Việc quản lý thuế đối với các giao dịch thương mại điện tử mang lại nhiều lợi ích cho các doanh nghiệp, người tiêu dùng và xã hội. Cụ thể:
- Đối với Nhà nước: việc quản lý thuế đối với lĩnh vực kinh doanh này TMĐT vừa có tác động lớn tới sự phát triển kinh tế đất nước, vừa mang lại nguồn thu ngân sách nhà nước.
- Đối với doanh nghiệp: tạo môi trường kinh doanh bình đẳng giữa các DN kinh doanh truyền thống và kinh doanh thương mại điện tử, giúp doanh nghiệp tăng khả năng mở rộng thị trường, giảm chi phí tiếp thị, bán hàng và cung ứng, giúp cải thiện hệ thống phân phối của doanh nghiệp, giảm chi phí thông tin, chi phí quản lý
và thời gian xử lý giấy tờ, tăng cường mối liên hệ với khách hàng dễ dàng hơn thông qua việc giao tiếp thuận tiện trên mạng Internet,…
- Đối với người tiêu dùng: Tạo niềm tin và sự an toàn cho khách hàng khi tham gia TMĐT, giúp người tiêu dùng có nhiều lựa chọn về sản phẩm, dịch vụ, giảm thiểu thời gian mua hàng và chi phí đi lại, tạo cơ hội mua được sản phẩm với giá bán thấp hơn, tiếp cận được nhiều thông tin hơn,… "Thông tin không đối xứng" là một trong những hạn chế của cơ chế thị trường. Trong thương mại điện tử, thông tin về hàng hoá đều là thông tin số hoá, người mua không có điều kiện để kiểm tra hàng trước khi mua. Do đó, khả năng rơi vào tình trạng "thông tin không đối xứng" sẽ càng gia tăng, chưa kể tới khả năng bị nhầm lẫn các cơ sở dữ liệu, bị lừa gạt bởi các thông tin và các tổ chức phi pháp có mặt trên mạng. Đây là một khía cạnh cơ chế đáng quan tâm của thương mại điện tử mà đang được chú ý ngày càng nhiều trước thực tế các rủi ro ngày càng gia tăng, ảnh hưởng tới quyền lợi của người tiêu dùng. Cơ chế bảo đảm chất lượng đặc biệt có ý nghĩa với các nước đang phát triển, nơi mà dân chúng cho tới nay vẫn có tập quán tiếp xúc trực tiếp với hàng hoá để kiểm tra (nhìn, sờ, nếm, ngửi v.v...), để thử (mặc thử, đội thử, đi thử...) trước khi mua.
- Đối với xã hội: Thương mại điện tử kích thích phát triển công nghệ thông tin góp phần vào sự chuyển dịch và hội nhập kinh tế của đất nước.
Việc thu thuế và quản lý xuất nhập khẩu là một thách thức lớn đối với các quốc gia tham gia vào giao dịch TMĐT. Tranh chấp là điều không thể tránh khỏi, mà toà án và các phương thức giải quyết tranh chấp truyền thống khác sẽ không còn hoàn toàn thích hợp và hữu hiệu cho việc giải quyết các tranh chấp, vi phạm liên quan tới các giao dịch điện tử, bởi TMĐT mang tính không biên giới về mặt địa lý và đa dạng về chủ thể và hình thức giao dịch. Vấn đề khó khăn hơn nữa là đánh thuế các dữ liệu tức là các hàng hoá "phi vật thể" (như âm nhạc, chương trình truyền hình, chương trình phần mềm v.v... giao trực tiếp giữa các đối tác thông qua mạng).
Tất cả những vấn đề ấy đòi hỏi phải có các nỗ lực tập thể nhằm đạt tới các thoả thuận quốc tế làm nền tảng pháp lý cho việc quản lý thuế đối với giao dịch
thương mại điện tử đạt hiệu quả.