Mặc dù đạt được những kết quả đáng kích lệ, nhưng quá trình XD NTM vẫn còn những tồn tại, hạn chế, nên dẫn đến tiến độ xã đạt chuẩn NTM chưa theo kế hoạch, đó là:
Thứ nhất, Công tác tuyên truyền, vận động ở các cấp, các ngành còn thiếu thường xuyên, chưa làm tốt công tác phổ biến cho người dân hiểu rõ về chủ trương, cơ chế chính sách, quyền lợi và nghĩa vụ của mỗi cá nhân, cộng
trọng của chương trình tại một số nơi còn hạn chế, xem chương trình như một dự án đầu tư xây dựng, từ đó nảy sinh tư tưởng trông chờ, ỷ lại của một bộ phận cán bộ, đảng viên và người dân nên đã làm cho chương trình XD NTM trên địa bàn gặp khó khăn và bị chững lại, nhất là trong thời gian gần đây, nhiều kết quả, tiêu chí đạt được nhưng thiếu bền vững.
Thứ hai, Nhận thức về chương trình XD NTM của cấp uỷ đảng, chính quyền các cấp ở một số nơi chưa đầy đủ, có mặt hạn chế, chủ quan, nóng vội. Công tác lãnh đạo, chỉ đạo, tổ chức thực hiện của cấp ủy, chính quyền, mặt trận, các đoàn thể ở một số nơi còn thiếu quyết tâm; chưa thường xuyên, liên tục, còn nặng về phong trào; Trình độ, năng lực của đội ngũ cán bộ, nhất là ở cơ sở và địa bàn thôn có mặt còn hạn chế. Vai trò tiên phong, gương mẫu của một số cấp uỷ viên, cán bộ, đảng viên chưa phát huy tốt, quyết tâm chính trị chưa cao, ngại đổi mới; chưa dám nghĩ, dám làm, dám chịu trách nhiệm. Sự vào cuộc của một số ngành chưa quyết liệt, thiếu đồng bộ.
Thứ ba,Việc phân công, phân nhiệm triển khai kế hoạch XD NTM có lúc còn thiếu đồng bộ. Sự quyết tâm của một số xã chưa cao, quá trình xây dựng kế hoạch còn chung chung, thiếu cụ thể nên khi triển khai thực hiện còn lúng túng, thiếu thực tế. Công tác lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành nhiều lúc, nhiều nơi chưa có trọng tâm, trọng điểm, dàn trải và phân công trách nhiệm thiếu rõ ràng cho các cơ quan, đơn vị, cá biệt có nơi còn thiếu sự kiểm tra, đôn đốc, phối hợp nhịp nhàng.
Thứ tư, Nguồn lực của huyện, xã và nguồn lực tự có trong nhân dân còn hạn chế nên chưa chủ động trong việc bố trí nguồn lực đầu tư, vẫn còn lệ thuộc lớn vào nguồn lực của cấp trên; thiếu cơ chế khuyến khích, huy động, kêu gọi đầu tư. Nguồn lực để đầu tư cho hai tiêu chí là giao thông (chủ yếu là GTNT) và tiêu chí trường học chưa đáp ứng với yêu cầu, vẫn còn nhiều trường thiếu phòng học, phòng bộ môn, phòng chức năng, bếp ăn, nhà vệ sinh, tường rào...