- Lửa rừng có ảnh hưởng rất lớn đến tài nguyên thực vật rừng; trong đó phải kể đến sự ảnh hưởng của chúng tới quá trình phát triển của tầng cây cao, sự
tồn tại và phát triển của lớp cây tái sinh và vai trò giữ ẩm cho đất, bảo vệ và hạn chế xói mòn rửa trôi đất. Nếu xảy ra lửa rừng thì phải rất lâu nữa mới có thể phục hồi lại nguyên trạng rừng trước khi xảy ra cháy rừng, chính vì vậy lửa rừng luôn là nguyên nhân lớn đe doạ tài nguyên sinh vật rừng của các Khu bảo tồn và Vườn quốc gia. Mặc dù huyện Văn Yên là huyện thường xuyên xảy ra cháy rừng của tỉnh Yên Bái nhưng từ năm 2006 đến nay trong địa phận của Khu Bảo tồn mới xảy ra 03 vụ cháy với diện tích thiệt hại 48 ha, loại rừng cháy chủ yếu là trảng cỏ lau lách chỉ có 05 ha rừng bị cháy là tự nhiên, nguyên nhân xảy ra cháy là do người dân đốt rừng làm nương dẫn đến cháy lan. Chi cục Kiểm lâm tỉnh Yên Bái, Hạt Kiểm lâm huyện Văn Yên, Ban quản lý Khu bảo tồn, chính quyền địa phương và người dân luôn xác định lửa rừng là một nhân tố tác động trực tiếp đến tài nguyên rừng và phải luôn luôn chú ý đến công tác phòng cháy rừng, quyết tâm không để cháy rừng xảy ra.
Hình 4-18: Rừng bị tàn phá bởi lửa Hình 4-19: Cháy rừng
- Chăn thả rông gia súc: Đây cũng là một hoạt động ít nhiều ảnh hưởng đến sự sinh trưởng của rừng, đặc biệt là lớp cây tái sinh, cây bụi thảm tươi hay nói cách khác là làm giảm sự ổn định và tính đa dạng của rừng. Ngoài ra chăn thả rông gia súc còn là nguyên nhân có thể dẫn đến cháy rừng vào mùa khô hanh. Người dân địa phương có truyền thống chăn thả gia súc lên rừng từ nhiều đời nay. Theo thống kê tại 28 thôn bản của 4 xã vùng đệm có 2911 con trâu, bò bình quân mỗi hộ gia đình có 1,56 con trâu bò. Người dân địa phương không có thói quen sản xuất ra thức ăn cho các loài gia súc mà chúng sống chủ yếu dựa vào các loại thức ăn có
sẵn trong tự nhiên; bãi chăn thả cho gia súc cũng không có. Chính vì vậy đã gây nên sự tàn phá trên diện rộng của các loài cây tái sinh, phá hại môi trường sống của thực vật.
- Trồng Cao su: Cao su là loài cây công nghiệp cho giá trị kinh tế cao; trồng Cao su hiện nay đang được triển khai tại nhiều địa phương trong cả nước. Yên Bái cùng là tỉnh đang có phong trào trồng Cao su tại nhiều địa phương. Tuy nhiên tại các xã vùng đệm đặc biệt là xã Phong Dụ Thượng có nhiều người đã trồng Cao su trên diện tích đất vườn rừng và đã có hiện tượng phá rừng để trồng loài cây này (tuy diện tích này nhỏ 8 ha và được Hạt Kiểm lâm huyện Văn Yên phát hiện kịp thời). Tình trạng phá rừng trồng Cao su một cách tự phát, không có quy hoạch của chính quyền địa phương nếu không ngăn chặn kịp thời sẽ gây ảnh hưởng lớn đến tài nguyên rừng.