Cho đến nay, có nhiều tài liệu cho phép nghĩ rằng, sự xâm nhập của Islam vào khu vực Đông Nam Á bắt đầu vào khoảng thời gian từ giữa thế kỷ thứ X đến giữa thế kỷ XIV. Trong sử liệu Trung Quốc, cụ thể là Tống Thư (chương 489), có đoạn mà tác giả M.Ed. Huber trích dẫn công phu cho biết về sự truyền bá sớm nhất Islam vào Đông Nam Á của người Arập và người Ba Tư. Tống Thư chép: (ở đất Chămpa) cũng có trâu sống trong rừng núi, người ta không được sử dụng chúng trong việc canh tác mà chỉ được dùng trong lễ hiến sinh cho các vị thần linh. Vào lúc dâng cúng trâu trong lễ hiến sinh, họ khấn câu “Alôhôkipa”, câu này có nghĩa “mong sao cho các con trâu sớm được hồi sinh”. Theo Huber, câu khấn “Alôhôkipa” này rất gần với câu khấn “Allahhakbar” của các tín đồ Muslim. Trong đoạn ghi chép trên còn có câu: “Tập tục và y phục của người dân Chămpa giống như của những người thuộc vương quốc Tachê (Tadjik, người Arập)”. Như vậy, vào thời nhà Tống (thế kỷ X - XI), đã có những người dân Chămpa theo Islam.
Ngoài ra, những truyền thuyết biên niên sử sau này đã xác định, vị vua của họ đóng đô ở Sri Banoi là Po Avlah, trị vì từ năm 1000 đến năm 1036. Truyền thuyết kể rằng, vào năm Tý, một người thuộc dòng họ Ovlah đã tu hành theo giáo lý Islam, song lại làm cho xứ này bất mãn. Con người này đã hiến dâng cả thể xác và linh hồn của ông cho chúa trên trời và ông đã đến ở Môkah (Mekka) trong 37 năm, sau đó ông lại trở về vương quốc Chămpa.
Như vậy, mặc dù còn nhiều điều cần phải xác minh về độ tin cậy, nhưng những nguôn tư liệu ít ỏi trên đã cho thấy, rất có thể, “từ thế kỷ XI, các thương
gia Arập, Ba Tư hoặc Ấn Độ đã du nhập Islam vào vùng phía đông Đông Nam Á lục địa (chủ yếu là Chămpa)”. Nhưng những tài liệu lịch sử và văn hóa đã
XIV - XVI, khi những người Malaysia đưa tôn giáo này ngược trở lại Chămpa. Thế nhưng, chính từ vương quốc Chămpa, Islam lại thâm nhập vào vùng Đông Nam Á hải đảo. Điều này được nói rõ trong các tác phẩm văn học dân gian đảo Java, nhất là sự tích về nàng công chúa Chămpa (Putri Ciempa).
Ngoài những nguồn tài liệu đã đẫn ở trên, còn có nhiều sự tích ở vùng quần đảo Java đều gắn Chămpa với Islam và gắn với việc truyền bá Islam từ đây sang vùng hải đảo. “Thế nhưng, những tài liệu hiện được biết lại không cho chúng ta hiểu rõ hơn về việc Islam đã thâm nhập và tồn tại ở đây như thế nào. Trong khi đó, tất cả các tài liệu đáng tin cậy đều cho biết, cho đến khi vương quốc cổ Chămpa không còn tồn tại (năm 1471), vương triều Chămpa là vương triều Ấn Độ giáo”. Chắc hẳn là, như A. Cabaton đã nhận xét, “Rất có
thể Islam đã được các thương gia Arập, Ba Tư hay Ấn Độ du nhập tới Chămpa từ thế kỷ XI. Nhưng ở đây, Islam chưa có điều kiện để phát triển mạnh, dù rằng, từ nơi này, Islam đã được một số tín đồ truyền đi tiếp đến vùng quần đảo Indonesia” [13; 64]. Và cũng theo nhận xét của các nhà nghiên cứu, “Nếu không có sự xâm nhập của những người Muslim Malaysia vào các thế kỷ XIV - XVI thì Islam đã không còn có mặt ở người Chăm như bây giờ” [13; 64].
Dựa trên những tài liệu lịch sử đáng tin cậy, các nhà nghiên cứu đã chứng minh, vào khoảng thế kỷ XIII, “Islam đã bắt đầu du nhập vào Sumatra
và làm tan rã nền văn hóa Ấn - Malaya ở đây” [13; 64]. Vào thời gian này, các
nhà buôn Arập thường hay lui tới hai hải cảng lớn ở Bắc Sumatra là Lamuli (Lamuri hay Ramni). Và trong suốt quãng thời gian từ thế kỷ XIII - XVI, Sumutula (Samudra) nắm giữ toàn bộ thương mại phía bắc hòn đảo. Cái tên Sumutula lần đầu tiên xuất hiện trong những thông báo của nhà Nguyên, khi một sứ đoàn Trung Quốc trên đường từ bờ biển Coromandel của Ấn Độ trở về và dừng lại ở Sumutula vào năm 1282. Lúc đó, người lãnh đạo Sumutula đã gửi hai vị quan cấp bộ của mình, mà cả hai đều là những Muslim đưa đoàn
Trung Quốc về nước. Marco Polo nói rằng, ông đã đến Sumutula một thời gian ngắn vào năm 1292, khi ông trên đường từ Trung Quốc trở về. Ông cho biết, những người dân ở đây chưa cải giáo sang Islam mà họ chỉ là những người ngư dân, nông dân sơ khai. Thế nhưng, chỉ sau đó ít lâu, vào khoảng năm 1296 (niên đại ngôi mộ đá của viên thủ lĩnh địa phương, người được coi là người sáng lập ra Sultanate và là vị Sultan đầu tiên của nước đó) đã diễn ra cuộc cải giáo sang Islam ở đây. Nhờ trở thành Sultanate mà Samudra đã xâm nhập được vào mạng lưới thương mại quốc tế của những thương nhân Muslim.
Như vậy, có thể thấy Samudra Pasai là nơi Islam du nhập vào sớm nhất, ở đây đã hình thành nên Sultanate Samudra Pasai phát triển rất hưng thịnh. Và Samudra Pasai trở thành trung tâm truyền bá Islam của khu vực Đông Nam Á. Từ đây, Islam tiếp tục được truyền bá khắp Đông Nam Á.
Cùng với khoảng thời gian Islam du nhập vào vùng đất Samudra Pasai thì ở Philppines, Islam cũng bắt đầu thâm nhập.
Vào khoảng thập niên cuối cùng của thế kỷ XIII và thập niên đầu của thế kỷ XIV, Các tiểu quốc ở quần đảo Philippines đã có sự giao lưu buôn bán với các thương nhân Arập. Nhiều tài liệu địa phương nói tới một câu chuyện mang tính truyền thuyết là đã có bảy người anh em Muslim đến đây với nhiệm vụ cải giáo cho các cư dân bản xứ và là những người đầu tiên mang Islam tới vùng đất này. Các tài liệu nghiên cứu cho rằng, bảy người anh em ở đây không phải là anh em theo nghĩa sinh học, mà chỉ là biểu tượng về bảy người Muslim đã truyền bá Islam vào Sulu và Mindanao.
Bằng chứng về sự hiện diện của Islam ở quần đảo này là “vào thế kỷ XIV, Raja Baguinda Ali của tiểu quốc Sumatra đã cùng với một vài vị đại quan đã có chuyến công du tới vùng đất này và cho biết những cư dân ở đây đã theo Islam. Và đến thế kỷ XV, Sherif Abu Kakr đã lập ra Sultanate Sulu.
Sự việc này đánh dấu việc cải giáo sang Islam của vùng quần đảo Sulu coi như đã hoàn thành” [13; 91]. Và từ đây, Islam tiếp tục thâm nhập vào vùng Mindanao và lan tỏa hầu khắp quần đảo Philippines.
Dựa trên một số tài liệu ít ỏi khác cùng với các truyền thuyết, các dấu tích trong truyện kể và một số bia ký tìm được, các nhà nghiên cứu đã cố gắng khôi phục lại bức tranh quá khứ về quá trình Islam hoá ở Philippines một cách tương đối như sau: “Vào thế kỉ XIV, Islam bắt đầu du nhập vào các
đảo miền Nam Philippines làm xuất hiện các cộng đồng Muslim đầu tiên. Người mang Islam đến vùng đất này là các thương nhân Arập, Ấn Độ và cả người Muslim Malaysia” [30; 24]. Trước khi người Tây Ban Nha tới đây thì
Sultanate đầu tiên đã xuất hiện trên quần đảo Sulu, sau đó đã có thêm nhiều Sultanate khác ra đời trên quần đảo Philippines. Theo Salsila (sự tích ở các phả hệ) của đảo Sulu thì một người Muslim Arập là Sarit Auhya Makhdum đã đến Sulu vào khoảng 1380 và là người đã từng đến cải giáo cho nhà vua Melaka Sultan Muhamad Shad vào một thời điểm không chính xác nào đó thuộc thế kỉ XIV trước khi đến Sulu đã truyền bá Islam vào vùng này. Cũng theo Salsila thì một người Muslim Arập là Abu Bakar đã đến Sulu và cưới con gái của Raja Baguinda làm vợ, sau đó đã được bố vợ truyền ngôi trở thành chủ nhân của hòn đảo này. Sau khi lên nắm chính quyền Abu Bakar đã thiết lập cộng đồng Muslim theo kiểu Arập do ông làm Kalipha, ở cương vị mới này Abu Bakar đã đưa Sultanate Sulu phát triển lớn mạnh.