Quy trình lên kế hoạch kiểm toán không phải là một giai đoạn tách biệt và kết thúc mỗi khi giai đoạn thực hiện bắt đầu mà nó là một quá trình liên tục, xuyên suốt đợt kiểm toán, tiếp tục thực hiện khi có thêm thông tin được phân tích. Kế hoạch kiểm toán nội bộ cho từng cuộc kiểm toán do Trưởng phòng kiểm toán nội bộ lập lập trước khi bắt đầu thực hiện cuộc kiểm toán.
Trưởng Kiểm toán nội bộ lập kế hoạch kiểm toán nội bộ cho từng cuộc kiểm toán nhằm đảm bảo nguồn nhân lực của kiểm toán nội bộ được điều phối hợp lý và hiệu quả; đồng thời chỉ ra định hướng công việccho nhóm kiểm toán trên cơ sở tuân thủ kếhoạch năm và kếhoạch quý. Và kế hoạch kiểm toán nội bộ cho từng cuộc kiểm toán làm cơ sở để lập chương trình kiểm toán.
Để lập được kế hoạch kiểmtoán nội bộ cho từngcuộc kiểm toán, Cơ quan kiểm toán nội bộ sẽ tiến hànhkhảo sát và thu thập thông tin đơn vị được chọn kiểm toán nhằm xác định những nội dung quan trọng cần tập trung kiểm toán làm cơ sở để lập kế hoạch thích hợp nhằm giảm thiểu rủi ro kiểm toán. Kế hoạch kiểm toán nội bộ cho từng cuộc kiểm toán được lập bao gồm các nội dung cơ bản là: xác định đơn vị kiểm toán, lập kế hoạch về thời gian để kiểm toán các đơn vị; xác định mục tiêu kiểm toán; xác định phạm vi công việc; xác định nhu cầu sử dụng các nguồn lực bên ngoài.
Phạm vi công việc kiểm toán phụ thuộc vào quy mô của đơn vị được kiểm toán, mức độ phức tạp của công việc cần thực hiện và đánh giá rủi ro. Việc xác định phạm vi kiểm toán cần phụ thuộc vào lần thực hiện kiểm toán. Kiểm toán lần đầu sẽ có khối lượng công việc nhiều hơn, thời gian dài hơn và tốn kinh phí hơn; kiểm toán toàn diện tốn thời gian hơn kiểm toán theo chuyên đề, kiểm toán đột xuất thời gian thường ngắn hơn kiểm toán định kỳ...
Việc xác định nhu cầu sử dụng các nguồn lực bên ngoài là một công việc quan trọng đảm bảo cho chất lượng của cuộc kiểm toán. Hiện tại nhân sự của Cơ quan Kiểm toán nội bộ rất thiếu so với nhu cầu thực hiện kiểm toán tại các đơn vị trong hệ thống. Tính đến năm 2010 Cơ quan Kiểm toán nội bộ có 12 nhân sự. Ngoài ra Trưởng Kiểm toán nội bộ còn phải xác định các yêu cầu khác đối với cuộc kiểm toán như kỳ hạn kiểm toán, ngày hoàn thành, hình thức báo cáo cuối cùng...
Một bộ phận quan trọng của kế hoạch cho từng cuộc kiểm toán là chương trình kiểm toán. Chương trình kiểm toán mô tả phạm vi công việc thực hiện đối với những nội dung kiểm toán nhằm đảm bảo cho công việc kiểm toán được thực hiện theo đúng yêu cầu. Chương trình kiểm toán hoạch định chi tiết những công việc cần thực hiện, thời gian hoàn thành và trọng tâm là các thủ tục cần thực hiện khi kiểm toán.
Trên thực tế, Trưởng phòng kiểm toán nội bộ có lập chương trình kiểm toán chung cho cuộc kiểm toán và chương trình kiểm toán cụ thể cho từng nội dung và phần việc kiểm toán, tuy nhiên chưa quy chuẩn thành văn bản và chưa phổ biến, đào tạo cho các kiểm toán viên nội bộ mà chỉ phổ biến theo từng phần việc đã giao cho kiểm toán viên nội bộ theo từng cuộc kiểm toán cụ thể.
Chương trình kiểm toán được Trưởng Kiểm toán nội bộ lập riêng cho từng cuộc kiểm toán mỗi chi nhánh.
Theo thông lệ phổ biến thì nội dung chính của chương trình kiểm toán bao gồm mục đích kiểm toán từng phần, xác định các bước đi chi tiết, thu thập bằng chứng, phân tích đánh giá để đưa ra nhận xét, khuyến nghị, dự tính ngày hoàn thành, bố trí nhân lực kiểm, theo đó các nội dung chủ yếu của chương trình kiểm toán bao gồm:
Chi tiết các mục tiêu của cuộc kiểm toán, từng phần công việc kiểm toán;
Nội dung kiểm toán;
Các thủ tục (phương pháp) kiểm toán được kiểm toán nội bộ dùng để thu thập bằng chứng, phân tích, diễn giải và ghi chép thông tin trong cuộc kiểm toán;
Nội dung, phạm vi và mức độ thử nghiệm cần thiết đạt được các mục tiêu kiểm toán trong mỗi giai đoạn của cuộc kiểm toán;
Xác định các khía cạnh kỹ thuật, rủi ro, tiến trình các nghiệp vụ cần phải kiểm toán;
Xác định cụ thể về thời gian và số lượng nhân viên kiểm toán nội bộ; Các nguồn cung cấp bằng chứng kiểm toán.
Ví dụ chương trình kiểm toán chi tiết được lập cho một chi nhánh được trích dẫn ở Phụ lục số 2.1, rủi ro kiểm soát được đánh giá ở mức độ trung bình và chi nhánh được kiểm toán về tín dụng vào tháng 3/2010. Theo chương trình kiểm toán này đối chiếu với nội dung chủ yếu của một chương trình kiểm toán đã trình bày trên cho thấy công tác lập chương trình kiểm toán của Cơ quan Kiểm toán nội bộ Ngân hàng TMCP Quân đội còn đơn giản.
Tuy Cơ quan kiểm toán nội bộ đã có chương trình kiểm toán cho từng cuộc kiểm toán, được cụ thể hóa cho phù hợp với quy mô, đặc điểm hoạt động kinh doanh cũng như đánh giá ban đầu về rủi ro kiểm soát của từng đơn vị được kiểm toán, được lập chi tiết những công việc nhân viên kiểm toán nội bộ cần làm, yêu cầu cụ thể về phạm vi, nội dung, tiến độ công việc để làm căn cứ cho nhân viên kiểm toán thực hiện và tự kiểm tra công việc của mình, nhưng chương trình kiểm toán do Trưởng phòng kiểm toán lập ra lại không được văn bản hoá và không hướng dẫn kiểm toán viên nội bộ chi tiết về phương pháp kiểm toán, thủ tục kiểm toán tiến hành, nội dung, phạm vi và mức độ thử
nghiệm cần thiết đạt được các mục tiêu kiểm toán trong mỗi giai đoạn của cuộc kiểm toán cũng như xác định các khía cạnh kỹ thuật, rủi ro, tiến trình các nghiệp vụ cần phải kiểm toán, do đó sẽ gây khó khăn đối với các kiểm toán viên nội bộ trong khi thực hiện kiểm toán phần hành được giao.