Công cuộc cải cách tư pháp trong những năm gần đây được Đảng, Nhà nước ta hết sức quan tâm và được đặt trong mối quan hệ với việc đẩy mạnh cải cách hành chính và nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động của bộ máy nhà nước, hướng tới xây dựng nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa của nhân dân, do nhân dân, vì nhân dân. Tiếp tục phát huy những kết quả đã đạt được
của việc tổ chức thực hiện Nghị quyết số 08-NQ/TW ngày 02/01/2002 về một số nhiệm vụ trọng tâm công tác tư pháp trong thời gian tới, ngày 02/6/2005, Bộ Chính trị đã ra Nghị quyết số 49-NQ/TW về chiến lược cải cách tư pháp đến năm 2020 với mục tiêu xuyên suốt là xây dựng nền tư pháp trong sạch, vững mạnh, dân chủ, nghiêm minh, bảo vệ công lý, từng bước hiện đại, phục vụ nhân dân, phụng sự Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa... nhằm tạo sự chuyển biến mang tính đột phá trong cuộc đấu tranh bảo vệ công lý, bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của công dân trong giai đoạn đẩy mạnh công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước trong bối cảnh hội nhập quốc tế.
Với quan điểm, cải cách tư pháp phải đặt dưới sự lãnh đạo chặt chẽ của Đảng, bảo đảm sự ổn định chính trị, bản chất Nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa Việt Nam của nhân dân, do nhân dân, vì nhân dân, quyền lực nhà nước là thống nhất, có sự phân công, phối hợp giữa các cơ quan nhà nước trong việc thực hiện các quyền lập pháp, hành pháp, tư pháp, Đảng ta đã đề ra phương hướng cho cuộc cải cách tư pháp, nhất là trong lĩnh vực tư pháp hình sự, đó là hoàn thiện chính sách, pháp luật hình sự và dân sự phù hợp với nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa, xây dựng Nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa Việt Nam của nhân dân, do nhân dân, vì nhân dân; hoàn thiện các thủ tục tố tụng tư pháp, bảo đảm tính đồng bộ, dân chủ, công khai, minh bạch, tôn trọng và bảo vệ quyền con người. Việc hoàn thiện những quy định của BLHS là một trong những nhiệm vụ hết sức quan trọng mà Đảng đã đề ra với công cuộc cải cách tư pháp. Việc sửa đổi, bổ sung BLHS phải trên cơ sở thực tiễn áp dụng trong những năm vừa qua mới đảm bảo yêu cầu cải cách tư pháp phải xuất phát từ yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội, xây dựng xã hội công bằng, dân chủ, văn minh; góp phần thúc đẩy sự phát triển kinh tế - xã hội, bảo vệ vững chắc Tổ quốc; gắn với đổi mới công tác lập pháp, cải cách hành chính.
Đánh giá về công tác thi hành BLHS trong những năm qua cho thấy hoạt động này được thực hiện một cách nghiêm túc, quá trình áp dụng các quy định của BLHS trong công tác điều tra, truy tố, xét xử được thực hiện một cách khách quan, toàn diện. Các cơ quan tiến hành tố tụng đã nêu cao tinh thần trách nhiệm, thực hiện tốt cơ chế phối hợp với các ban, ngành có liên quan đến hoạt động đấu tranh phòng, chống và xử lý tội phạm, tình trạng xử lý oan sai xảy ra không đáng kể. Việc tổ chức thi hành BLHS đã góp phần nâng cao hiệu quả điều tra, truy tố, xét xử tội phạm của cả hệ thống cơ quan tiến hành tố tụng hình sự bảo vệ an ninh quốc gia, giữ gìn trật tự an toàn xã hội.
Có thể khẳng định, BLHS năm 1999 (được sửa đổi, bổ sung năm 2009) đã quy định một cách tương đối hệ thống, toàn diện các nguyên tắc, chế định chung của chính sách hình sự, đã luật hóa tương đối đầy đủ các hành vi nguy hiểm cho xã hội được coi là tội phạm và xác định hệ thống hình phạt khá toàn diện, khoa học. BLHS năm 1999 thực sự là công cụ pháp lý quan trọng góp phần tích cực vào việc giữ vững an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội, bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của công dân, đấu tranh phòng, chống tội phạm, góp phần tích cực vào sự nghiệp xây dựng chủ nghĩa xã hội và bảo vệ vững chắc Tổ quốc Việt Nam XHCN.
Tuy nhiên, BLHS chưa có quy định về các khái niệm "nhiều tội phạm", "phạm tội nhiều lần", "phạm nhiều tội" nên trong thực tiễn chưa có cách hiểu thống nhất về các khái niệm này, còn nhầm lẫn giữa "phạm tội nhiều lần" với "phạm nhiều tội" hoặc giữa "phạm nhiều tội" với "vi phạm nhiều lần" dẫn đến tình trạng có trường hợp một hành vi nguy hiểm cho xã hội bị xét xử về hai tội, có trường hợp hai hành vi nguy hiểm cho xã hội chỉ bị xét xử về một tội. Thêm vào đó, một số quy định của BLHS năm 1999, đặc biệt là những quy định mới chưa được cơ quan có thẩm quyền hướng dẫn kịp thời và đầy đủ
trong khi tình hình tội phạm diễn biến ngày càng phức tạp nên các cơ quan tiến hành tố tụng gặp nhiều khó khăn, lúng túng trong việc áp dụng. Điển hình như quy định tại Điều 51 chưa bao hàm trường hợp bị cáo phạm nhiều tội và bị xét xử bằng nhiều bản án, trong đó: tội xảy ra trước thì xét xử sau; và tội xảy ra sau thì xét xử trước. BLHS hiện hành chưa thể chế hoá được những quan điểm, chủ trương mới của Đảng về cải cách tư pháp được thể hiện trong Nghị quyết số 08/NQ-TW ngày 02 tháng 01 năm 2002 của Bộ Chính trị về một số nhiệm vụ trọng tâm công tác tư pháp trong thời gian tới và Nghị quyết số 49/NQ-TW ngày 02 tháng 6 năm 2005 của Bộ Chính trị về Chiến lược cải cách tư pháp đến năm 2020.
Do đó, trên cơ sở phương hướng chỉ đạo của Nghị quyết 49, việc sửa đổi, bổ sung một số quy định trong BLHS, nhất là nội dung liên quan đến phạm tội nhiều lần, phạm nhiều tội… là rất cần thiết. Đồng thời, việc hoàn thiện chế định phạm nhiều tội cũng phải gắn liền với các nguyên tắc của ngành luật hình sự, nhất là nguyên tắc nhân đạo, nguyên tắc phân hóa TNHS. Bởi lẽ, hậu quả mà người phạm tội phải chịu khi thực hiện hành vi nguy hiểm cho xã hội là hình phạt – biện pháp cưỡng chế nghiêm khắc nhất của Nhà nước nhằm tước bỏ hoặc hạn chế quyền, lợi ích của người phạm tội. Do đó, trong trường hợp phạm nhiều tội càng được quy định cụ thể sẽ góp phần xử lý đúng người, đúng tội mà vẫn thể hiện được chính sách khoan hồng, nhân đạo của Đảng và Nhà nước ta.