Trong quá trình thực hiện hoạt động thanh tra, các nguyên tắc đóng vai trò chi phối toàn bộ các hoạt động và đảm bảo cho kết quả hoạt động thanh tra phản ánh đúng đắn, khách quan thực tế vụ việc, đạt được mục đích đề ra. Các nguyên tắc tạo khuôn khổ, sự chuẩn mực cho đoàn thanh tra thực hiện đúng chức trách, nhiệm vụ của mình, đảm bảo không được lạm dụng quyền hạn, chi phối đối tượng thanh tra để có thể làm sai lệch kết quả hoạt động thanh tra nhằm mưu lợi cá nhân.Và để bảo vệ các nguyên tắc này, pháp luật về thanh tra cũng đã tạo dựng các cơ chế nhằm ngăn ngừa sự vi phạm này (như Quy chế giám sát đoàn thanh tra). Hoạt động thanh tra ngân hàng là hoạt động thanh tra chuyên ngành nên ngoài việc tuân thủ các nguyên tắc thanh tra chung còn phải tuân theo các nguyên tắc riêng do đặc thù của hoạt động tiền tệ ngân hàng. Cụ thể:
- Hoạt động thanh tra ngân hàng phải tuân theo pháp luật, bảo đảm chính xác, khách quan, trung thực, công khai, dân chủ, kịp thời, không làm cản trở hoạt động bình thường của đối tượng thanh tra ngân hàng.
-Kết hợp thanh tra việc chấp hành chính sách, pháp luật về tiền tệ, ngân hàng với thanh tra rủi ro trong hoạt động của đối tượng thanh tra.
-Thanh tra ngân hàng đặc biệt tuân thủ và thực hiện theo quy định của của Luật NHNN, Luật TCTD và các quy định khác có liên quan, trường hợp có sự khác nhau với các luật khác thì hoạt động thanh tra ngân hàng phải tuân theo luật NHNN và luật TCTD.
- Hoạt động thanh tra ngân hàng phải tuân thủ trình tự, thủ tục tiến hành do Thống đốc NHNN quy định.