Rủi ro trong việc xác định chi phí liên quan đến tính có thật, tính toán, đánh giá và ghi chép của HĐXD, do các nguyên nhân sau:
Thứ nhất: Khả năng xảy ra sai phạm trong việc xác định các khoản chi phí thiệt hại do thời tiết (nhằm khai khống chi phí) vì thời gian thi công dài và tổ chức sản xuất ngoài trời.
Thứ hai: Đối với các công trình khoán gọn, đội thi công có thể sẽ tập hợp chi phí khống để đảm bảo đủ theo tỷ lệ khoán ...
Thứ ba: Giá vốn, chi phí dở dang cuối kỳ không chính xác do doanh nghiệp không hạch toán chi phí cho từng hạng mục riêng biệt.
Thứ tư: Một số khoản chi phí phát sinh trong quá trình thi công không bao gồm trong giá trị hợp đồng ban đầu và một số khoản chi phí được xác định là chi phí của hợp đồng chưa thống nhất và phù hợp với các nguyên tắc và chuẩn mực kế toán hiện hành, cụ thể:
+ Khoản chi phí liên quan đến việc thay đổi thiết kế được chủ đầu tư đồng ý. + Khoản chi phí lãi vay được vốn hóa không được tập hợp vào chi phí của HĐXD hoặc các doanh nghiệp xây lắp hạch toán toàn bộ chi phí lãi vay vào chi phí tài chính trong kỳ, hoặc là hạch toán toàn bộ vào HĐXD mà không xem xét các khoản chi phí này có đủ điều kiện được vốn hoá hay không, hoặc là việc xác định phần chi phí lãi vay được vốn hoá không hợp lý, chỉ dựa vào kinh nghiệm mà không có phương pháp xác định định cụ thể nhất quán.
+ Khoản thu từ bán nguyên vật liệu thừa, thu từ thanh lý máy móc thiết bị thi công khi kết thúc hợp đồng thì hiện nay hầu hết các doanh nghiệp xây lắp đều coi đó là khoản thu nhập khác TK 711 mà không ghi giảm chi phí HĐXD.
thầu thuê đơn vị trợ giúp kỹ thuật để đảm bảo hoàn thành hợp đồng thì chi phí này hiện nay hầu hết các doanh nghiệp xây lắp không hạch toán vào chi phí của HĐXD theo quy định của Chuẩn mực số 15 mà hạch toán vào chi phí khác TK 811. Điều này cũng ảnh hưởng đến tính trung thực của HĐXD.
+ Khoản phạt do vi phạm hợp đồng kinh tế hầu hết các doanh nghiệp xây lắp hạch toán vào chi phí khác TK 811. Việc hạch toán này là không đúng với chuẩn mực kế toán hiện hành, theo quy định các khoản này phải điều chỉnh giảm doanh thu của HĐXD.
+ Các khoản chi phí phát sinh liên quan đến bảo hành công trình thường không được các doanh nghiệp xây lắp trích trước vào chi phí của HĐXD theo quy định của Chuẩn mực. Khi phát sinh doanh nghiệp thường hạch toán vào chi phí quản lý do đã kết chuyển và xác định kết quả. Việc hạch toán như vậy không phù hợp với quy định về nội dung chi phí của HĐXD.
+ Hiện nay trong các doanh nghiệp xây lắp tồn tại rất nhiều khoản chi phí phát sinh ngoài dự toán hợp đồng được chủ đầu tư chấp nhận thanh toán thì đa phần các doanh nghiệp xây lắp không hạch toán vào chi phí của HĐXD hoặc hạch toán không phù hợp. Điều đó dẫn đến việc tập hợp chi phí hợp đồng xây dựng trong các doanh nghiệp xây lắp hiện nay thường không chính xác.