Đối với nhóm A: Bước 1:
Sau khi nhận hồ sơ đề xuất đặt hàng nhiệm vụ NĐT từ các Bộ, ngành, địa phương. Bộ KH&CN sẽ tổ chức Hội đồng xác định nhiệm vụ để tư vấn và xác định Danh mục các nhiệm vụ NĐT cần đưa ra đặt hàng đối với các tổ chức KH&CN. Dựa trên Danh mục này, các tổ chức KH&CN sẽ tìm kiếm đối tác nước ngoài để cùng xây dựng Thuyết minh nhiệm vụ gửi về Bộ KH&CN để đăng ký tuyển chọn.
Bước 2
Đối với mỗi nhiệm vụ đưa ra đặt hàng sẽ có một hoặc nhiều tổ chức KH&CN đăng ký tham gia tuyển chọn. Hội đồng tuyển chọn sẽ giúp Bộ KH&CN tuyển chọn được tổ chức KH&CN xứng đáng được giao thực hiện đối với từng nhiệm vụ. Hội đồng tuyển chọn sẽ thực thi chức năng thẩm định về nội dung thực hiện. Dựa trên tư vấn của Hội đồng tuyển chọn, Bộ KH&CN sẽ tìm ra một danh mục các nội nhiệm vụ NĐT để đàm phán với đối tác nước ngoài.
Bước 3
Bộ KH&CN sẽ đàm phán với các đối tác nước ngoài và sẽ đưa ra được Danh mục các nhiệm vụ NĐT có thể khả thi nhận được tài trợ của Việt Nam và nước ngoài.
Bước 4
Bộ KH&CN sẽ tổ chức thẩm định kinh phí của từng nhiệm vụ để đảm bảo sự phù hợp về tài chính mà Bộ KH&CN có thể hỗ trợ theo đúng quy định và khả năng cấp vốn mà vẫn đáp ứng mục tiêu cam kết trong Nghị định thư với nước ngoài. Trên cơ sở đó Bộ KH&CN sẽ ký hợp đồng thực hiện với phía đối tác Việt Nam.
Đối với nhóm B:
Trên cơ sở thông báo kêu gọi đề xuất dự án nghiên cứu chung của Bộ KH&CN, các tổ chức KH&CN sẽ tìm kiếm đối tác nước ngoài để cùng xây dựng nhiệm vụ NĐT, thông qua sự đồng ý của Cơ quan chủ quản, các hồ sơ đăng ký thực hiện nhiệm vụ NĐT sẽ được gửi về Bộ KH&CN.
Bước 1
Sau khi kết thúc thông báo kêu gọi đề xuất dự án nghiên cứu chung, Bộ KH&CN sẽ tổng hợp danh sách các đề xuất nhiệm vụ và kiểm tra tính hợp lệ của các đề xuất. Sau đó Bộ KH&CN sẽ tổ chức Hội đồng tư vấn để thẩm định về nội dung của các đề xuất. Dựa trên ý kiến tư vấn của Hội đồng, Bộ KH&CN sẽ phê duyệt được Danh mục Nghị định thư để trao đổi thông tin với đối tác nước ngoài.
Bước 2
Dựa trên danh mục các nhiệm vụ do Bộ KH&CN và đối tác nước ngoài thống nhất cùng cấp kinh phí, Bộ KH&CN sẽ tiến hành thẩm định kinh phí của từng nhiệm vụ để đảm bảo sự phù hợp về tài chính mà Bộ KH&CN có thể hỗ trợ theo đúng quy định và khả năng cấp vốn mà vẫn đáp ứng mục tiêu cam kết trong Nghị định thư với nước ngoài. Trên cơ sở đó Bộ KH&CN sẽ ký hợp đồng thực hiện với phía đối tác Việt Nam.