... đọc trìnhtự nhận thấy có mẫu: BXDTG, RBCQ9 và BDBD7 trìnhtự có nhiều sai sót quá trình đọc nên không đạt độ tin cậy Do loại bỏ mẫu Trìnhtự mẫu lại đƣợc sử dụng những nghiên cứu Trìnhtự ... sánh trìnhtự các dòng nƣớc với những trìnhtự thu thập đƣợc genbank NCBI Những dòng nấm đƣợc sử dụng so sánh đƣợc trình bày bảng 4.1 30 Bảng 4.1: Các nguồn nấm Metarhizum anisopliae genbank ... ABI PRISM 3100 3.8 Phƣơng pháp phân tích trìnhtự Hình 3.3: Sơ đồ những phƣơng pháp đƣợc sử dụng phân tích trìnhtự 25 Trìnhtự Sắp gióng cột chƣơng trình ClustalX Gói phần mềm Phylip Seqboot...
... VECTOR pCR2.1 TOPO) VÀ THU NHẬN DNA SẢN PHẨM DÒNG HOÁ GIẢI TRÌNHTỰ XỬ LÝ VÀ THU NHẬN CHUỖI GEN EBNA1 VÀ E6, L1 (Thành phần trìnhtự Nucleotide) SO SÁNH PHÂN TÍCH CHUỖI GEN EBV VÀ HPV-16/ HPV-18 ... điện di gen EBNA-1 61 Hình 3.11 Hình ảnh giản đồ (chromatogram) phần trìnhtựgen EBNA-1 63 Hình 3.12 Kết chuỗi gen EBNA-1 EB17 thu nhận sau giải trìnhtự 63 Hình 3.13 So sánh phần trìnhtự acid ... phát có mặt mRNA gen E6, E7 sau hoà nhập vào hệ gen tế bào chủ Thực chất phương pháp dựa sở gen E6, E7 có khả đột nhập vào hệ gen tế bào chủ trở thành thành phần hệ gen tế bào chủ Gen E6, E7 HPV...
... điện di gen EBNA-1 61 Hình 3.11 Hình ảnh giản đồ (chromatogram) phần trìnhtựgen EBNA-1 63 Hình 3.12 Kết chuỗi gen EBNA-1 EB17 thu nhận sau giải trìnhtự 63 Hình 3.13 So sánh phần trìnhtự acid ... tái tổ hợp 47 2.4.5 Giải trìnhtrìnhtự xử lý số liệu 48 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 51 3.1 Kết thu nhận, giải trìnhtrìnhtự xác định gen E6 HPV-16 L1 HPV-18 ... dòng giải trìnhtự sản phẩm HPV-16 HPV-18 từ mẫu kiểm tra 53 3.1.4 Kết giải trìnhtự thu nhận chuỗi gen E6 HPV-16 chuỗi gen L1 HPV-18 54 3.1.5 Kết truy cập Ngân hàng gen xác định...
... sánh trìnhtựgen thu đợc Các bớc tiến hành nh sau: + So sánh trìnhtựgen đợc đọc từ hai đầu xuôi đầu ngợc để xác định trìnhtự đầy đủ gen + Xác định đợc vị trí, số lợng enzym hạn chế trìnhtự ... đoạn gen 16 trìnhtựgen Nib đợc khai thác NCBI Các trìnhtự đợc so sánh với nhờ chơng trình phần mềm DNAstar Với mục đích sử dụng cặp mồi nhân đợc nhiều dòng virus khác nhau, chọn vùng trìnhtự ... nối plasmit (phản ứng tự đóng vòng) 4) Biến nạp plasmit vào tế bào E.coli DH5 5) Tách dòng xác định trìnhtự 2.2.10 Phơng pháp xử lý trìnhtựgen thu đợc 23 Sử dụng chơng trình phần mềm DNAstar...
... chương trình tin – sinh h c ng d ng nghiên c u x lý, phân tích so sánh chu i gen thu nh n - Chương trình so sánh phân tích chu i gen GeneDoc m t chương trình Nicholas Nicholas (1997) [48] l p trình ... c m t s nucleotide, th m chí m t gen hay nhi u gen - ð t bi n thêm vào (insertion) thêm m t ho c m t s nucleotide vào phân t DNA, th m chí m t gen hay nhi u gen - ð t bi n ñ o ño n (inversion) ... ngu n gen 2.3.6 Gi i trình t x lý chu i gen 2.3.6.1 Gi i trình t DNA 2.3.6.2 Tinh s ch s n ph m c a ph n ng gi i trình t 2.3.6.3 Thu nh n, x lý phân tích d li u chu i gen...
... đa ADN đợc xử lý vào máy giải trìnhtựgen để đọc tự động trìnhtự nucleotide FliC Có thể đọc sợi đọc đồng thời hai sợi để tăng độ xác trìnhtự đợc đọc Kết trình giải trìnhtựgen FliC đợc lu ... paratyphi B GenBank (http: //www ncbi nlm nih gov) 27 TCNCYH phụ 32 (6) - 2004 Các gen FliC Salmonella khác đợc giải trìnhtự so sánh với để tìm vùng đặc trng cho loài, FliC - a gen FliC Salmonella ... loại có ngân hàng gen (GenBank, www ncbi nlm nih gov) đợc đăng ký công bố thức với số truy cập AY657000 AY657001 Sau xin giới thiệu gen FliC Salmonella paratyphi B (Hình 1) Hình Gen FliC - b Salmonella...
... quế gen mã hóa lumbrokinase tiến hành phân tích trìnhtự nucleotide gen 3.2 Phân tích trìnhtựgen lumbrokinase Gen mã hóa lumbrokinase plasmid tái tổ hợp phân tích trìnhtự máy ABI-3130 Trìnhtự ... nucleotide gen mã hóa lumbrokinase trình bày hình so sánh với số trìnhtựgen mã hóa lumbrokinase từ loài giun khác công bố GenBank chương trình BioEdit TRẦN QUỐC DUNG, ĐẶNG PHƯỚC HẢI 33 Trìnhtự nucletotide ... dựa vào trìnhtựgen mã hóa lumbrokinase từ L bimastus Như trìnhtựgen mã hóa lumbrokiase giun đất E fetida có độ tương đồng cao với L rubellus Guo cộng (2004) thiết kế cặp primer dựa vào trình...
... kiu gen A l kiu gen c in v cỏc kiu gen khỏc cũn li cú hn 8% nucleotide (Nu.) khỏc so vi kiu gen A Nh vy, kiu gen B s cú hn 8% Nu khỏc bit so vi kiu gen A; kiu gen C cú hn 8% Nu khỏc so vi kiu gen ... DpnII cho phộp xỏc nh cỏc kiu gen t A - F trờn 99 mu lõm sng thỡ 95 mu xỏc nh c kiu gen ú kiu gen A: 23, kiu gen B: 20, kiu gen C: 20, kiu gen D: 22 v kiu gen E: 3, kiu gen F l Khi so sỏnh vi c trỡnh ... tng ng v trớ ct trờn b gen HBV ca enzyme EcoRI (Hỡnh 1.2) Chiu di ca b gen thay i tựy theo tng kiu gen khỏc nhau, [11], [23] 12 Hỡnh 1.2 S cu trỳc cỏc genb gen ca HBV B gen ca HBV c t chc thnh...
... ảnh minh họa kỹ thuật giải trìnhtự theo phương pháp Sanger [13] Giải trìnhtự DNA chia làm bước lớn: PCR giải trìnhtự đọc trìnhtự máy tự động Bước 1: PCR giải trìnhtự Thành phần hỗn hợp phản ... (thymine) Các nucleotid liên kết với theo thứ tự xác định Giải trìnhtựgen tức phát thứ tự xếp nucleotid phân tử DNA Vào thập kỷ 70, có hai quy trình giải trìnhtự sau đưa gần lúc: - Phương pháp Maxam ... nucleotid Sản phẩm PCR giải trìnhtự điện di đọc kết máy Bước 2: Đọc trìnhtự máy tự động Để thực đọc trìnhtự máy tự động mạch DNA đơn sản sinh ống phản ứng giải trình phải đánh dấu huỳnh quang...
... cú ti hn 300 gen ó c tỏch dũng v ng kớ trờn ngõn hng d liu gen (Gene Database) [7] 1.2.6.4 c im riờng ca mt s nhúm gen v c t ca chỳng Nhúm gen cry1: gm trờn 130 gen thuc cỏc nhúm gen cry1A-cry1L ... cỏc bn ca gen hoc trỡnh t DNA cn thit Tỏch dũng gen cũn c gi l phõn lp gen, cú nhiu phng phỏp tỏch dũng gen khỏc Tỏch dũng invitro (in vitro gene cloning), tỏch dũng silico (in silico gene cloning) ... tng hp Gen ny khụng xp vo h gen cry vỡ khụng sinh tinh th S húa bi Trung tõm Hc liu i hc Thỏi Nguyờn http://www.lrc-tnu.edu.vn 16 1.2.6.5 c im v gen cry1Ab, cry1Ac Gen cry1Ab kớch thc gen 3468...
... giống gốc 34 Bảng 3.4 Trìnhtự mồi nhân gen LTP 36 Bảng 3.5 Vị trí sai khác trìnhtự nucleotide gen LTP VC1973A D15 42 Bảng 3.6 Vị trí sai khác trìnhtự nuclotide gen LTP hai mẫu đậu xanh ... Sơ đồ hình mối quan hệ trìnhtựgen LTP 44 Hình 3.13 So sánh trìnhtự amino acid gen LTP hai mẫu đậu xanh VC1973A D15 45 Hình 3.14 So sánh trìnhtự amino acid gen LTP hai mẫu đậu xanh ... Nhân gen LTP kỹ thuật PCR từ dòng đậu xanh có nguồn gốc từ mô sẹo chịu nước - Tách dòng xác định trìnhtựgen LTP từ dòng đậu xanh có nguồn gốc từ mô sẹo chịu nước - So sánh trìnhtự gen, trình tự...
... tăng độ phân giải gen Dùng tia laze quét để phát dideoxynucleotid đánh dấu Xử lý kết phần mềm PC/gene, sau tiến hành so sánh trìnhtựgen tách dòng với trìnhtự công bố ngân hàng gen quốc tế 2.4 ... cao - Phát gen cry1C từ chủng Bta có hoạt tính diệt sâu xanh (Spodoptera exigua) sâu tơ (Plutella xylostella) - Tách dòng, đọc trìnhtựgen cry1C so sánh với trìnhtự công bố ngân hàng gen quốc ... biến đổi gen có mang gen Bacillus thuringiensis, nhiều loại thương mại hóa rộng rãi giới Năm 1985 gen cry1Ab gen cry1Ac chuyển thành công vào ngô Năm 1995, chuyển gen thương phẩm đưa vào sản xuất...
... cách lặp lại vò trí (trình tự) xác đònh Mỗi RE nhận biết trìnhtự nucleotide đặc trưng Các trìnhtự thường bao gồm 4-8 nucleotide Các RE khác có trìnhtự nhận biết số RE, trìnhtự nhận biết tính ... thay đổi nhiệt độ khoảng thời gian nhanh b) Trìnhtự nồng độ mồi Trìnhtự mồi Trìnhtự mồi đònh tính chuyên biệt phản ứng PCR Việc lựa chọn trìnhtự mồi chuyên biệt nồng độ mồi tối ưu cho phản ... Thu nhận đoạn gen 5'UTR từ virus CSFV - Tạo dòng gen 5'UTR E coli - Giải trìnhtựgen 5'UTR, so sánh với trìnhtự công bố giới - Thiết kế mồi để phát CSFV RT-PCR - Xây dựng quy trình chẩn đoán...
... 2.4.2.5 Giải trìnhtựgen GLA Trìnhtựgen GLA xử lý cách sử dụng kít giải trìnhtự chu kỳ BigDye Terminator v3.1 (Applied Biosystems) máy giải trìnhtự ABI Prism 3730 Hệ thống giải trìnhtự hoạt ... ký tự ghi, từ vạch giải trìnhtự đoạn ADN Ngày nay, phương pháp xác định trìnhtựgen chủ yếu thực máy giải trìnhtựtự động Nguyên tắc ban đầu hai phương pháp hoá học enzyme cải tiến đưa vào ... [1] 1.6.2.3 Phương pháp xác định trìnhtựgen [3] Kỹ thuật giải trìnhtựgen phương pháp xác định xếp loại nucleotide phân tử ADN Có hai phương pháp xác định trìnhtự phương pháp hoá học Maxam –...
... ƣơn p áp đọc trình t gen Để xác định trìnhtựgen trnH-psbA, sử dụng phương pháp giải trìnhtự trực tiếp từ sản phẩm PCR theo nguyên lý Sanger et al, 1977 [16], thực máy đọc trìnhtự ABI 3100 ... Tạ Thị Nhung Trường ĐHSP HN 21 3.2 Trình t gen trnH-psbA c a loài Sao mặt quỷ Sau trình tiến hành tách chiết ADN, chạy PCR, đọc trìnhtựgen phân tích trìnhtựgen trnH-psbA loài Sao mặt quỷ thu ... Hình 3.9 Sơ đồ peaks trìnhtựgen trnH-psbA loài Sao mặt quỷ So sánh trìnhtựgen trnH-psbA Blast-NCBI chứng tỏ đoạn gen thu gen trnH-psbA loài Sao mặt quỷ 3.2.4 So sánh trình t nucleotide mẫu...
... Biotech, 2008 Giải trìnhtự gene hay gen cho nghiên cứu có liên quan Phát đột biến gene (liên quan đến ung thư, kháng thuốc), SNP (trong cá nhân hóa liệu pháp điều trị), kiểu gene (genotype virus ... 16-R chứa trìnhtự đặt hiệu loài vi khuẩn (527bp) PCR – điện di – tinh => giải trìnhtự NCBI Định danh vi nấm Vi nấm viêm xoang Mẫu bệnh phẩm DNA toàn phần Primer 28-F 28-R chứa trìnhtự đặt hiệu ... Neanderthal (106 bp ) Trở ngại: nhiễm DNA người đại bacteria Ưu điểm Giải trìnhtự gene, chí 24h cho gene người Lôi ánh sáng trìnhtự nucleic acid tác nhân có mặt mẫu thử lấy từ vật chủ hay bệnh nhân...
... 18) Hình 18 So sánh trìnhtự DNA với trìnhtự protein nhóm Nhóm gồm trìnhtự chủng LPH209 với trìnhtự protein dài gồm 413 axit amin Trìnhtự protein chủng sai khác với trìnhtự protein Thite_72629 ... So sánh trìnhtự DNA với trìnhtự protein nhóm Nhóm có trìnhtự khác biệt lớn với trìnhtự ThCEL 72629 (khoảng 5%) đặc biệt 21 axit amin cuối từ axit amin 370 đến 391 Nguyên nhân trìnhtự Thite_72629 ... phân tích trìnhtựgen Cel1 chủng LPH 195 phần mềm NetAspGene 1.0 3.6.2 Xác định trìnhtự peptide tín hiệu Enzyme endo-1,4-β-glucanase mà nghiên cứu enzyme ngoại bào nên gen bao gồm trìnhtự mã hóa...