Định mức chi NSNN không những là căn cứ để lập kế hoạch, phân bổ
hành các công tác thanh tra, kiểm tra, kiểm soát trong toàn bộ quá trình chi Ngân sách từ bƣớc lập dự toán, chấp hành dự toán đến quyết toán Ngân sách.
Mỗi một nội dung Ngân sách cho các đơn vị phải có tiêu chuẩn, chế độ định mức cụ thể và phù hợp với từng lĩnh vực hoạt động của từng đơn vị. Chúng phải đƣợc thiết lập trên những căn cứ tính toán khoa học, số liệu thống kê hàng năm. Nhƣ vậy thì định mức đó mới có tính thuyết phục để hình thành Ngân sách cho từng lĩnh vực và đảm bảo pháp lý cho công tác quản lý chi đạt hiệu quả.
Thực tế cho thấy từ các năm qua, hệ thống định mức, tiêu chuẩn, chế độ chi tiêu cho lĩnh vực sự nghiệp có thu nói chung và các đơn vị dự toán ngành Y nói riêng chƣa đƣợc chú ý đúng mức, chƣa hợp lý và cũng chƣa phù hợp yêu cầu và nhiệm vụ. Trong thực tế có nhiều định mức chỉ để dùng làm căn cứ để định kế hoạch, còn trong quá trình thực hiện, quản lý và điều hành Ngân sách thì vận dụng còn chƣa đúng và vƣợt định mức nhƣ chế độ sửa chữa lớn tài sản cố định, sử dụng xe công, chế độ trợ cấp tiền điện thoại...Cũng vì mức chi không hợp lý nên công tác thanh tra, kiểm tra, kiểm soát chi gặp khó khăn đối với việc thực hiện không đúng của đơn vị. Chính vì vậy, bệnh viện cần xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ sao cho phù hợp với tình hình thực tế hoạt động tại đơn vị để Quy chế chi tiêu nội bộ trở thành chuẩn mực khi thực hiện các khoản chi trong đơn vị. Cần có chế độ đãi ngộ thỏa đáng hơn cho cán bộ, nhân viên y tế nói chung và trong khu vực cung ứng dịch vụ khám chữa bệnh nói riêng là một trong các yếu tố tạo động lực quan trọng để nâng cao chất lƣợng dịch vụ y tế. Tạo nguồn tài chính để đảm bảo thu nhập tăng thêm cho cán bộ, nhân viên y tế là một khâu quan trọng đối của đổi mới cơ chế tài chính bệnh viện, song vấn đề mấu chốt là thu nhập tăng thêm phải gắn liền với hiệu quả hoạt động chuyên môn, gồm cả phòng chống bệnh dịch, phát hiện bệnh sớm và chữa khỏi bệnh, đồng thời phải minh bạch công tác tài
lƣơng, phụ cấp và tiền thƣởng của cán bộ, nhân viên của bệnh viện trƣớc đây thƣờng đƣợc coi là một trong những nhân tố tác động đến sự suy giảm đạo đức nghề nghiệp. Song tình trạng thu nhập tăng thêm ở các bệnh viện tự chủ tài chính dựa vào nguồn thu viện phí trực tiếp hiện nay cũng đặt ra vấn đề đạo đức nghề nghiệp cần đƣợc xem xét.
Nhân lực y tế, nhân tố quyết định hiệu quả hoạt động mạng lƣới khám chữa bệnh, cần cả yếu tố động lực làm việc. Động lực làm việc của cán bộ y tế đƣợc tạo ra bởi nhiều yếu tố trong đó có sự trả công của nơi họ công tác. Vì vậy, cùng với chế độ đãi ngộ thỏa đáng, cần tạo điều kiện làm việc thuận lợi và đề cao các giá trị tinh thần và đạo đức của ngƣời thầy thuốc.