Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ƣơng đƣợc thành lập ngày 07 tháng 6 năm 1957 theo Quyết định số 238/TTg của Thủ tƣớng Chính phủ có địa chỉ tại số 29 đƣờng Nguyễn Bỉnh Khiêm, phƣờng Nguyễn Du, quận Hai Bà Trƣng, thành phố Hà Nội. Từ khi thành lập đến nay, bệnh viện đã trải qua nhiều tên gọi nhƣ Viện Nghiên cứu Đông y năm 1957; Viện Y học cổ truyền Trung ƣơng năm 1980; Viện Y học cổ truyền Việt Nam năm 1991. Ngày 18/6/2003 Viện Y học cổ truyền Việt Nam chính thức đƣợc đổi tên thành Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ƣơng cho tới nay.
Từ năm 1988, Viện nghiên cứu Đông y nay là Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ƣơng đƣợc tổ chức Y tế Thế giới công nhận là Trung tâm hợp tác của tổ chức y tế Thế giới (WHO) Tây Thái Bình Dƣơng về YHCT. Từ năm 1986 đến nay, bệnh viện đã mở rộng việc khám chữa bệnh ngoại trú, tăng cƣờng hợp tác với các Viện, các Bệnh viện tuyến Trung ƣơng và các Bệnh viện trên địa bàn thành phố Hà Nội.
Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ƣơng là bệnh viện đầu ngành về YHCT - Trung tâm hợp tác về y học cổ truyền (YHCT) của Tổ chức y tế thế giới tại Việt Nam. Bệnh viện có 35 khoa phòng và trung tâm đƣợc chia thành 4 khối: lâm sàng, cận lâm sàng, các trung tâm và khối các phòng ban chức năng. Bệnh viện có gần 500 công chức, viên chức và ngƣời lao động trong đó có 05 Phó Giáo sƣ, 14 Tiến sĩ, 35 Thạc sĩ, 9 Bác sĩ chuyên khoa cấp II, 20 Bác sĩ chuyên khoa cấp I. 1/3 cán bộ đại học và trên đại học. Với đội ngũ các giáo sƣ, tiến sĩ, thạc sĩ, bác sĩ chuyên khoa II, chuyên khoa I và các bác sĩ
giàu kinh nghiệm, bệnh viện là cơ sở điều trị, nghiên cứu, và giảng dạy về YHCT lớn nhất trong cả nƣớc.
Bệnh viện hiện có khoảng 600 giƣờng bệnh, có các khoa lâm sàng Nội, Ngoại, Phụ, Nội Nhi, Châm cứu dƣỡng sinh, Ngƣời có tuổi, Hồi sức cấp cứu, Da liễu, Kiểm soát và Điều trị Ung bƣớu, Khám chữa bệnh tự nguyện chất lƣợng cao v.v..., với đầy đủ các trang thiết bị hiện đại để phục vụ cho chẩn đoán, điều trị và nghiên cứu khoa học.
Kể từ khi thành lập, với chức năng và nhiệm vụ chính là kế thừa, phát huy và phát triển y học cổ truyền, kết hợp y học cổ truyền với y học hiện đại trong điều trị và dự phòng, bệnh viện đã đạt đƣợc rất nhiều thành tựu trong phát triển y học cổ truyền.
Với những đóng góp đó, Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ƣơng đã đƣợc Nhà nƣớc trao tặng nhiều danh hiệu cao quý nhƣ:
Năm 1981, Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ƣơng đƣợc Nhà nƣớc trao tặng Huân chƣơng Lao Động hạng Nhì.
Năm 1985, Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ƣơng đƣợc Nhà nƣớc trao tặng Huân chƣơng Lao Động hạng Nhất.
Năm 1996, Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ƣơng đƣợc Nhà nƣớc trao tặng Huân chƣơng Chiến Công hạng Ba.
Năm 1997, Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ƣơng đƣợc Nhà nƣớc trao tặng Huân chƣơng Độc Lập hạng Ba.
Năm 2007, Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ƣơng đƣợc Nhà nƣớc trao tặng Huân chƣơng Độc Lập hạng Nhì.
Năm 2016, Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ƣơng đƣợc Nhà nƣớc trao tặng Huân Chƣơng Độc lập hạng Nhất; Cờ Thi đua của Chính phủ; Cờ Thi đua của Trung ƣơng Đoàn.