Các loài sinh vật nói chung khi bị biến động suy giảm trong quần thể phần lớn đều do hai nguyên nhân chính:
- Các hiểm hoạ tự nhiên; - Các hoạt động của con người.
Các hiểm hoạ tự nhiên đã gây những tổn thất nặng nề cho đa dạng sinh học trong những kỷ nguyên cách đây hơn 60 triệu năm (Phạm Nhật, 2002). Khi tranh luận về tình hình tuyệt chủng hiện nay, người ta nói nhiều đến số phận các loài đang bị đe doạ và coi khai thác quá mức của con người là nguyên nhân chính của sự đe doạ này (Nguyễn Hoàng Nghĩa, 1997).
Nguyên nhân sâu xa của sự suy giảm đa dạng sinh vật là sự mất cân đối giữa cung và cầu, là sự gia tăng dân số và phá huỷ môi trường sống (Nguyễn Nghĩa Thìn, 1997). Trong gần 200 năm, trên hành tinh này đã bị mất đi 6 triệu km2 rừng. Từ thế kỷ thứ 18 đến nay các hoạt động của con người đã làm tăng hơn gấp đôi nồng độ khí mê tan trong khí quyển, làm tăng 27% khí CO2 và tầng Ôzôn đang bị
suy thoái nặng (IUCN, UNEP, WWF,1993).
Ảnh hưởng do các hoạt động của con người đã làm cho bầu khí quyển nóng lên, các hiện tượng bất thường luôn xẩy ra trong một số năm gần đây, làm cho các loài thực vật trong đó có các loài thuộc ngành Hạt trần bị suy giảm nhanh chóng (đặc biệt là loài cây Bách vàng Xanthocyparis vietnamensis) và thay vào đó là sự
lấn chiếm không gian của các loài trong ngành Hạt kín. Đây cũng là điều kiện môi trường bất lợi cho Bách vàng tái sinh tự nhiên bằng hạt, mặc dù cây vẫn sinh trưởng ra nón và kết hạt bình thường.
Hơn nữa, Bách vàng là loài cây quý hiếm, đặc hữu của Việt Nam, vừa được phát hiện nhưng nó đã được các chuyên gia trên thế giới xếp vào tình trạng bị đe doạ nghiêm trọng theo tiêu chuẩn danh mục đỏ của tổ chức bảo tồn thiên nhiên thế
giới. Kết qủa điều tra, nghiên cứu gốc chặt ở ngoài tự nhiên và phỏng vấn nhân dân
địa phương tại xã cho thấy: Hầu hết các cá thể Bách vàng có đường kính từ 40cm trở lên đều bị khai thác chuyển sang Trung Quốc làm quan tài quý và làm đồ mỹ
nghệ cao cấp cách đây trên 50 năm. Người dân địa phương cũng khai thác Bách vàng làm quan tài quý vì họ tin rằng mùi hương của gỗ có thể giữđược xác không bị hỏng.
Qua điều tra trong một số nhà dân cũng cho thấy gỗ Bách vàng được sử dụng làm nhà: Cột nhà, xà nhà hoặc các đồ dùng khác như thùng chứa nước, chứa rượu.
Theo kinh nghiệm sử dụng gỗ của một số người dân sở dĩ Bách vàng được ưa chuộng là do gỗ Bách vàng có mùi thơm tinh dầu rất đặc trưng, khi sử dụng gỗ
Bách vàng trong nhà sẽ tránh được một số loại bệnh thông thường như: Cảm cúm, nhức đầu, tránh được muỗi, ruồi...Chính vì Bách vàng có giá trị kinh tế cao, có nhiều công dụng nên chúng đã là đối tượng săn lùng, khai thác nghiêm trọng trong một thời gian dài ở qúa khứ. Số lượng Bách vàng còn lại hiện nay chủ yếu là những cá thể còn nhỏ hoặc những cây bị khuyết tật, rất khó có thể bảo tồn được lâu dài.