Trong quá trình sử dụng nguồn vốn để thực hiện XDNTM, ngoài việc lập kế hoạch và tiến hành sử dụng vốn một cách phù hợp thì công tác giám sát kiểm tra các hoạt động đó là một nội dung quan trọng ảnh hưởng trực tiếp đến hiệu quả sử dụng vốn. Vì vậy, đối với các nguồn vốn từ NSNN cấp phải được kiểm soát chặt chẽ, nghiêm túc từ khi giao vốn đến rút vốn để sử dụng thông qua các cơ quan chuyên môn và các cơ quan được giao nhiệm vụ kiểm tra, giám sát. Tập trung chỉ đạo chủ đầu tư quản lý công trình, làm hồ sơ giải ngân và thực hiện quyết toán kịp thời.
Để có thể đảm bảo được chất lượng công trình và thực hiện đúng tiến độ xây dựng, các đối tượng tham gia quản lý và thực hiện dự án phải thực hiện đầy đủ trách nhiệm kiểm tra, giám sát của mình. Bên cạnh, việc tăng
cường giám sát nâng cao chất lượng xây dựng, vấn đề kiểm soát chặt chẽ, thanh toán vốn đầu tư đúng tiến độ, đúng mục đích, đúng khối lượng hoàn thành, hạn chế tình trạng thất thoát, lãng phí vốn đầu tư. Đồng thời, nâng cao vai trò, trách nhiệm của các cơ quan chức năng trong việc trực tiếp kiểm soát và thanh toán các nguồn vốn đầu tư; kiên quyết từ chối thanh toán vốn cho phần khối lượng chưa hoàn thành theo kế hoạch mà không có lý do phù hợp với thực tế. Kiên quyết chống tình trạng quan liêu, không theo dõi sát công trình thi công xây dựng; xử lý nghiêm việc nghiệm thu khống khối lượng, gian lận trong thanh toán.
- Tăng cường công tác kiểm tra, giám sát việc sử dụng vốn đầu tư của Chương trình xây dựng nông thôn mới. Cơ quan kiểm toán và thanh tra sẽ vào cuộc để giám sát. Vì vậy, trong quá trình thực hiện nếu phát sinh vấn đề gì chưa biết cách xử lý thì cần kiểm tra, xin ý kiến cấp trên để được hỗ trợ, giải thích trước khi làm.