Phú Yên có quốc lộ 1A và đường sắt Bắc – Nam chạy qua, quốc lộ 25 nối tỉnh Gia Lai, quốc lộ 29 nối tỉnh Đắk Lắk, phía Nam có cảng biển Vũng Rô, sân bay Tuy Hòa. Các tuyến giao thông Bắc Nam, Đông Tây, cảng biển, sân bay, hầm đường bộ Đèo Cả…có tác động lớn đến quá trình phát triển kinh tế - xã hội, tạo điều kiện cho hợp tác, trao đổi kinh tế, văn hóa giữa Phú Yên với các tỉnh thành trong vùng, cả nước và quốc tế. Mặt khác, Phú Yên nằm trong vùng ảnh hưởng của vùng kinh tế trọng điểm miền trung, trong các tỉnh Duyên hải Nam Trung Bộ, Phú Yên là nơi có điều kiện thuận lợi nhất trong việc xây dựng tuyến đường sắt lên Tây Nguyên. Đây là một trong những điều kiện thuận lợi đưa Phú Yên trở thành đầu mối giao lưu kinh tế Bắc Nam và Đông Tây; có trục giao thông ven biển nằm trong tuyến đường bộ ven biển Việt Nam nối các huyện vùng biển và ven biển; Giao thông đường sắt, có tuyến đường sắt Bắc - Nam đi qua với chiều dài đoạn tuyến là 117 km, có 2 ga chính là Tuy Hòa và Đông Tác, trong tương lai khi tuyến đường sắt lên Tây Nguyên được hình thành mở ra triển vọng hợp tác, giao thương hàng hóa giữa Phú Yên và các tỉnh Tây Nguyên; Hàng không, Phú Yên có sân bay Tuy Hòa cách thành phố Tuy Hòa 5km về phía Đông Nam, diện tích sân bay: 700ha, hiện đang nâng cấp cảng hàng không Tuy Hòa theo tiêu chuẩn 4C; cảng Vũng Rô, Vũng Rô là cảng biển nước sâu có thể đón nhận tàu trọng tải 30 nghìn DWT.