Trong việc thực hiện chính sách kinh tế vĩ mô, thuế được Chính phủ sử dụng như một công cụ quan trọng tác động lên toàn bộ qu á trình phát triển của nền kinh tế. Thông qua chính sách thuế Chính phủ thực hiện chính sách ưu đãi khuyến khích hoặc hạn chế sự phát triển của các ngành nghề lĩnh vực theo từng vùng lãnh thổ trong nền kinh tế quốc dân. Về phí đây là khoản tiền mà các chủ thể tham gia thị trường phải đóng góp cho Nhà nước. Ví dụ: phí thành viên, phí lưu ký. Lệ phí đây là khoản tiền mà tổ chức phải nộp cho Nhà nước để nhận được các giấy phép cần thiết cho hoạt động của mình. Chính sách thuế, phí và lệ phí có tác dụng lớn trong việc khuyến khích các trung gian tài chính tham gia, nếu có một chính sách thuế hợp lý sẽ thúc đẩy các tổ chức trung gian tham gia tích cực hơn bởi khi đó lợi ích mang lại sẽ nhiều hơn. Đặc biệt ở các thị trường chứng khoán mới nổi chính sách này có tác dụng rất lớn. Về thuế các công ty chứng khoán là một trong những đối tượng được hưởng ưu đãi thuế nhiều nhất. Như ở Việt Nam các công ty được
miễn thuế giá trị gia tăng, đối với các hoạt động kinh doanh chứng khoán được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong năm đầu tiên và 50% trong 2 năm tiếp theo. Để có thể thu hút được các trung gian tham gia vừa với tư cách nhà cung ứng các dịch vụ vừa với tư cách nhà đầu tư cần có một chính sách thuế rõ ràng và thống nhất để các tổ chức này có chính sách hợp lý và yên tâm khi tham gia, chính sách thuế, phí, lệ phí phù hợp với sự phát triển của thị trường chứng khoán sẽ là đòn bẩy tích cực, là động lực thúc đẩy các trung gian tài chính tham gia.