Chế định trả hồ sơ để điều tra bổ khi bàn luận, phõn tớch mổ xẻ trờn lý luận cũng như khi ỏp dụng trờn thực tiễn đó đụng chạm đến rất nhiều vấn đề, nhiều khớa cạnh. Nú khụng đơn thuần chỉ là cỏc căn cứ để trả hồ sơ để điều tra bổ sung nữa mà cũn là cỏch hiểu, cỏch vận dụng cỏc căn cứ đú của mỗi cơ quan, người tiến hành tố tụng được Nhà nước giao quyền.
Cú ý kiến cho rằng dẫn đến tỡnh trạng trả hồ sơ để điều tra bổ sung nhiều là do sự sai sút của Cơ quan điều tra vỡ cơ quan điều tra cụ thể là Điều tra viờn thụ lý điều tra vụ ỏn chưa làm hết trỏch nhiệm của mỡnh để đảm bảo việc điều tra khỏch quan, toàn diện và đỳng thời hạn theo quy định của phỏp luật, chủ quan, thỏa món với những chứng cứ, tài liệu đó thu thập được, khụng thực hiện nghiờm tỳc yờu cầu điều tra của Kiểm sỏt viờn và Viện kiểm sỏt. Điều tra phiến diện thỡ mới phải điều tra thờm, điều tra bổ sung những vấn đề chưa được sỏng rừ trong vụ ỏn, đú là chưa kể những vấn đề núng bỏng như khi vi phạm nghiờm trọng thủ tục tố tụng, khi cú tội phạm khỏc, đồng phạm khỏc, khi chứng cứ khụng đầy đủ để kết tội một con người, vấn đề về trỏch nhiệm dõn sự chưa được làm rừ…
Cú quan điểm lại cho rằng đú là sự yếu kộm của Viện kiểm sỏt khi khụng thực hiện tốt chức năng rất đặc biệt của mỡnh đú là thực hiện quyền cụng tố và kiểm sỏt hoạt động tư phỏp. Với quyền năng của Viện kiểm sỏt được quy định rừ ràng trong tố tụng hỡnh sự thỡ Viện kiểm sỏt hoàn toàn cú khả năng hạn chế đến mức tối đa cỏc vụ ỏn bị trả hồ sơ để điều tra bổ sung cho dự là trả hồ sơ để điều tra bổ sung theo quy định tại Điều 168, trả hồ sơ để điều tra bổ sung theo quy định tại Điều 176, Điều 179 hay Điều 199 Bộ luật Tố tụng hỡnh sự. Tuy nhiờn do Kiểm sỏt viờn được phõn cụng thụ lý vụ ỏn chưa chủ động nắm chắc tiến độ, kết quả điều tra và việc lập hồ sơ vụ ỏn ngay từ đầu và trong quỏ trỡnh điều tra để đề ra yờu cầu điều tra toàn diện, sỏt, đỳng với thực tế vụ ỏn; cú trường hợp tuy đó cú yờu cầu điều tra nhưng khụng theo dừi, giỏm sỏt chặt chẽ để đảm bảo việc thực hiện yờu cầu điều tra nghiờm tỳc, cú chất lượng. Do đú, hầu hết cỏc trường hợp trả hồ sơ để điều tra bổ sung đều do Kiểm sỏt viờn sau khi kết thỳc điều tra mới nghiờn cứu hồ sơ và phỏt hiện ra cỏc vấn đề cần điều tra bổ sung.
Cũng cú ý kiến cho rằng khi Tũa ỏn trả hồ sơ để điều tra bổ sung thỡ điều đú đó thể hiện sự hạn chế của Thẩm phỏn được phõn cụng chủ tọa phiờn tũa chưa nghiờn cứu kỹ hồ sơ vụ ỏn, việc nhận định, đỏnh giỏ chứng cứ khụng toàn diện hoặc khụng đỳng, cú trường hợp do nặng về thành tớch nờn việc trả hồ sơ tựy tiện, khụng cú căn cứ phỏp luật. Sự lỳng tỳng trong khi xột xử của Hội đồng xột xử, vỡ Tũa ỏn với quyền lực được Tố tụng hỡnh sự cho phộp là cơ quan duy nhất cú quyền đưa ra phỏn quyết cuối cựng về vụ ỏn sau khi nghiờn cứu hồ sơ và thụng qua kết quả xột hỏi, tranh tụng tại phiờn tũa Tũa ỏn cú thể đưa ra phỏn quyết luụn mà khụng cần phải trả hồ sơ điều tra bổ sung. Với Thẩm quyền xột xử của Tũa ỏn, với quy định về giới hạn xột xử của Tũa ỏn, nếu thấy khụng đủ căn cứ để kết tội bị cỏo thỡ Tũa ỏn cú thể tuyờn là bị cỏo khụng cú tội, nếu trả hồ sơ để điều tra bổ sung theo chiều hướng tăng hỡnh phạt cho bị cỏo thỡ đồng nghĩa với việc vi phạm về giới hạn xột xử của Tũa ỏn. Chức năng cụng tố và buộc tội là chức năng của Viện kiểm sỏt, Tũa ỏn chỉ
xột xử những bị cỏo và những hành vi theo tội danh mà Viện kiểm sỏt truy tố mà thụi. Vỡ vậy, Tũa ỏn nờn xột xử với đỳng thẩm quyền và giới hạn xột xử của mỡnh được quy định trong Bộ luật Tố tụng hỡnh sự.
Khỏc với cỏc Nhà nước tư sản, trong tố tụng hỡnh sự nước ta giữa Cơ quan điều tra, Viện kiểm sỏt nhõn dõn và Tũa ỏn nhõn dõn ngoài quan hệ chế ước cũn tồn tại quan hệ phối hợp.Việc phõn biệt tuyệt đối về quyền cũng như trỏch nhiệm trong vấn đề để xảy ra trường hợp trả hồ sơ điều tra bổ sung trong tố tụng hỡnh sự là rất khú khi chức năng chứng minh tội phạm là chức năng chung của cỏc cơ quan tiến hành tố tụng; tuy nhiờn đú là việc nờn làm. Trong những năm qua, tỷ lệ cỏc vụ ỏn phải trả hồ sơ để điều tra bổ sung chiếm tỷ lệ tương đối lớn. Phần lớn cỏc vụ trả hồ sơ để điều tra bổ sung là do khụng ỏp dụng, ỏp dụng khụng đỳng, khụng đầy đủ cỏc biện phỏp điều tra đó được quy định trong Luật tố tụng hỡnh sự của Cơ quan điều tra. Cú nhiều trường hợp Viện kiểm sỏt, Tũa ỏn trả hồ sơ một cỏch tựy tiện dẫn đến tỡnh trạng cỏc vụ ỏn bị kộo dài thời hạn giải quyết gõy bức xỳc trong quần chỳng nhõn dõn, gõy lóng phớ tốn kộm; cú những vụ ỏn sau khi trả hồ sơ để điều tra bổ sung khụng điều tra bổ sung được nờn khụng đủ căn cứ để định tội dẫn đến đỡnh chỉ vụ ỏn gõy ảnh hưởng khụng tốt đến uy tớn của cỏc cơ quan tiến hành tố tụng, ảnh hưởng đến cụng tỏc đấu tranh phũng chống tội phạm.
Việc xỏc định rừ trỏch nhiệm của cơ quan, người tiến hành tố tụng trong trả hồ sơ để điều tra bổ sung là một biện phỏp rất quan trọng nhằm hạn chế việc trả hồ sơ để điều tra bổ sung. Nờn lấy tiờu chớ về số lượng ớt vụ ỏn phải trả hồ sơ để điều tra bổ sung hàng năm để đỏnh giỏ chất lượng cụng việc, bỡnh bầu thi đua cuối năm và tỏi bổ nhiệm giữa cỏc nhiệm kỳ Điều tra viờn, kiểm sỏt viờn, Thẩm phỏn của cơ quan, người tiến hành tố tụng.