Hệ thống thoát nước ở xã Khắc Niệm nhìn chung chưa được hoàn thiện do địa hình bị chia cắt nhiều bởi các ao hồ nằm rải rác trong xã, tại các thôn làng nghề chính gồm 3 thôn: Thôn Mồ, Tiền Trong, Tiền Ngoài.
Theo kết quả khảo sát thì nước thải từ các hộ gia đình được đổ vào các rãnh tiêu của các ngõ, cuối mỗi rãnh đều đã được xây dựng hố ga để thu gom và loại bỏ cát, đất, rác trước khi đổ ra kênh tiêu chung.
Vấn đề tách nước mưa ra khỏi hệ thống tiêu thoát để có điều kiện giảm chi phí xử lý nước thải sinh hoạt và chế biến là không có điều kiện thực hiện được, đây cũng là tình trạng chung kể cảở các khu đô thị lớn chưa giải quyết được.
*. Tại thôn Mồ: Do địa hình đồi dốc nên nước thải được thải theo các ngõ phân tán và thu vào hệ thống thu gom chung theo 2 hướng chính:
- Hướng Bắc Mồ với 4 điểm xả thải, trong đó 3 điểm xả thu vào kênh thủy lợi cũ (đã không còn sử dụng) dồn về mương tiêu chung, ra trạm bơm.
Điểm xả thải còn lại cuối thôn xả vào kênh đất nội đồng.
- Hướng Nam Mồ: với 4 điểm xả thải, trong đó 3 điểm đã được cứng hóa kênh xả và 1 điểm xả thải vào kênh đất. Nước thải tại 4 điểm xả này thải vào kênh thủy lợi (kênh Nam).
*. Tại khu vực thôn Tiền Trong: Nước thải được tiêu theo 2 hướng chính: - Hướng tiêu thoát về kênh đất ra khu Đồng Nội:
- Hướng tiêu thoát về khu vực bể xử lý nước thải (400 m3/ngày đêm)
đã có, thải vào mương tiêu về hướng tiêu trạm bơm Tân Chi.
*. Thôn Tiền Ngoài: nước thải sinh hoạt, nước thải chế biến bún được tiêu thoát chủ yếu theo các hướng sau:
- Hướng thoát nước thải theo kênh dẫn về bể xử lý nước thải (400 m3/ngày đêm) đã có. Tuy nhiên, do chênh lệch cao độđịa hình giữa kênh và bể xử lý, nước thải đã không chảy về khu bể xử lý mà chảy xuôi về phía Tây của thôn và xả vào kênh tiêu thủy lợi nội đồng.
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 46 - Một phần nước thải từ các ngõ trong thôn chưa được thu gom tập trung xả trực tiếp vào các ao, hồ ven đường giao thôn trước thôn.
- Một phần nước thải ở phía bắc thôn thải vào các ao, hồ phía Bắc thôn.