Ngày 11/3/1995, Nghị định số 181/CP của Chính phủ đã ban hành Quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và lề lối làm việc của Vụ Thanh tra Pháp chế thuộc Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ. Đây là văn bản tạo cơ sở pháp lý để cải tiến một bước hoạt động của công tác thanh tra công vụ, đáp ứng kịp thời đòi hỏi của yêu cầu nhiệm vụ mới. Theo đó, Vụ Thanh tra pháp chế thực hiện chức năng chính là thanh tra, kiểm tra việc thực hiện luật pháp, chính sách thuộc lĩnh vực do Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ phụ trách. Ngày 29/9/2003 Bộ trưởng Bộ Nội vụ ban hành Quyết định số 61/2003/QĐ-BNV quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức của Thanh tra Bộ - chính thức thành lập Thanh tra Bộ Nội vụ và được kiện toàn bằng Quyết định số 2578/QĐ- BNV ngày 21/9/2017.
Kể từ khi thành lập, Thanh tra Bộ Nội vụ đã tham mưu cho lãnh đạo Bộ thực hiện có hiệu quả công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, tiếp công dân và phòng, chống tham nhũng góp phần nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý của Bộ Nội vụ. Hiện nay Thanh tra Bộ Nội vụ được tổ chức thành 03 phòng: phòng Tổng hợp; phòng Thanh tra nội vụ khối bộ, ngành Trung ương; phòng Thanh tra nội vụ khối địa phương.Tổng số cán bộ, công chức tính đến tháng 4/2019 là 20 người (Chánh Thanh tra, 02 Phó Chánh Thanh tra).
Thanh tra Bộ Nội vụ có chức năng giúp Bộ trưởng Bộ Nội vụ quản lý nhà nước về công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, tiếp công dân, phòng, chống tham nhũng và phòng, chống tội phạm; tiến hành thanh tra hành chính đối với cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ Nội vụ; tiến hành thanh tra chuyên ngành đối với cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ Nội vụ; theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện
kết luận thanh tra, quyết định xử lý về thanh tra của Bộ Nội vụ và Thanh tra Bộ; giải quyết khiếu nại, tố cáo, tiếp công dân, phòng, chống tham nhũng và phòng, chống tội phạm theo quy định của pháp luật.