Trên cơ sở yêu cầu thực thi quyền SHTT theo hiệp định TRIPs, các quốc gia đều xây dựng cho mình một cơ chế giải quyết tranh chấp về SHTT phù hợp với điều kiện, đặc điểm kinh tế - xã hội của quốc gia mình. Về cơ bản, giải quyết tranh chấp về SHTT có các cơ chế sau: cơ chế giải quyết tranh chấp mang tính tài phán (bao gồm tố tụng tòa án và trọng tài); cơ chế giải quyết tranh chấp không mang tính tài phán (tham vấn, môi giới, trung gian hòa giải) và các cơ chế giải quyết khác. Trong phần này chủ yếu trình bày cơ chế giải quyết tranh chấp mang tính tài phán.
1.3.1. Cơ chế giải quyết tranh chấp về SHTT theo pháp luật Việt Nam
Pháp luật Việt Nam quy định các cơ chế giải quyết tranh chấp về quyền SHTT khá phong phú, phù hợp với thực tiễn quốc tế từ cơ chế giải quyết tranh chấp ngoài con đường tài phán (thương lượng, hòa giải…) đến cơ chế tài phán ( theo thủ tục tố tụng tại TAND, trọng tài…).
Giải quyết tranh chấp về đăng ký, xác lập quyền SHTT: Cục SHTT (Bộ Khoa học và Công nghệ), Cục Bản quyền tác giả (Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch), Văn phòng bảo hộ giống cây trồng mới (Bộ Nông nghiệp và phát triển nông
thôn) là cơ quan nhà nước có trách nhiệm cấp văn bằng độc quyền đối với các đối tượng là quyền SHCN, bản quyền đối với quyền tác giả, quyền đối với giống cây trồng. Trình tự, thủ tục để đương sự đăng ký được pháp luật quy định cụ thể trong luật SHTT và văn bản hướng dẫn liên quan. Khi không đồng ý với quyết định cấp hay không cấp văn bằng độc quyền đối với quyền SHCN, bản quyền tác giả, quyền đối với giống cây trồng mới thì người đăng ký có thể khiếu nại lên người đã ra quyết định đó. Trong trường hợp vẫn không đồng ý với quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu thì người khiếu nại hoặc có thể khiếu nại lên cấp trên trực tiếp của người giải quyết khiếu nại lần đầu hoặc khởi kiện ra tòa án hành chính có thẩm quyền. Trình tự, thủ tục tuân theo quy định của pháp luật hành chính, luật tố tụng hành chính và văn bản hướng dẫn có liên quan.
Trong giải quyết tranh chấp bằng biện pháp dân sự theo quy định thì đương đơn có thể yêu cầu TAND (tòa dân sự) cấp huyện và cấp tỉnh có thẩm quyền xét xử các tranh chấp hoặc hành vi xâm phạm liên quan đến quyền SHCN. TAND có thể xét xử các vụ việc liên quan đến khiếu kiện lạm dụng quyền SHCN, tranh chấp liên quan đến giá chuyển giao hoặc thù lao, khiếu kiện về quyền nộp đơn về tư cách tác giả, tranh chấp liên quan đến hợp đồng chuyển giao quyền sở hữu hoặc hợp đồng chuyển giao quyền sử dụng đối với đối tượng SHCN. Nguyên đơn hoặc người đại diện hợp pháp phải cung cấp chứng cứ chứng minh về quyền SHCN và hành vi xâm phạm quyền. Bị đơn có quyền bác bỏ chứng cứ, lập luận của nguyên đơn trước tòa. Theo yêu cầu của bất kì bên nào hoặc tòa án tự mình thu thập chứng cứ nếu cần thiết.
Tòa án có thể buộc chấm dứt hành vi xâm phạm, thừa nhận các quyền hợp pháp đối với các đối tượng SHCN, yêu cầu cơ quan nhà nước có thẩm quyền tiến hành các thủ tục xác lập quyền và buộc bồi thường thiệt hại.
Tòa án có quyền áp dụng các biện pháp tạm thời bao gồm: thu giữ, kê biên, niêm phong hàng hóa bị nghi ngờ xâm phạm, nguyên vật liệu hoặc phương tiện để sản
xất hoặc buôn bán hàng hóa đó; cấm thay đổi, dịch chuyển hàng hóa; cấm chuyển giao quyền sở hữu đối với các hàng hóa và nguyên vật liệu.
Biện pháp hình sự: chủ sở hữu quyền hoặc người đại diện hợp pháp có quyền đề nghị các cơ quan nhà nước có thẩm quyền ra quyết định khởi tố vụ án hình sự. Trong trường hợp vụ án được khởi tố, chủ sở hữu quyền SHTT có thể tham gia với tư cách người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan. Thông qua thủ tục này, chủ sở hữu quyền SHTT hướng tới hai mục tiêu là ngăn chặn hành vi xâm phạm và yêu cầu bồi thường thiệt hại do hành vi xâm phạm gây ra.
Bộ luật TTHS, BLHS năm 1999 (sửa đổi 2009) quy định cụ thể về thẩm quyền, trình tự, thủ tục xét xử hình sự của TAND các cấp.
1.3.2. Cơ chế giải quyết tranh chấp về SHTT theo pháp luật In-đô-nê-xi-a, Ma-lai-xi-a, Xin-ga-po và Thái Lan Ma-lai-xi-a, Xin-ga-po và Thái Lan
* Cơ chế giải quyết tranh chấp về SHTT theo pháp luật In-đô-nê-xi-a [66] Việc giải quyết tranh chấp ở In-đô-nê-xi-a được tiến hành theo nhiều cơ chế khác nhau: giải quyết tranh chấp bằng biện pháp hành chính, biện pháp dân sự, biện pháp hình sự, giải quyết tranh chấp bằng thương lượng, hòa giải và các biện pháp giải quyết tranh chấp khác.
Pháp luật In-đô-nê-xi-a cung cấp các cách thức giải quyết tranh chấp về quyền SHTT bằng biện pháp dân sự chủ yếu thuộc thẩm quyền của tòa án thương mại. Chủ sở hữu hoặc người đại diện hợp pháp có quyền khởi kiện ra tòa án thương mại khi quyền sở hữu tài sản trí tuệ của mình bị xâm phạm.
Đối với giải quyết tranh chấp bằng biện pháp hình sự được tiến hành khi chủ sở hữu quyền có một khiếu nại chính thức gửi tòa án có thẩm quyền hoặc cơ quan có thẩm quyền tự mình tiến hành các hoạt động TTHS dù có khiếu nại hay không có khiếu nại. Tất cả các vụ án hình sự được xét xử bởi các tòa án chung theo thủ tục sở thẩm và được xét xử phúc thẩm khi bị kháng cáo và có thể được xem xét theo thủ tục giám đốc thẩm.
* Cơ chế giải quyết tranh chấp về SHTT theo pháp luật Ma-lai-xi-a [68] Các tranh chấp về SHTT ở Ma-lai-xi-a được giải quyết bằng các cơ chế khác nhau như kiện dân sự, biện pháp hình sự, hành chính và các biện pháp giải quyết tranh chấp khác.
Biện pháp kiện dân sự: chủ sở hữu quyền gửi một đơn khiếu nại tới tòa án có thẩm quyền trong thời gian và thủ tục luật định. Chủ sở hữu quyền có thể yêu cầu tòa án áp dụng một huấn thị tạm thời hoặc một lệnh Anton Piller bao gồm lời huấn thị cho một bên chấm dứt sự xâm phạm, các thiệt hại và chi phí, việc tiêu huỷ hoặc loại bỏ các kênh thương mại hàng hoá xâm phạm; tiêu hủy vật liệu, máy móc sử dụng trong việc sản xuất hàng hoá xâm phạm quyền SHTT và đóng cửa các cơ sở, nơi sản xuất, kinh doanh hàng hóa vi phạm.
Biện pháp hình sự: Chủ sở hữu quyền SHTT hoặc hoặc người được ủy quyền có thể bắt đầu các hành động khiếu nại đối với người xâm phạm. Chủ sở hữu tài sản trí tuệ cũng có thể gửi một đơn khiếu nại lên MDTCC trong đó chứa đựng các căn cứ chứng minh chủ sở hữu hợp pháp tài sản trí tuệ bị xâm phạm cùng với các chi tiết như là nơi hành vi vi phạm đang xảy ra. Khi có đủ căn cứ cho rằng có hành vi vi phạm xảy ra thì một cuộc tấn công sẽ được triển khai và người vi phạm có thể bị truy tố một tội hình sự trước tòa án bởi cơ quan công tố.
* Cơ chế giải quyết tranh chấp về SHTT theo pháp luật Xin-ga-po [70] Các tranh chấp về quyền SHTT được giải quyết bằng các cơ chế khác nhau đặc biệt là kiện dân sự, biện pháp hình sự và hành chính.
Biện pháp kiện dân sự: chủ sở hữu quyền hoặc người đại diện hợp pháp khi quyền lợi bị xâm phạm có thể khởi kiện tại tòa án SHTT.
Biện pháp hình sự: Chủ sở hữu quyền có thể gửi đơn khiếu nại cho cơ quan tư pháp có thẩm quyền hoặc trong quá trình thực thi các cơ quan có thể tự mình phát hiện, truy tố các trường hợp xâm phạm quyền SHTT ra tòa án.
Biện pháp hành chính: pháp luật quy định rằng nếu bất kỳ người nào không đồng ý với quyết định của các viên chức nhà nước có thẩm quyền trong việc đăng kí, xác lập, xử lý các trường hợp xâm phạm quyền SHTT bằng biện pháp hành chính có thể gửi một phản đối với thủ trưởng của các cơ quan có thẩm quyền áp dụng các biện pháp đó. Nếu vẫn không hài lòng với quyết định đó có thể khởi kiện ra tòa án có thẩm quyền.
* Cơ chế giải quyết tranh chấp về SHTT theo pháp luật Thái Lan [72]
Thái Lan duy trì một hệ thống các cơ quan và các biện pháp giải quyết tranh chấp đa dạng bao gồm hòa giải và trọng tài thuộc thẩm quyền của DIP và các cơ chế giải quyết tranh chấp bằng kiện dân sự, hình sự.
Các tranh chấp SHTT thuộc thẩm quyền giải quyết của tòa án Trung ương về SHTT và Thương mại quốc tế (CIPIT). Hoạt động của CIPIT theo một quy chế riêng cho phép các tranh chấp được giải quyết nhanh chóng, thuận tiện.
Cùng với các cơ chế giải quyết tranh chấp nêu trên thì giải quyết tranh chấp bằng trọng tài và trung gian hòa giải đều là phương thức giải quyết tranh chấp cho hiệu quả cao. Việc lựa chọn hình thức trọng tài được tiến hành khi hai bên thống nhất sử dụng nó bằng một thỏa thuận trọng tài (trọng tài vụ việc hoặc trọng tài quy chế). Các bên có thể lựa chọn các trọng tài có quốc tịch trung lập nhằm bảo đảm tính khách quan, trung lập. Giải quyết bằng con đường trọng tài cho phép đảm bảo tính bí mật, nhanh chóng. Bên cạnh các trung tâm trọng tài quốc gia, các bên cũng có thể lựa chọn giải quyết tranh chấp tại tổ chức trọng tài có uy tín, đặc biệt Trung tâm trọng tài và trung gian của WIPO.