Ðức Giáo Hoàng Gioan XXIII đã khiến thế giới phải bàng hồng khi ngài triệu tập cơng đồng các giám mục Công Giáo để xúc tiến sự hợp nhất Kitô Giáo, cũng như cập nhật hố Giáo Hội Cơng Giáo và giúp Giáo Hội thoả đáp các nhu cầu và lưu tâm của thế giới hiện đại. Tại sao ngài lại làm như vậy? Ngài đơn giản cho rằng đó là sự thúc đẩy của Chúa Thánh Thần, và ngài xin người Công Giáo cầu nguyện cho công đồng: “Lạy Chúa, xin hãy canh tân trong thời đại chúng con như trong một biến cố Hiện Xuống mới.”
Việc triệu tập công đồng thật ngạc nhiên, nhưng đúng lúc. Thời đại kỹ thuật sắp sửa đưa thế giới vào một kỷ nguyên mới, và cảm nghiệm của hai cuộc thế chiến cũng như việc sử dụng vũ khí nguyên tử đã để lại vết thương hằn sâu khiến người ta hoang mang về định mệnh và hướng đi của nhân loại. Làm thế nào một Giáo Hội cổ kính, từng tự hào là chống trả được các chiều hướng thay đổi, có thể tồn tại trong một thế giới đang biến đổi mau chóng và triệt để? Giáo Hội Cơng Giáo phải hiểu mình và tự giới thiệu về mình như thế nào cho thế giới ấy? Ðây là những vấn đề mà đức giáo hoàng mong muốn các giám mục có thể tìm ra câu trả lời, trong khi tin tưởng hoàn toàn vào sự dẫn dắt của Chúa Thánh Thần để đi đến thành công.
Nhiều vị giám mục trên thế giới không hăng say lắm về cơng đồng này, vì họ nghĩ, rốt cục có lẽ cơng đồng cũng sẽ tái khẳng định những điều từng được xác định trước đây trong sách vở Kinh Viện hoặc học thuyết Thánh Tôma. Thật vậy, nhiều thành viên của giáo triều Rôma chỉ muốn công đồng thi hành như vậy mà thôi, họ muốn công bố thêm các lời cảnh cáo đối với thế giới hiện đại, đối với người Tin Lành, và đối với các thần học gia phóng khống về đức tin và lối sống lầm lạc. Khi một số tài liệu dự thảo đầu tiên của công đồng dường như đúng như vậy — tái khẳng định thần học kinh viện và cảnh cáo thế giới — Ðức Giáo Hoàng Gioan XXIII đã thi hành một bước táo bạo. Trong bài diễn văn trước tồn thể cơng đồng,
… ngài tự tách biệt khỏi cái nhìn hạn hẹp có tính cách bảo thủ của Giáo Triều về công đồng và thúc giục các giám mục, thay vào đó, hãy nhận trách nhiệm canh tân cập nhật hố Giáo Hội một cách triệt để. Khơng như kiểu ngôn sứ báo họa của các cố vấn, đức giáo hồng cho biết ngài thích cái nhìn lạc quan đối với lịch sử thế giới hiện đại. Và ngài nhấn mạnh các giám mục cần có một thái độ mục vụ: Họ khơng thể tiếp tục đưa ra các mâu thuẫn không sinh kết quả,
nhưng phải tìm ra các phương cách tích cực, đầy ý nghĩa và mới mẻ để trình bầy học thuyết cổ xưa của Giáo Hội…
Ðó chính là điểm khởi đầu. Toàn thể các giám mục phấn khởi đưa ra các kinh nghiệm bản thân và các quan điểm có giá trị về thần học mới đang ló dạng. Họ hình thành các văn kiện vừa trung kiên với truyền thống Công Giáo vừa đáp ứng với nhu cầu của thời đại — được khẳng định trong ngôn từ tươi mới và cập nhật hóa với nhiều tham khảo từ Phúc Âm và các Giáo Phụ. Một bức tranh đầy mầu sắc của Ðức Gioan XXIII về lý do tại sao ngài triệu tập cơng đồng bắt đầu được hình thành, như một cánh cửa mở ra để khơng khí tươi mát lùa vào.
Tuy nhiên, vẫn cịn nhiều khó khăn và cần phải nhiều nỗ lực với những gì cơng đồng tun bố và làm sao cho có hiệu quả; nhưng lời cầu xin của Ðức Giáo Hoàng Gioan XXIII về một “biến cố Hiện Xuống mới” đã được nhận lời, như được chứng tỏ rõ rệt qua một chuỗi cơng trình của Chúa Thánh Thần được mọi người Công Giáo cảm nhận chỉ hai năm sau khi công đồng bế mạc. Phong Trào Thánh Linh chỉ là một trong biết bao dấu hiệu về một thời đại mới mà việc canh tân Giáo Hội Công Giáo của Chúa Thánh Thần đang bắt đầu.
Vào năm 1963, thế giới phải thương tiếc khi Ðức Giáo Hoàng Gioan XXIII từ trần sau khóa họp đầu tiên của cơng đồng. Ngài đã trung thành với công việc lớn lao mà Thiên Chúa đã giao phó cho ngài trong chức vụ giáo hồng (chỉ bốn năm và bảy tháng), và công việc của Công Ðồng Vatican II lại được tiếp tục dưới sự lãnh đạo của Ðức Giáo Hồng Phaolơ VI.