Thủ tục hành chớnh trong ngành Hải quan rất đa dạng, bao gồm nhiều loại thủ tục khỏc nhau. Theo số liệu thống kờ thỡ hiện tại cú tới 238 TTHC cỏc loại.
Tựy theo cỏc tiờu chớ khỏc nhau, cú thể phõn loại TTHC trong ngành Hải quan thành cỏc nhúm khỏc nhau.
Dựa vào phương thức thực hiện thủ tục thỡ cú 02 nhúm thủ tục, bao gồm:
- Thủ tục hành chớnh thực hiện theo phương thức thủ cụng (thủ tục truyền thống). Vớ dụ: TTHQ đối với hàng húa nhập khẩu thương mại; TTHQ đối với hàng húa xuất khẩu thương mại; thủ tục hủy tờ khai hải quan; thủ tục xỏc nhận thực xuất hàng xuất khẩu, TTHQ đối với hàng húa xuất nhập khẩu tại chỗ, thủ tục kiểm tra sau thụng quan tại trụ sở Tổng cục Hải quan, thủ tục xỏc nhận xuất trước hàng húa...
- Thủ tục hành chớnh thực hiện theo phương thức hiện đại (TTHQĐT, thủ tục được thực hiện dựa trờn cỏc ứng dụng của CNTT). Vớ dụ: thủ tục đăng ký tham gia TTHQĐT; TTHQĐT đối với hàng húa xuất nhập khẩu tại chỗ; TTHQĐT kiểm tra sau thụng quan; TTHQĐT ra quyết định trước...
Dựa vào quỏ trỡnh thực hiện TTHC bao gồm:
- Thủ tục thực hiện trước khi thụng quan hàng húa - Thủ tục thực hiện trong quỏ trỡnh thụng quan hàng húa - Thủ tục thực hiện sau quỏ trỡnh thụng quan hàng húa
Dựa vào đối tượng của TTHC
- Thủ tục hành chớnh thực hiện đối với hàng húa lưu thụng thuộc lĩnh vực hải quan: bao gồm hàng húa xuất khẩu, nhập khẩu, quỏ cảnh; hành lý, ngoại hối, tiền Việt Nam của người xuất cảnh, nhập cảnh; vật dụng trờn phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh quỏ cảnh; kim khớ quớ, đỏ quớ, cổ vật, văn húa phẩm, bưu phẩm, cỏc tài sản khỏc xuất khẩu, nhập khẩu, quỏ cảnh hoặc lưu giữ trong địa bàn hoạt động hải quan
- Thủ tục hành chớnh thực hiện đối với phương tiện vận tải lưu thụng thuộc lĩnh vực hải quan: bao gồm phương tiện vận tải đường bộ, đường sắt, đường hàng khụng, đường biển, đường sụng xuất cảnh, nhập cảnh, quỏ cảnh
- Thủ tục hành chớnh do cấp Tổng cục thực hiện: Thủ tục kiểm tra sau thụng quan tại trụ sở Tổng cục Hải quan và Thủ tục kiểm tra sau thụng quan tại trụ sở đơn vị được kiểm tra;
- Thủ tục hành chớnh do cấp Cục thực hiện: Kiểm tra sau thụng quan tại trụ sở Cục Hải quan tỉnh, thành phố; Kiểm tra sau thụng quan tại trụ sở doanh nghiệp;
- Thủ tục hành chớnh do cấp Chi cục thực hiện: Thủ tục hàng húa xuất khẩu, nhập khẩu; Thủ tục xỏc nhận thực xuất hàng húa; Thủ tục nhập khẩu nguyờn liệu, vật tư để sản xuất hàng xuất khẩu; Thủ tục đăng ký, điều chỉnh kiểm tra định mức nguyờn liệu vật tư và đăng ký sản phẩm xuất khẩu; Thủ tục thanh khoản tờ khai nhập sản xuất xuất khẩu...