Tăng cường quản lý, kiểm tra, giám sát kết quả thực hiện chế độ tự chủ tài chính của các đơn vị sự nghiệp công lập nói chung và tại các trường đại học nói riêng sẽ góp phần nâng cao trách nhiệm của đơn vị trong sử dụng biên chế và kinh phí được nhà nước giao. Nhờ hoạt động tăng cường kiểm tra kiểm
soát, thủ trưởng các cơ quan đơn vị sẽ phải thận trọng hơn trong các quyết định sắp xếp và sử dụng biên chế kinh phí được giao.
Quy chế chi tiêu nội bộ là cơ sở để điều hành và giám sát chi tiêu trong đơn vị một cách chủ động. Nó có mục đích tập trung quản lý, thống nhất các nguồn thu, tăng cường các nguồn thu, đảm bảo việc chi tiêu thống nhất, tiết kiệm hợp lý đồng thời góp phần từng bước cải thiện, nâng cao thu nhập cho cán bộ, giảng viên, tăng cường cơ sở vật chất cho nhà trường. Hoạt động kiểm tra, kiểm soát công tác xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ góp phần phát huy tinh thần dân chủ cho các cán bộ, giảng viên, người lao động, tạo điều kiện cho các đối tượng này có thể tham gia cùng trong việc góp ý, tham gia quản lý, giám sát việc sử dụng biên chế kinh phí tại đơn vị vì nó gắn liền với lợi ích của tập thể và bản thân từng cán bộ, viên chức trong đơn vị. Việc kiểm tra, giám sát qui chế chi tiêu nội bộ, dự toán, quyết toán, kinh phí tiết kiệm, phương án phân chia thu nhập, kinh phí hàng năm lại góp phần thực hiện tốt quy chế dân chủ cơ sở và công khai tài chính theo quy định của chính phủ. Bản thân công tác kỉểm tra, kiểm soát có được thực hiện tốt hay không phụ thuộc nhiều vào việc thực hiện minh bạch hóa và công khai hóa trong tình hỡnh tài chính của đơn vị. Công khai và minh bạch tài chính là nhằm phát huy quyền làm chủ của cán bộ công chức trong nhà trường và thực hiện giám sát quá trình quản lý sử dụng tiền tài sản của nhà nước, các khoản thu - chi của đơn vị, đồng thời phát hiện ngăn chặn các hành vi vi phạm chế độ tài chính, lãng phí, tham nhũng.
Để nâng cao chất lượng công tác kiểm tra, kiểm soát:
-Hàng năm, ĐHQGHN cần thường xuyên tổ chức thực hiện công tác kiểm toán nội bộ, nhằm giúp cho Ban Giám đốc nắm rõ hơn tình hình tài chính của đơn vị và giúp đơn vị phát hiện những thiếu sót, kịp thời thực hiện chấn chỉnh lại những sai sót nếu có trong công tác quản lý tài chính.
-Đơn vị tổ chức tốt cơ chế dân chủ cơ sở, tuyên truyền nâng cao nhận thức của cán bộ, giảng viên trong đơn vị về tài chính, ngân sách. Bởi kiểm tra giám sát trước hết phải nắm được mục đích yêu cầu, nguyên tắc và các nội dung tài chính quy định, trên cơ sở đó người kiểm tra giám sát mới có thể đánh giá đúng tình hình thực hiện tài chính phát hiện và kiến nghị đối với những hành vi vi phạm chế độ tài chính, tham nhũng, lãng phí tiền, tài sản.
-Lựa chọn hình thức kế toỏn phự hợp, tổ chức thực hiện chế độ báo cáo kế toán và kiểm tra kế toán. Số liệu trong báo cáo kế toán là số liệu mang tính tổng hợp về tình hình hoạt động của đơn vị theo những chỉ tiêu kinh tế tài chính phục vụ cho công tác quản lý của đơn vị và của các cơ quan quản lý cấp trên.