Nguồn thu thập tài liệu vào Kho Lưu trữ Viện Hàn lâm là từ các Lãnh đạo, Các đơn vị chuyên môn giúp việc Chủ tịch Viện và Khối Văn phòng Dân đảng. Tài liệu chủ yếu là các tập lưu trữ từ văn thư chuyển vào kho, tài liệu tổng hợp; tài liệu quy hoạch, kế hoạch, thống kê, tài liệu về hoạt động khoa học
và công nghệ; tài liệu tài chính - kế toán; tài liệu quản lý xây dựng cơ bản; tài liệu tổ chức cán bộ; tài liệu thi đua, khen thưởng, kỷ luật; tài liệu về lao động tiền lương; tài liệu về hợp tác quốc tế; tài liệu về thanh tra và giải quyết khiếu nại, tố cáo; tài liệu về công tác pháp chế, hành chính và văn thư, lưu trữ; hoạt động Đảng ủy, Công đoàn, Đoàn Thanh niên.
Thu thập tài liệu thu về được chuyển vào kho lưu trữ hiện hành gồm tài liệu lưu của văn thư, tài liệu của Ban Tổ chức - Cán bộ, Ban Kế hoạch - Tài chính, Ban Hợp tác quốc tế. Tài liệu khi thu thập về được bảo quản trong các cặp 3 dây, bó gói, chưa được lập hồ sơ. Chưa được thu đầy đủ về kho tài liệu đã hết hạn nộp lưu. (Phụ lục 4 - Bảng kê số lượng tài liệu thu thập từ năm 2013 đến nay)
Việc tổ chức lại tài liệu đã thu về kho cũng chưa được quan tâm. Minh chứng cho việc này là Viện Hàn lâm chưa ban hành được bất kỳ một bản Danh mục thành phần tài liệu cần giao nộp vào Kho Lưu trữ Viện Hàn lâm. Các đơn vị thuộc diện nộp lưu tài liệu vào Kho Lưu trữ Viện Hàn lâm thường lẫn tài liệu, trong đó có cả sách, báo, hồ sơ nguyên tắc, hồ sơ có giá trị bảo quản dưới 5 năm, không đúng thành phần, nên gây khó khăn cho các hoạt động nghiệp vụ lưu trữ cũng như phân loại, thống kế, bảo quản tài liệu...
Việc thu thập, bổ sung tài liệu vào Kho Lưu trữ Viện Hàn lâm được tuân theo những nguyên tắc cơ bản của thu thập, bổ sung tài liệu như nguyên tắc thu thập, bổ sung tài liệu theo thời kỳ lịch sử, theo đặc trưng cơ bản như nguyên tắc thu thập, bổ sung tài liệu theo Phông và theo khối phông.
Thủ tục giao nộp tài liệu được Viện Hàn lâm quy định rõ ràng tại Quy chế về công tác văn thư, lưu trữ: Việc tiếp nhận hồ sơ, tài liệu được lập Biên bản giao nộp tài liệu và mục lục hồ sơ, tài liệu nộp lưu được lập thành hai bản theo mẫu thống nhất.
Tuy nhiên, thời gian giao nộp tài liệu chưa xây dựng kế hoạch giao nộp cụ thể mà chỉ theo nhu cầu của đơn vị giao nộp.
Trên thực tế, việc thu thập, bổ sung vào Kho Lưu trữ Viện Hàn lâm đã đạt được một số kết quả nhất định.
Xét về bình diện chung, hoạt động thu thập, bổ sung tài liệu vào Kho Lưu trữ Viện Hàn lâm còn nhiều hạn chế.