Thuế ra đời phát triển gắn liền với sự hình thành và phát triển của nhà nước. Thuế là một đòi hỏi khách quan đối với sự tồn tại và phát triển của Nhà nước. Từ khi nhà nước ra đời thì thuế cũng đã xuất hiện, thuế là sản phẩm tất yếu khi hình thành bộ máy nhà nước, ngược lại thuế là công cụ đảm bảo cung cấp phương tiện vật chất cần thiết cho sự tồn tại và hoạt động của hệ thống bộ máy nhà nước.
- Trước năm 1945, thuế tồn tại ở nước ta như một gánh nặng dưới sự cai trị của giai cấp phong kiến và cả những chính sách vơ vét, bóc lột của thực dân Pháp.
- Từ năm 1945 đến năm 1958:
Ngày 10/9/1945 Chính phủ đã ban hành sắc lệnh số 27/SL đặt ra Sở Thuế quan và Thuế gián thu (trực thuộc Bộ Tài chính) để đảm nhiệm công việc của Sở Tổng thanh tra độc quyền muối, thuốc phiện và các Sở thương chính Bắc, Trung, Nam kỳ.
Ngày 29/5/1946; Theo sắch lệnh 75/SL, cơ cấu tổ chức bộ máy của Bộ Tài chính được thay đổi. Về thuế, có nha thuế quan và thuế gián thu; Nha thuế trực thu; Nha thuế trước bạ - Công sản - điền thổ (sau chuyển thành Nha công sản trực thu - địa chính được gọi là Nha Công - Trực - Địa). Riêng về thuế quan và thuế gián thu, ở từng kỳ có Sở thuế quan và thuế gián thu; ở tỉnh có Ty chánh thu thuế quan; ở các khu vực có nguồn thu quan trọng hoặc có đồng
muối thì có Ty phụ thu thuế quan. Thuế trực thu và các loại thu khác phổ biến có một phòng trong Uỷ ban hành chính phụ trách.
Sau khi có hệ thống chính sách thuế mới dưới chính quyền cách mạng (1951 -1958). Ngày 14/7/1951 Bộ Tài chính đã thành lập Vụ thuế Nông nghiệp (nằm trong Bộ Tài chính) với nhiệm vụ nghiên cứu thuế nông nghiệp, lập kế hoạch, hướng dẫn theo dõi, kiểm tra việc thực hiện chung cả nước.
Ngày 17/7/1951 Bộ Tài chính đã thành lập hệ thống tổ chức ngành thuế công thương nghiệp theo ngành dọc trong cả nước (Sở thuế trung ương, Phân sở thuế liên khu….) để tổ chức thực hiện việc thu thuế công thương nghiệp trong cả nước.
Từ cuối năm 1954, sau khi Miền Bắc được giải phóng, Nhà nước đã công bố chính sách thuế mới hoàn chỉnh và lần lượt ban hành áp dụng thống nhất trên toàn Miền Bắc.
- Thời kỳ cải tạo xây dựng Xã hội chủ nghĩa ở Miền Bắc (1959 - 1975): Ngày 7/4/1959 Bộ Tài chính đã ban hành điều lệ tổ chức, trong đó Sở thuế Trung ương cũ được chuyển thành Sở thuế Công Thương Nghiệp, chuyên trách xây dựng và tổ chức thực hiện chính sách thuế công thương nghiệp, thuế rượu, thuế muối.
Ngày 07/11/1961 Chính phủ có Nghị định số 197-CP về việc quy định nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của Bộ Tài chính, trong đó Sở thuế Công Thương Nghiệp được chuyển thành Vụ Thu quốc doanh và Thuế. Vụ thuế nông nghiệp được chuyển thành Vụ Tài vụ Hợp tác xã và Thuế nông nghiệp. Ngành thuế công thương nghiệp không còn tổ chức theo hệ thống dọc. Ở địa phương, tổ chức thu quốc doanh và thuế nằm trong cơ quan Tài chính.
Ngày 20/3/1974 theo Nghị định số 61/CP của Hội đồng Chính phủ quy định Điều lệ về tổ chức và hoạt động của Bộ Tài chính, trong đó Vụ thu Quốc doanh và thuế cùng với Vụ tài Vụ Hợp tác xã và thuế Nông nghiệp được giải
thể để thành lập Cục thu quốc doanh và Vụ thuế tập thể - cá thể (đều thuộc Bộ Tài chính).
- Sau năm 1975:
Ngày 15/10/1988 Hội đồng Bộ trưởng đã ban hành quyết định số 155/HĐBT và 156/HĐBT quy định chức năng nhiệm vụ và tổ chức Bộ Tài chính và kiện toàn bộ máy thu quốc doanh và thuế trong cơ quan Tài chính.
Trải qua nhiều biến đổi để phù hợp với từng thời kỳ chiến tranh, hoà bình, thống nhất đất nước, bước đầu xây dựng đất nước và đổi mới thì tổ chức bộ máy ngành Thuế đã từng tách, sáp nhập, đổi tên, thay đổi chức năng nhiệm vụ…. không ít lần.
Ngày 7/8/1990 Hội đồng Bộ trưởng đã ban hành Nghị định số 281/HĐBT về việc thành lập ngành thuế nhà nước đươc thống nhất từ ba hệ thống tổ chức: Thu quốc doanh, thuế công thương nghiệp thực hiện sự đổi mới cơ bản về hệ thống tổ chức thống nhất, kiện toàn bộ máy đào tạo bồi dưỡng cán bộ, bảo đảm các mục tiêu cải cách hệ thống thuế mới với hiệu quả cao nhất.
Từ đây, hệ thống thuế của Việt Nam đã tương đối ổn định, Ngành thuế được tổ chức qua ba cấp từ Tổng cục Thuế, Cục Thuế đến Chi cục Thuế; được xác định rõ quyền hạn trách nhiệm và sự phân công cụ thể hợp lý giữa cơ quan thuế ngành dọc cấp trên và chính quyền từng cấp trong tổ chức lãnh đạo chỉ đạo thực hiện nghiêm chỉnh chính sách chế độ thuế chung cả nước và trên địa bàn lãnh thổ theo nguyên tắc song hành lãnh đạo...
Tổng cục Thuế là cơ quan đứng đầu Nhà nước trong lĩnh vực Thuế, trực thuộc Bộ Tài chính và chịu trách nhiệm trước Bộ, trước Nhà nước về lĩnh vực Thuế.
Với số lượng cán bộ ban đầu còn ít, trình độ chưa đồng đều và hạn chế về nhiều mặt, đến nay số lượng cán bộ Tổng cục Thuế đã tăng gấp nhiều lần cả về số lượng và chất lượng. Qua thời gian, với sứ mệnh cao cả của mình “là
nguồn thu chủ yếu của ngân sách Nhà nước” các cán bộ ngành Thuế, đặc biệt là Tổng cục Thuế đã không ngừng cố gắng, tự hoàn thiện bản thân, hoàn thiện chính sách thuế và quản lý thu thuế đạt hiệu quả cao nhất, góp phần to lớn vào việc tăng thu ngân sách Nhà nước để xây dựng đất nước ngày càng giàu mạnh, công bằng, dân chủ và văn minh; đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ của giai đoạn cách mạng hiện tại và những thách thức của thời đại mới, hướng tới xây dựng thành công chủ nghĩa xã hội ở nước ta.