Đây là giai đoạn củng cố danh nghĩa chủ quyền của Pháp và Việt Nam trên hai quần đảo Hoàng Sa – Trường Sa.
Sau khi Nhật Bản (một nước trong phe Phát Xít Đức, Italia và Nhật) đầu hàng vơ điều kiện qn Đồng minh, chính quyền Pháp ở Đơng Dương là người dầu tiên khơi phục sự có mặt của mình trên hai quần đảo vì theo Hiệp định 6/4/1946, “Chính nước Pháp có trách nhiệm được hưởng các quyền của
Việt Nam trong quan hệ đối ngoại” [Theo 15].
Tháng 5/1946, Pháp cho quân đổ bộ lên quần đảo Hoàng Sa và cũng năm đó, Pháp đã tiến hành đặt bia chủ quyền tại đảo Ba Bình thuộc quần đảo Trường Sa. Nhưng tại thời điểm này bắt đầu nảy sinh tranh chấp khi Trung Hoa Dân Quốc cho quân đổ bộ lên đảo Phú Lâm vào tháng 1 năm 1947 với lý do “thu hồi” các lãnh thổ của Trung Quốc. Đây là lần đầu tiên trong lịch sử tranh chấp hai quần đảo, phía Trung Quốc cho qn chiếm đóng các đảo.
Pháp đã phản đối hành động trái phép đó và cử tàu ra quần đảo Hoàng Sa. Đồng thời cũng đề nghị đưa tranh chấp ra một cơ quan tài phán quốc tế để giải quyết nhưng Trung Quốc đã khước từ.
Năm 1949, nước Cộng hoà Nhân dân Trung Hoa ra đời, quân đội của Trung Hoa Dân Quốc đã phải rút khỏi các đảo thuộc quần đảo Hoàng Sa vào tháng 5 năm 1950. Pháp tiếp tục duy trì sự có mặt của mình trên các đảo trong cụm Lưỡi Liềm thuộc quần đảo Hoàng Sa cho đến khi chính quyền Việt Nam Cộng Hồ ra đó thay thế năm 1956. Trong giai đoạn này, Trung Quốc cho rằng họ đã “thu hồi” lại các đảo trong quần đảo Hoàng Sa từ tay Nhật Bản. Tuy nhiên luận cứ này của Trung Quốc là không đúng bởi lẽ Nhật Bản đã chiếm hai quần đảo này từ tay Pháp trước chiến tranh chứ không phải là
chiếm từ Trung Quốc. Hơn nữa, nhiệm vụ giải giáp quân Nhật ở Đông Dương (cụ thể là miền Bắc Việt Nam) kết thúc từ đầu năm 1946 nhưng mãi đến tháng 12 năm 1946, Trung Quốc mới cho quân ra chiếm dóng các đảo. Và như vậy, việc Trung Quốc “giải giáp” quân Nhật là không đúng với thực tế.
Trong khi đó, ở Việt Nam sau năm 1946, Chính Phủ Bảo Đại đã ra đời. “Tháng 4 năm 1949, Hoàng Thân Bửu Lộc, Đổng lý Văn phịng chính phủ Bảo Đại, trong một cuộc nói chuyện tại Sài Gịn, khẳng định chủ quyền của Việt Nam đối với hai quần đảo Hoàng Sa – Trường Sa” [Theo 15].
Năm 1950, Pháp chính thức trao trả lại cho chính phủ Bảo đại quyền quản lý, bảo vệ hai quần đảo. Do đó, tại Hội nghị San Francisco năm 1951 đại diện chính phủ Bảo đại là Trần Văn Hữu đã lên tiếng bảo vệ chủ quyền hợp pháp của mình đối với hai quần đảo mà khơng có một quốc gia nào có ý kiến phản đối hoặc bảo lưu kể cả Trung Quốc. Như vậy chủ quyền của Việt Nam đối với hai quần đảo Hoàng Sa, Trường Sa đã được quốc tế công nhận.
Sau khi Nhật Bản và Đài Loan ký Hoà ước ngày 28/04/1952, trong cuộc tiếp xúc giữa Đại sứ Pháp ở Tôkyô là De Jean và Thứ trưởng Bộ Ngoại Giao Nhật Bản, các quan chức Nhật Bản đều khẳng định rằng điều 2 của Hoà ước Nhật Bản - Đài Loan chỉ đơn thuần xác nhận sự từ bỏ của Nhật Bản đã nêu trong Hoà ước San Francisco, Nhật Bản không hề tỏ thái độ về sự quy thuộc pháp lý hiện nay hay sự tiến triển tương lai của các lãnh thổ đó.