Các bộ phận nghiệp vụ chịu trách nhiệm mở sổ theo dõi, chuyển dữ liệu, lập báo cáo và kế hoạch các loại theo quy định. Khi lập báo cáo phải đối chiếu số liệu liên quan giữa các loại sổ và biểu báo cáo, giữa các bộ phận với nhau như bộ phận kế toán và bộ phận thu với ngân hàng, kho bạc để đảm bảo khớp đúng. BHXH huyện chịu trách nhiệm lập và gửi lên BHXH tỉnh báo cáo tháng nộp trước ngày 03 tháng sau, Báo cáo quý nộp trước ngày 10 tháng đầu quý sau, Báo cáo năm nộp trước ngày 10 tháng 01 năm sau. Vào các ngày thứ ba và thứ sáu hàng tuần, BHXH huyện chuyển toàn bộ dữ liệu về BHXH tỉnh qua đường
truyền FTP theo quy định hiện hành. BHXH cấp huyện cần phải thường xuyên cập nhật thông tin, dữ liệu của người tham gia BHXH, BHYT để phục vụ kịp thời cho công tác nghiệp vụ và quản lý. Định kỳ hàng tháng, BHXH huyện tổ chức phân loại, lưu trữ và bảo quản hồ sơ, tài liệu thu BHXH theo khối loại hình đơn vị để quản lý, đảm bảo khoa học, thuận tiện cho việc kiểm tra, khai thác.
- Trên cơ sở báo cáo quyết toán quý, năm do BHXH huyện gửi lên, BHXH tỉnh thành lập đoàn kiểm tra và thẩm định báo cáo quyết toán tại đơn vị BHXH cấp huyện. Trường hợp số liệu khớp đúng thì BHXH tỉnh chấp nhận số liệu báo cáo và thống nhất bằng biên bản để tổng hợp báo cáo BHXH Việt Nam. Trường hợp số liệu chưa khớp đúng thì BHXH tỉnh yêu cầu BHXH huyện đối chiếu, kiểm tra, rà soát, tổng hợp xác định lại số phải thu theo quy định và báo cáo BHXH tỉnh để quyết toán với BHXH Việt Nam.