trong vận dụng. Vớ dụ như trong cụng tỏc đền bự giỏ đất khi di dõn giải phúng mặt bằng, người nghiờm chỉnh chấp hành đi trước thiệt thũi về vật chất người chống đối chưa nhận tiền đền bự khi cú chớnh sỏch mới ỏp dụng được đền bự cao hơn cũng dẫn đến khiếu kiện đụng người phức tạp.
- Một số nơi, vụ việc khiếu nại chậm được thụ lý xem xột và giải quyết, vẫn cũn một số vụ việc để tồn đọng, kộo dài gõy tõm lý bức xỳc cho cụng dõn.
- Hồ sơ lưu trữ của một số huyện ngoại thành cũn chưa đầy đủ và chớnh xỏc do trước đõy cỏc huyện khụng lập hồ sơ địa chớnh, khụng cú bản đồ và hồ sơ lưu trữ nờn tạo ra khú khăn trong việc tỡm và xỏc minh căn cứ để giải quyết tranh chấp khiếu nại về đất. Ngoài ra, việc phối hợp giữa cỏc cơ quan trong xỏc minh, thu thập hồ sơ và giải quyết vẫn cũn cú lỳc chưa tốt làm ảnh hưởng đến thời gian và chất lượng giải quyết của cỏc cơ quan cú thẩm quyền.
- Việc phối hợp thụng tin về tỡnh hỡnh cụng tỏc tiếp dõn, GQKN tranh chấp đất đai giữa cỏc cấp cũn hạn chế. Nhiều quyết định cú hiệu lực phỏp luật chậm được tổ chức thực hiện. Cụng tỏc quản lý nhà nước về khiếu nại cú lỳc cũn chưa thật sự chủ động, thiếu kiểm tra, đụn đốc và cú những biện phỏp nhắc nhở, xử lý những trường hợp cố ý khụng giải quyết kịp thời khiếu nại của cụng dõn và khụng chấp hành cỏc quyết định cú hiệu lực phỏp luật của cơ quan cú thẩm quyền.
- Cỏn bộ làm cụng tỏc địa chớnh và thanh tra nhất là cỏn bộ thanh tra chuyờn ngành về đất đai tại cỏc đơn vị cũn quỏ ớt nờn khú khăn trong việc giải quyết nhất là giải quyết đỳng hạn cỏc vụ việc tranh chấp, khiếu nại về đất đai phức tạp.
- í thức chấp hành phỏp luật đất đai của người dõn và cỏc tổ chức chưa cao. Thực tế tại một số nơi cú tỡnh trạng chớnh quyền địa phương quản lý chưa chặt chẽ và thiếu trỏch nhiệm nờn người dõn lấn chiếm đất cụng trong
nhiều năm, thậm chớ cũn lầm thủ tục hợp thức hoỏ số đất lấn chiếm trỏi phộp, nhiềuựng nhà kiờn cố mà khụng bị xử lý dứt điểm.
- Một số tổ chức trước đõy được giao đất và cho thuờ đất với số lượng lớn nhưng sử dụng khụng hiệu quả nờn trốn trỏnh việc nộp tiền thuờ đất, thậm chớ cú nơi, cú đơn vị cũn tự chuyển đổi dưới nhiều hỡnh thức, vi phạm Luật đất đai dẫn đến khiếu kiện của tập thể Cỏn bộ cụng nhõn viờn khi ăn chia khụng đồng đều lợi nhuận từ đất.