Việc có xây dựng một quỹ bồi thường chung hay chỉ dành một mục trong ngân sách hàng năm cho kinh phí bồi thường phụ thuộc vào quan điểm của từng nước. Đa số các nước đều không quy định việc thành lập một quỹ bồi thường tập trung mà kinh phí bồi thường được dành một mục riêng trong ngân sách nhà nước hàng năm.
Ở Nhật Bản không thành lập một quỹ bồi thường riêng bởi Nhật Bản là quốc gia thừa nhận trách nhiệm bồi thường nhà nước trên nguyên tắc bồi thường cho mọi thiệt hại thực tế và mức bồi thường là 100%. Nếu thành lập một quỹ bồi thường chung thì định mức tài chính của quỹ luôn bị giới hạn và không thể điều chỉnh, vì vậy nếu có trường hợp mà kinh phí bồi thường phải bỏ ra lớn hơn khoản tiền mà quỹ đang quản lý thì sẽ không thực hiện được
việc chi trả cho người bị thiệt hại, như vậy sẽ mâu thuẫn với nguyên tắc cơ bản nêu trên.
Riêng tại Hàn Quốc, việc bồi thường nhà nước sẽ được thực hiện từ ngân sách của nhà nước thông qua Quỹ bồi thường nhà nước do Bộ Tư pháp quản lý. Các cơ quan của nhà nước khi có công chức gây ra thiệt hại thì Bộ Tư pháp sẽ thanh toán khoản tiền này. Bên cạnh đó, có một Quỹ đặc biệt, đó là Quỹ dành cho những quân nhân trong quân đội. Ví dụ, khi một quân nhân bị trúng đạn của một quân nhân khác, trong những trường hợp như thế việc bồi thường sẽ được thực hiện qua Quỹ này và Quỹ này do Bộ Quốc phòng quản lý. Đối với cấp địa phương thì việc bồi thường nhà nước mà có liên quan đến chính quyền địa phương sẽ sử dụng ngân sách của chính địa phương đó.
Theo pháp luật về đền bù cho nạn nhân của tội phạm của Canada thì đối với người là nạn nhân của tội phạm công vụ thì có thể được nhận đền bù từ nguồn Quỹ đền bù nạn nhân tội phạm của các bang. Hiện nay, mỗi bang đều đã ban hành riêng luật để điều chỉnh việc đền bù cho nạn nhân của tội phạm nhưng nhìn chung, trong thủ tục đền bù đều có điểm chung, như: Quỹ đền bù nạn nhân tội phạm được hình thành từ ngân sách của các bang. Ngoài ra, nguồn hình thành quỹ cũng rất đa dạng tuỳ theo từng bang như: thu từ tiền phạt đối với người có hành vi phạm tội, lệ phí thu theo Luật này, khoản hỗ trợ nạn nhân theo cam kết với chính quyền liên bang.... Ở từng bang khác nhau, Quỹ này có thể được đặt dưới sự quản lý thống nhất của cơ quan tư pháp, cơ quan tài chính từng bang. Việc xem xét đền bù thiệt hại cho nạn nhân được thực hiện bởi một Uỷ ban về đền bù nạn nhân của tội phạm được thành lập với số lượng thường không ít hơn 5 người, do Thống đốc bang (Lieutenant Governor in council) chỉ định. Hội đồng được điều hành bởi Chủ tịch và một số Phó Chủ tịch. Uỷ ban tiếp nhận đơn yêu cầu sẽ tiến hành phiên họp công khai (trừ trường hợp Uỷ ban xét thấy cần họp kín) để xem xét đơn yêu cầu với
sự tham gia của người nộp đơn, Tổng chưởng lý, người phạm tội (nếu có thể) và bất kỳ người nào khác có lợi ích liên quan đến yêu cầu. Uỷ ban có thể quyết định nghiêm cấm công khai thông tin nếu thấy cần thiết; người nào vi phạm lệnh cấm của Uỷ ban có thể bị phạt tiền (có thể tới 5000 USD đối với cá nhân và 50.000 USD đối với tổ chức) hoặc bị phạt tù. Nếu Uỷ ban xét thấy người yêu cầu có khả năng được đền bù thì Uỷ ban có thể quyết định đền bù tạm thời đối với chi phí chưa bệnh, chi phí mai táng và khoản đền bù tạm thời này sẽ không bị thu hồi dù sau đó Uỷ ban quyết định người yêu cầu không được đền bù. Uỷ ban sẽ ra quyết định đền bù cho người có yêu cầu không phụ thuộc vào việc có hay không có người thực hiện hành vi dẫn đến gây thương tật hoặc cái chết cho nạn nhân có bị truy tố hay buộc tội hay không. Uỷ ban sẽ ra quyết định về việc đền bù trên cơ sở cân nhắc mọi yếu tố, kể cả những hành vi của nạn nhân có ảnh hưởng đến việc gây ra thương tật và cái chết của nạn nhân; sự hợp tác của người có yêu cầu trong quá trình giải quyết... Khoản đền bù này sẽ không là đối tượng của thủ tục kiện đòi nợ, tịch thu, cưỡng chế thi hành án, bù trừ nợ hoặc bất kỳ thủ tục pháp lý nào khác và sẽ không được chuyển nhượng. Việc đền bù theo thủ tục này không cản trở người yêu cầu thực hiện việc khởi kiện dân sự để yêu cầu bồi thường thiệt hại do thương tật hoặc cái chết gây ra. Tuy nhiên, người yêu cầu phải có trách nhiệm thông báo cho Uỷ ban về việc tiến hành thủ tục khởi kiện dân sự và Uỷ ban có thể thu hồi lại khoản đền bù mà người yêu cầu đã được thanh toán theo thủ tục khởi kiện dân sự thông thường.
Khác với pháp luật của Hàn Quốc và Canada, pháp luật trách nhiệm bồi thường của Nhà nước của Việt Nam thì không quy định về Quỹ bồi thường riêng như một số nước, nguồn kinh phí thực hiện trách nhiệm bồi thường của Nhà nước được bố trí từ ngân sách nhà nước hàng năm, cụ thể là: Ngân sách Trung ương bảo đảm kinh phí bồi thường đối với cơ quan có trách nhiệm bồi
thường ở Trung ương; Ngân sách địa phương bảo đảm kinh phí bồi thường đối với cơ quan có trách nhiệm bồi thường ở địa phương. Xuất phát từ đặc thù và tổng kết đúc rút kinh nghiệm của hoạt động bồi thường thiệt hại cho người bị oan sai do người thi hành công vụ gây ra theo quy định của Nghị quyết số 388/2003/NQ-UBTVQH11 cho thấy, đây là hoạt động mang tính đột xuất, không tính được thời điểm, địa điểm và mức kinh phí phát sinh nên không thể bố trí trong dự toán của cơ quan có trách nhiệm bồi thường một khoản kinh phí nhất định để thực hiện chi trả cho người bị thiệt hại. Mặt khác, việc giải quyết bồi thường theo quy định của Luật phải đáp ứng nguyên tắc “Kịp thời, công khai, đúng pháp luật”, đảm bảo quyền lợi của cá nhân, tổ chức và doanh nghiệp chịu thiệt hại do hành vi trái pháp luật trong thi hành công vụ của cán bộ, công chức các cơ quan nhà nước. Do đó, Thông tư liên tịch số 71/2012/TTLT-BTC-BTP đã có những quy định đặc thù về quy trình lập dự toán, quản lý, sử dụng và quyết toán kinh phí thực hiện trách nhiệm bồi thường của Nhà nước để vừa đáp ứng được yêu cầu của hoạt động bồi thường của Nhà nước, vừa đảm bảo phù hợp với các quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước. Kinh phí bồi thường nhà nước sẽ không thực hiện phân bổ cho các cơ quan mà được quản lý tập trung tại Trung ương và địa phương. Việc lập và tổng hợp dự toán kinh phí sẽ do Bộ Tài chính phối hợp với các Bộ, ngành ở Trung ương trình Chính phủ trình Quốc hội; và Sở Tài chính phối hợp với các Sở, ban ngành tại địa phương thực hiện để trình Uỷ ban nhân dân tỉnh trình Hội đồng nhân dân quyết định. Cơ sở để lập dự toán kinh phí hàng năm được căn cứ vào kết quả thực tế bồi thường của năm trước năm lập dự toán. Như vậy, yêu cầu đối với các Bộ, ngành và các Sở, ban ngành là phải tổ chức theo dõi, tổng hợp kết quả thực hiện bồi thường nhà nước tại cơ quan mình hàng năm để lập dự toán gửi Bộ Tài chính hoặc Sở Tài chính tổng hợp chung. Việc phân bổ kinh phí bồi thường cho cơ quan có trách nhiệm bồi thường được thực hiện
khi có phát sinh vụ việc bồi thường cụ thể, theo đó cơ quan có trách nhiệm bồi thường sẽ làm thủ tục để được cấp kinh phí theo quy định.
Theo nguyên tắc việc chi trả tiền bồi thường cho người bị thiệt hại phải đảm bảo tính kịp thời, để giảm bớt thiệt hại cho cá nhân, tổ chức bị thiệt hại do hành vi trái pháp luật của người thi hành công vụ gây ra, một mặt hạn chế thiệt hại phát sinh cho ngân sách nhà nước, Thông tư liên tịch số 71/2012/TTLT-BTC-BTP đã quy định rõ cơ quan nhà nước được dùng dự toán chi quản lý hành chính chi trả ngay cho doanh nghiệp, người dân, trong trường hợp thiếu kinh phí hoạt động do đã chi trả tiền bồi thường thì báo cáo cơ quan cấp trên cấp bù kinh phí. Trên cơ sở kinh phí đã chi trả cho người bị thiệt hại, cơ quan có trách nhiệm bồi thường tổng hợp, báo cáo cơ quan tài chính cấp có thẩm quyền bổ sung kinh phí bồi thường để hoàn trả kinh phí đã ứng trả cho người bị thiệt hại. Trường hợp khi phát sinh yêu cầu chi trả bồi thường, cơ quan có trách nhiệm bồi thường không còn đủ dự toán để ứng trả cho người bị thiệt hại theo quy định thì lập hồ sơ đề nghị cấp kinh phí bồi thường, gửi cơ quan tài chính có thẩm quyền theo quy định để chi trả cho người bị thiệt hại.
Trong thời hạn 10 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ đề nghị bồi thường hợp lệ thì cơ quan tài chính có trách nhiệm bảo đảm kinh phí (Bộ Tài chính đối với cơ quan trung ương; Sở Tài chính đối với cơ quan địa phương có trách nhiệm bồi thường) có trách nhiệm cấp bổ sung kinh phí cho cơ quan có trách nhiệm bồi thường. Ngoài ra, trên thực tế phát sinh những vụ việc phức tạp, có số tiền lớn cần phải kiểm tra xem xét, để tạo thuận lợi trong việc chi trả bồi thường, Thông tư liên tịch số 71/2012/TTLT- BTC-BTP quy định quy trình giải quyết đặc thù đối với trường hợp này như sau: cơ quan tài chính trao đổi với cơ quan quản lý nhà nước về bồi thường và cơ quan liên quan để tạm ứng kinh phí chi trả tiền bồi thường. Sau khi cơ
quan có trách nhiệm bồi thường hoàn chỉnh hồ sơ bồi thường, xác định trách nhiệm hoàn trả của cá nhân, tổ chức thì có văn bản gửi cơ quan tài chính để thẩm tra và thông báo dự toán ngân sách bổ sung.
Sau khi rút dự toán chi quản lý hành chính hoặc sau khi nhận được kinh phí do cơ quan tài chính cấp, chậm nhất trong thời hạn 05 ngày làm việc, cơ quan có trách nhiệm bồi thường phải tổ chức thực hiện việc chi trả bồi thường cho người bị thiệt hại hoặc thân nhân người bị thiệt hại (sau đây gọi chung là người được nhận tiền bồi thường). Việc chi trả phải thực hiện một lần bằng tiền mặt cho người được nhận tiền bồi thường hoặc chuyển khoản theo yêu cầu của người nhận tiền bồi thường và phải được thông báo trước ít nhất là 02 ngày cho người nhận tiền bồi thường để bố trí việc nhận tiền bồi thường. Trường hợp người được nhận tiền bồi thường có yêu cầu trả bằng chuyển khoản thì thực hiện theo yêu cầu của người chuyển khoản và thông báo cho người nhận tiền biết. Việc chi trả tiền bồi thường phải được lập thành biên bản phù hợp với hình thức chi trả, mỗi bên tham gia giao nhận tiền bồi thường giữ 01 bản.
Kết thúc năm ngân sách, cơ quan có trách nhiệm bồi thường lập quyết toán kinh phí đã chi trả bồi thường, tổng hợp chung trong quyết toán ngân sách hàng năm gửi Bộ Tài chính (đối với cơ quan trung ương), gửi Sở Tài chính (đối với cơ quan địa phương) theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước, Luật Kế toàn và các văn bản hướng dẫn thi hành. Đối với cơ quan có trách nhiệm bồi thường có cơ quan quản lý cấp trên do ngân sách Trung ương bảo đảm kinh phí bồi thường lập quyết toán kinh phí đã chi trả bồi thường, tổng hợp chung trong quyết toán ngân sách hàng năm của cơ quan gửi cơ quan quản lý cấp trên để tổng hợp gửi Bộ Tài chính theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước.
Mặc dù quy định của pháp luật trong việc chi trả tiền bồi thường cho người bị thiệt hại phải đảm bảo tính kịp thời, để giảm bớt thiệt hại cho cá nhân, tổ chức bị thiệt hại do hành vi trái pháp luật của người thi hành công vụ gây ra, tuy nhiên, trên thực tế, việc cấp phát kinh phí bồi thường hầu như không bảo đảm về thời hạn, cá biệt có những vụ việc kéo dài qua nhiều năm trời, gây ảnh hưởng nghiêm trọng tới quyền, lợi ích hợp pháp của cá nhân, tổ chức.