1.4.2.1. Kiểm tra đăng ký thuế
Đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế là quyền và nghĩa vụ của đối tƣợng kinh doanh. Thông qua việc đăng ký, Nhà nƣớc quản lý đƣợc mọi mặt hoạt động sản xuất kinh doanh của cơ sở ngay từ khi bắt đầu hoạt động, tạo điều kiện thuận lợi cho công tác kế hoạch hoá nguồn thu ngân sách.
Nội dung kiểm tra đăng ký thuế là xem xét trên từng địa bàn, trong từng loại ngành nghề có bao nhiêu doanh nghiệp, hộ kinh doanh hoạt động sản xuất kinh doanh, số lƣợng đơn vị đã đăng ký và chƣa đăng ký thuế.
Đối với mỗi cơ sở kinh doanh, khi kiểm tra, cần đi sâu xem xét tính pháp lý của hồ sơ đăng ký thuế, kiểm tra tính trung thực của các tài liệu, dữ liệu kê khai trong đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế về vốn và địa điểm, ngành nghề kinh
doanh, thời gian thực tế kinh doanh, mức độ ƣu đãi thuế đƣợc hƣởng, hình thức kế toán áp dụng, tài khoản giao dịch... nhằm phát hiện và xử lý những gian lận trong việc kê khai đăng ký thuế.
1.4.2.2. Kiểm tra việc chấp hành chế độ kế toán, sổ sách, chứng từ, thực hiện chế độ in, phát hành, sử dụng hóa đơn
Theo quy định của pháp lụât Việt Nam (Luật Doanh Nghiệp, Luật Kế Toán...), tất cả các doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế, các tổ chức, cơ quan đoàn thể làm kinh tế đều phải chấp hành chế độ kế toán theo quy định hiện hành.
Việc thực hiện chế độ kế toán, sổ sách, chứng từ, hoá đơn có liên quan mật thiết đến việc áp dụng phƣơng pháp tính thuế, khai thuế, nộp thuế và công tác quản lý của Nhà nƣớc. Nội dung kiểm tra trong lĩnh vực này bao gồm những vấn đề cơ bản sau đây:
Thứ nhất, kiểm tra việc tổ chức thực hiện Luật Kế toán của DN; kiểm tra việc mở sổ sách kế toán; việc quản lý và sử dụng các loại chứng từ, hoá đơn theo chế độ quy định; hình thức hạch toán; chế độ ghi chép cập nhật sổ sách...
Thứ hai, kiểm tra việc lập và sử dụng các loại chứng từ, hoá đơn có liên quan đến việc khai thuế, tính thuế. Nội dung của kiểm tra chứng từ, hoá đơn là xác định tính hợp pháp, hợp lý, tính trung thực của từng loại chứng từ, hoá đơn có liên quan nhƣ: hoá đơn bán hàng, phiếu xuất kho, chứng từ thu, chi.
Qua kiểm tra việc chấp hành chế độ kế toán, sổ sách, chứng từ, hoá đơn đảm bảo chính xác các căn cứ khai thuế, tính thuế, ngăn chặn kịp thời việc hạch toán sai để trốn thuế. Do vậy, nội dung kiểm tra này cần đƣợc tiến hành thƣờng xuyên.
Kiểm tra việc chấp hành quy định về việc in, thông báo phát hành, sử dụng hóa đơn theo quy định của Thông tƣ 39/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính.
1.4.2.3. Kiểm tra việc kê khai, tính thuế và nộp thuế đối với toàn bộ các sắc thuế mà doanh nghiệp phát sinh
Việc kê khai, tính thuế, nộp thuế là nghĩa vụ của các doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân kinh doanh đối với nhà nƣớc. Nội dung công tác kiểm tra việc kê khai, tính thuế, nộp thuế bao gồm:
Thứ nhất, kiểm tra căn cứ tính thuế. Kiểm tra căn cứ tính thuế nhằm xác định đúng số thuế phải nộp, số thuế đã nộp. Việc kiểm tra căn cứ tính thuế đƣợc thực hiện trên cơ sở kiểm tra sổ sách kế toán, chứng từ hoá đơn và các tài liệu có liên quan. Thông qua việc kiểm tra, đối chiếu dữ liệu trên các tờ khai, bản kê, quyết toán thuế cơ sở kinh doanh đã kê khai với dữ liệu kiểm tra trên sổ sách kế toán và tình hình thực tế của cơ sở kinh doanh để phát hiện số thuế đơn vị kê khai thuế thiếu, số thuế ẩn lậu...
Thứ hai, kiểm tra việc chấp hành nộp thuế của cơ sở kinh doanh. Yêu cầu của nội dung này là xác định xem cơ sở kinh doanh có thực hiện nghiêm túc quy định về thời hạn nộp thuế của các luật thuế không, có nợ đọng tiền thuế để chiếm dụng ngân sách nhà nƣớc làm vốn kinh doanh không. Để đạt yêu cầu trên, cần đối chiếu thời hạn nộp thuế theo quy định của các luật thuế với thời gian nộp thuế của cơ sở kinh doanh qua các chứng từ nộp thuế nhƣ giấy nộp tiền vào Kho bạc, biên lai thuế. (Nguồn: quy trình kiểm tra thuế).