Bên cạnh những thành tựu đã đạt được trong hoạt động nói chung và công tác huy động vốn nói riêng, vẫn còn những tồn tại và hạn chế mà chi nhánh có định hướng điều chỉnh trong thời gian tới.
Một là vốn huy động bằng ngoại tệ chiếm tỷ trọng nhỏ: mặc dù vốn huy
động bằng ngoại tệ đã tăng qua các năm nhưng vẫn còn chiếm tỷ trọng nhỏ trong tổng vốn huy động điều này cho Chi nhánh không đủ ngoại tệ đáp ứng nhu cầu cho vay bằng ngoại tệ trong tương lai và Chi nhánh có thể mất đi các cơ hội kinh doanh.
Hai là chênh lệch giữa huy động bằng ngoại tệ với dư nợ cho vay bằng ngoại tệ lớn, điều này làm gia tăng chi phí huy động từ việc mua vốn bằng ngoại
tệ để đáp ứng nhu cầu cho vay ngoại tệ, từ đó làm giảm kết quả kinh doanh của Chi nhánh.
Các biện pháp hỗ trợ cho công tác HĐV chưa thực sự có hiệu quả, điều kiện làm việc chưa thực sự thuận lợi, mạng lưới các phòng giao dịch tuy đã được mở rộng nhưng nhưng chủ yếu chỉ tập trung thành phố thị trấn chưa kịp thời bao phủ toàn địa bàn. Hoạt động Marketing chưa có hiệu quả, khách hàng chỉ biết đến hình thức HĐV khi họ có quan hệ với ngân hàng và chủ yếu ở khu vực xung quanh địa điểm giao dịch.
Ba là cơ cấu khách hàng chưa cân đối, nguồn tiền gửi một số khách hàng lớn chiếm tỷ trọng cao trong hoạt động (chiếm hơn 60% tổng tiền gửi), phần lớn các khách hàng cá nhân tự chủ động tìm đến chi nhánh chứ chi nhánh chưa chủ động trong việc tìm kiếm khách hàng mới, khách hàng tiềm năng. Các chính sách khách hàng do chi nhánh tự đề ra chưa thực sự hiệu quả, rõ ràng, chưa thật sự mang ý nghĩa thương hiệu bán lẻ rõ ràng.
Bốn là chênh lệch giữa huy động tiền gửi không kỳ hạn và tiền gửi dưới 12 tháng lớn hơn nhiều so với dư nợ cho vay ngắn hạn. Điều này cũng ảnh hưởng đến việc sử dụng vốn của Chi nhánh sao cho phát huy tối đa hiệu quả của vốn huy động.