giải trình tự gen 16s rdna và dựng cây phân loại

PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM LÁ CÂY CẢI NGỌT TẠI TP. HCM BẰNG KỸ THUẬT PCR VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG 16S – 23S rDNA docx

... DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HCM BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM LÁ CÂY CẢI NGỌT TẠI TP HCM BẰNG KỸ THUẬT PCR VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG 16S ... chọn thực đề tài: Phân lập định danh tác nhân gây bệnh đốm cải Tp HCM phƣơng pháp PCR giải trình tự vùng 16S – 23S rDNA Đề tài phần chƣơng trình nghiên cứu bệnh vi khuẩn họ thập tự Bộ môn Bảo Vệ ... Vùng ITS (rDNA intergenic spacer) gen hrpF (hypersensitive reaction and pathogenicity) 13 2.3.1 Gen hrpF (hypersensitive reaction and pathogenicity) 13 iii 2.3.2 Ribosome DNA (rDNA) ...

52
608
1

Luận văn : PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM LÁ CÂY CẢI NGỌT TẠI TP. HCM BẰNG KỸ THUẬT PCR VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG 16S – 23S rDNA part 3 pdf

Danh mục: Báo cáo khoa học

... đại vùng 16S – 23S rDNA 1: CC1, 2: CC2, 3: CC3, 4: Ladder 1,5kb, 5: HM1, 6: HM2, 7: Q12-1, 8: DC Sản phẩm PCR đƣợc tinh đọc trình tự Trình tự DNA có đƣợc so sánh với liệu ngân hàng gen để định ... pháp PCR khuếch đại vùng 16S – 23S rDNA có kích thƣớc 1,1 kb sử dụng cặp primer Xan1330 Xan322 làm vật liệu giải trình tự Thực phản ứng với thành phần nêu Bảng 3.1 theo chu trình nhiệt Bảng 3.2 Phƣơng ... phân tích lớn rau họ thập tự Cụ thể mở rộng địa bàn (Đồng Bằng Sông Cửu Long, Lâm Đồng, Long An tỉnh có canh tác rau), nghiên cứu phổ kí chủ rộng (cây họ thập tự) Hoàn thành đề tài mức giải trình...

16
504
0

Luận văn : PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM LÁ CÂY CẢI NGỌT TẠI TP. HCM BẰNG KỸ THUẬT PCR VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG 16S – 23S rDNA part 2 doc

Danh mục: Báo cáo khoa học

... Khuếch đại vùng 16S – 23S rDNA ITS vi khuẩn Phản ứng tiến hành với cặp mồi không chuyên biệt đƣợc thiết kế nhằm khuếch đại trình tự vùng ITS (intergenic spacer sequence) nằm vùng rDNA 16S 23S (Goncalves ... cơng trình nghiên cứu tác nhân nhƣ đặc tính sinh học, sinh lý, sinh hóa, dịch tễ học bệnh đốm cải nói riêng bệnh đốm họ thập tự nói chung Việt Nam 2.3 Vùng 16S – 23S rDNA ITS (rDNA intergenic ... hợp gen bao gồm 21 gen gen điều tiết hrpX, hrpG nằm bên ngồi Các gen hrp mã hóa protein hrp Các protein thành phần hệ thống phóng tiết loại III (type III secretion system) cho phép tiết loại...

18
389
0

Luận văn : PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM LÁ CÂY CẢI NGỌT TẠI TP. HCM BẰNG KỸ THUẬT PCR VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG 16S – 23S rDNA part 1 ppt

Danh mục: Báo cáo khoa học

... DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HCM BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM LÁ CÂY CẢI NGỌT TẠI TP HCM BẰNG KỸ THUẬT PCR VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG 16S ... chọn thực đề tài: Phân lập định danh tác nhân gây bệnh đốm cải Tp HCM phƣơng pháp PCR giải trình tự vùng 16S – 23S rDNA Đề tài phần chƣơng trình nghiên cứu bệnh vi khuẩn họ thập tự Bộ môn Bảo Vệ ... Vùng ITS (rDNA intergenic spacer) gen hrpF (hypersensitive reaction and pathogenicity) 13 2.3.1 Gen hrpF (hypersensitive reaction and pathogenicity) 13 iii 2.3.2 Ribosome DNA (rDNA) ...

18
373
1

Giải trình tự gen thế hệ mới và ứng dụng chuẩn đoán bệnh

Danh mục: Sinh học

... Biotech, 2008 Giải trình tự gene hay gen cho nghiên cứu có liên quan Phát đột biến gene (liên quan đến ung thư, kháng thuốc), SNP (trong cá nhân hóa liệu pháp điều trị), kiểu gene (genotype virus ... nghiên cứu, khám phá, chuẩn đốn điều tra  Vấn đề  Phương pháp giải trình tự DNA hữu hiệu mạch DNA (1-2 Kbp)  Giải pháp o Giải trình tự lắp ráp đoạn nhỏ máy tính  1977 Sanger Sequencing 2005 2006 ... ddNTP blocker Cắt periodate oligo Giải trình tự sinh tổng hợp Polony PCR Solid sequencing Tiến trình: Chuẩn bị thư viện DNA Emulsion/Wildfire PCR Giải trình tự ligation Wildfire PCR Sequencing:...

46
1,607
7

ỨNG DỤNG KỸ THUẬT PCR VÀ GIẢI TRÌNH TỰ GEN ĐỊNH DANH NẤM ĐƯỜNG SINH SẢN Ở PHỤ NỮ TRONG ĐỘ TUỔI SINH ĐẺ (18 - 49 TUỔI) ĐÃ CÓ CHỒNG TẠI THỊ XÃ QUẢNG YÊN TỈNH QUẢNG NINH (2013 - 2014)

Danh mục: Y - Dược

... băng thu phân tích giám định loài ADN tinh vào ống để đưa Một số sản phẩm PCR giải trình tự giải trình tự Sau giải trình tự, chuỗi cho chuỗi nucleotid lồng nhau, không nucleotid xử lý phân tích ... http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) Danh phân biệt để thu clon riêng giải sách mẫu, kết PCR, chuỗi gen giải trình tự trình tự, kết truy cập Ngân hàng Gen Kết truy cập Ngân hàng Gen chủ yếu liệt kê xác định ... băng để giải trình tự Sản phẩm PCR sau tinh giải trình tự trực tiếp, sử dụng mồi ITS1 Xử lý trình tự chuỗi nucleotid phần mềm chuyên biệt, bao gồm SeqEd1.03, AsemblyLIGNv1.9c hệ chương trình MacVector8.2...

11
426
0

nghiên cứu giải trình tự gen kháng nguyên GP5 của virus gây hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp lợn việt nam và so sánh với một số chủng của thế giới

Danh mục: Y dược - Sinh học

... chương trình tin – sinh h c ng d ng nghiên c u x lý, phân tích so sánh chu i gen thu nh n - Chương trình so sánh phân tích chu i gen GeneDoc m t chương trình Nicholas Nicholas (1997) [48] l p trình ... c m t s nucleotide, th m chí m t gen hay nhi u gen - ð t bi n thêm vào (insertion) thêm m t ho c m t s nucleotide vào phân t DNA, th m chí m t gen hay nhi u gen - ð t bi n ñ o ño n (inversion) ... (2000), phân tích chu i gen (sequence analysis) xác ñ nh c u trúc so sánh thành ph n c a chu i gen bao g m trình t nucleotide, amino acid, c u trúc gen/ h gen, khung ñ c m (ORF) nhi u ñ c tính phân...

100
723
3

Giới thiệu kỹ thuật giải trình tự gen và Real - Time PCR pot

Danh mục: Báo cáo khoa học

... đa ADN đợc xử lý vào máy giải trình tự gen để đọc tự động trình tự nucleotide FliC Có thể đọc sợi đọc đồng thời hai sợi để tăng độ xác trình tự đợc đọc Kết trình giải trình tự gen FliC đợc lu ... paratyphi B (H×nh 1) H×nh Gen FliC - b cđa Salmonella paratyphi B trªn GenBank (http: //www ncbi nlm nih gov) 27 TCNCYH phụ 32 (6) - 2004 Các gen FliC Salmonella khác đợc giải trình tự so sánh với để ... Kết đợc so sánh với liệu loại có ngân hàng gen (GenBank, www ncbi nlm nih gov) đợc đăng ký công bố thøc víi sè truy cËp lµ AY657000 vµ AY657001 Sau ®©y xin giíi thiƯu gen FliC cđa Salmonella paratyphi...

9
730
6

Phát hiện đột biến gen COL1A1 trên bệnh nhân tạo xương bất toàn bằng kỹ thuật PCR và giải trình tự gen

Danh mục: Y khoa - Dược

... ngẫu nhiên vào thay cho dNTP 29 Hình 1.10 Hình ảnh minh họa kỹ thuật giải trình tự theo phương pháp Sanger [13] Giải trình tự DNA chia làm bước lớn: PCR giải trình tự đọc trình tự máy tự động Bước ... nhân đoạn gen đặc hiệu với OI - Chạy điện di kiểm tra sản phẩm Bước 4: Giải trình tự sản phẩm PCR gồm bước: - Thực phản ứng PCR giải trình tự - Tinh sản phẩm PCR giải trình tự - Giải trình tự trực ... (thymine) Các nucleotid liên kết với theo thứ tự xác định Giải trình tự gen tức phát thứ tự xếp nucleotid phân tử DNA Vào thập kỷ 70, có hai quy trình giải trình tự sau đưa gần lúc: - Phương pháp Maxam...

68
571
0

nghiên cứu trình tự gen 5’ – utr và ứng dụng trong chẩn đoán sớm csfv (classical swine fever virus) gây bệnh dịch tả heo

Danh mục: Báo cáo khoa học

... thủy giải DNA mạch đôi cách lặp lại vò trí (trình tự) xác đònh Mỗi RE nhận biết trình tự nucleotide đặc trưng Các trình tự thường bao gồm 4-8 nucleotide Các RE khác có trình tự nhận biết số RE, trình ... ngân hàng gen Tuy vậy, chưa có công bố trình tự 5’UTR CSFV phân lập Việt Nam Vì vậy, mục tiêu đề xác đònh trình tự 5’UTR chủng CSFV phân lập Việt Nam nhằm phục vụ cho nghiên cứu phân loại hỗ trợ ... ngân hàng gen Tuy vậy, chưa có công bố trình tự 5’UTR CSFV phân lập Việt Nam Vì vậy, mục tiêu đề xác đònh trình tự 5’UTR chủng CSFV phân lập Việt Nam nhằm phục vụ cho nghiên cứu phân loại hỗ trợ...

72
656
0

SÀNG lọc và GIẢI TRÌNH tự GEN mã hóa ENDO 1,4 β GLUCANASE từ nấm mốc CHỊU NHIỆT thielavia spp

Danh mục: Sinh học

... 18) Hình 18 So sánh trình tự DNA với trình tự protein nhóm Nhóm gồm trình tự chủng LPH209 với trình tự protein dài gồm 413 axit amin Trình tự protein chủng sai khác với trình tự protein Thite_72629 ... So sánh trình tự DNA với trình tự protein nhóm Nhóm có trình tự khác biệt lớn với trình tự ThCEL 72629 (khoảng 5%) đặc biệt 21 axit amin cuối từ axit amin 370 đến 391 Nguyên nhân trình tự Thite_72629 ... Kết phân tích trình tự gen Cel1 chủng LPH 195 phần mềm NetAspGene 1.0 3.6.2 Xác định trình tự peptide tín hiệu Enzyme endo-1,4-β-glucanase mà nghiên cứu enzyme ngoại bào nên gen bao gồm trình tự...

68
510
2

Tách dòng và giải trình tự gen mã hóa độc tố tiêu chảy và độc tó gây nôn của chủng Bacillus cereus phân lập tại Việt Nam (LV thạc sĩ)

Danh mục: Nông nghiệp

... 3.6 So sánh trình tự amino acid protrein BCET vói trình tự BAA041341 ngân hàng gen quốc tế 44 Hình 3.7 So sánh trình tự amino acid protrein NHE vói trình tự DQ153257.1 ngân hàng gen quốc tế ... dụng trình tự 16S rARN khơng thích hợp để phân biệt B cereus với lồi khác nhóm B cereus [58] 29  Dựa gen gyrB Yamamoto Harayama gợi ý sử dụng gen gyrB thay cho 16S rARN làm marker phân loại phân ... ADN-AND phép phân tích trình tự gen rARN Trình tự 16S rARN B myco¿des, B thuringiensis khác biệt với B arthracis, B cereus từ 0-9 nucleotit Ngoài ra, Ash Collins thơng báo trình tự 23S rARN B...

64
488
0

Định danh nấm Trichoderma dựa vào trình tự vùng ITS -rDNA và vùng TEF

Danh mục: Sinh học

... Kết giải trình tự vùng ITS -rDNA vùng Tef 43 4.6.1 So sánh trình tự nucleotid vùng ITS – rDNA vùng Tef 43 4.6.2 Kết giải trình tự vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 48 4.6.3 Kết giải trình tự ... đƣợc đƣa vào để nghiên cứu tính đa dạng di truyền sinh vật dựa vào vùng rDNA thay đọc trình tự vùng rDNA  Thực vật đƣợc quan tâm ngiên cứu vùng rDNA Palmer cộng (1990) so sánh trình tự SSU -rDNA ... Trichoderma tự nhiên, nhận diện dòng nấm thu đƣợc dòng Trichoderma, tiến tới đọc trình tự vùng rDNA- ITS, trình tự đọc đƣợc đối chiếu với trình tự có sở liệu lƣu trữ trƣớc ngân hàng gene lồi nấm...

76
632
4

Định danh nấm trichoderma dựa vào trình tự vùng its-rDNA và vùng Tef

Danh mục: Công nghệ - Môi trường

... Kết giải trình tự vùng ITS -rDNA vùng Tef 43 4.6.1 So sánh trình tự nucleotid vùng ITS – rDNA vùng Tef 43 4.6.2 Kết giải trình tự vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 48 4.6.3 Kết giải trình tự ... đƣợc đƣa vào để nghiên cứu tính đa dạng di truyền sinh vật dựa vào vùng rDNA thay đọc trình tự vùng rDNA  Thực vật đƣợc quan tâm ngiên cứu vùng rDNA Palmer cộng (1990) so sánh trình tự SSU -rDNA ... Trichoderma tự nhiên, nhận diện dòng nấm thu đƣợc dòng Trichoderma, tiến tới đọc trình tự vùng rDNA- ITS, trình tự đọc đƣợc đối chiếu với trình tự có sở liệu lƣu trữ trƣớc ngân hàng gene lồi nấm...

76
1,076
1

Giải trình tự gen HP1125 mã hóa cho protein màng ngoài của helicobacter

Danh mục: Sinh học

... Kết giải trình tự Sản phẩm PCR, sau làm giải trình tự trực tiếp khơng qua giai đoạn tạo dòng phân tử Kết trình bầy hình A B Gen HP1125 Việt Nam đệ trình vào quĩ gen có số mã AY513613 Hình Trình ... Hultman (6a) Phân tích trình tự đoạn ADN: Chương trình Blast trang Web sử dụng để phân tích trình tự protein cuar gen KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN Khuếch đại gen HP1125 phương pháp PCR Toàn gen HP1125 khuyếch ... phân giải gel agarose 0.8% làm khỏi mồi thừa sau phản ứng Gene clean Kit ADN với nồng độ 10 ng/µl sử dụng để giải trình tự ADN Core, trường đại học tổng hợp Michigan (Mỹ) theo phương pháp giải trình...

7
616
4

Giaỉ trình tự Gen HP125 mã hóa cho Protein

Danh mục: Sinh học

... giải trình tự Sản phẩm PCR, sau làm giải trình tự trực tiếp khơng qua giai đoạn tạo dòng phân tử Kết trình bầy hình A B Gen HP1125 Việt Nam đệ trình vào quĩ gen có số mã AY513613 Hình Trình tự ... Hultman (6a) Phân tích trình tự đoạn ADN: Chương trình Blast trang Web sử dụng để phân tích trình tự protein cuar gen KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN Khuếch đại gen HP1125 phương pháp PCR Toàn gen HP1125 khuyếch ... Triều Tiên [5] Muộn hơn, đầu 5’ gen 20 chủng tạo dòng phân tích Viện Cơng nghệ Sinh học, Việt Nam [in press] Các phân tích số trình tự gen HP1125 công bố cho thấy, gen HP1125 protein HP1125 bảo...

14
443
1

Tài liệu GIẢI TRÌNH TỰ GEN doc

Danh mục: Điện - Điện tử

... Các phương pháp giải trình tự gen Có phương pháp chính: Phương pháp hoá học Maxam Gilbert: phương pháp sử dụng để xác định trình tự gen không đựơc sử dụng phổ biến Phương ... dấu phân tử phát huỳnh quang màu khác Ưu điểm phương pháp cải tiến Tạo điều kiện thuận lợi cho việc tự động hoá Giảm giá thành phản ứng Tăng tốc độ phản ứng => Nhiều trung tâm giải trình tự gen ... P32 Đoạn DNA ngắn có đánh dấu phóng xạ chạy nhanh tác dụng điện trường Căn vào vị trí vạch quan sát gel mà xác định trình tự nucleotide MAXAM-GILBERT CHEMICAL Labeled strand (P32) SEQUENCING ddNTP...

19
1,591
46

Phương pháp giải trình tự gen doc

Danh mục: Điện - Điện tử

... PCR Bước 3: Nạp sản phẩm PCR vào máy giải trình tự gen chạy máy giải trình tự gen Bước 4: Phân tích kết từ liệu máy tính cung cấp 2.3 Phương pháp giải trình tự gen tự động Đầu đọc laser máy kích ... Thịnh NỘI DUNG Khái niệm giải trình tự gen ý nghĩa GTTG Phương pháp giải trình tự gen: 2.1 Phương pháp Maxam – Gilbert 2.2 Phương pháp Sanger 2.3 Phương pháp giải trình tự gen tự động So sánh phương ... phát màu, màu ứng với nucleotide hiển thị đỉnh 2.3 Phương pháp giải trình tự gen tự động Đọc kết 2.3 Phương pháp giải trình tự gen tự động ABI Automated Sequencers (contd.) ABI 310 Capillary ABI...

28
3,799
54

ĐỊNH DANH NẤM Trichoderma DỰA VÀO TRÌNH TỰ VÙNG ITS – rDNA VÀ VÙNG TEF ppt

Danh mục: Khoa học tự nhiên

... Kết giải trình tự vùng ITS -rDNA vùng Tef 43 4.6.1 So sánh trình tự nucleotid vùng ITS – rDNA vùng Tef 43 4.6.2 Kết giải trình tự vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 48 4.6.3 Kết giải trình tự ... đƣợc đƣa vào để nghiên cứu tính đa dạng di truyền sinh vật dựa vào vùng rDNA thay đọc trình tự vùng rDNA  Thực vật đƣợc quan tâm ngiên cứu vùng rDNA Palmer cộng (1990) so sánh trình tự SSU -rDNA ... Trichoderma tự nhiên, nhận diện dòng nấm thu đƣợc dòng Trichoderma, tiến tới đọc trình tự vùng rDNA- ITS, trình tự đọc đƣợc đối chiếu với trình tự có sở liệu lƣu trữ trƣớc ngân hàng gene lồi nấm...

76
416
0

BÁO CÁO " VỊ TRÍ PHÂN LOẠI CỦA CÁC CHỦNG CLOSTRIDIUM PERFRINGENS PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM DỰA VÀO TRÌNH TỰ GEN 16S rRNA " doc

Danh mục: Báo cáo khoa học

... trình Boostrap với 1.000 lần lập lại (1000 replicates) III KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Kết giải trình tự gen 16S rRNA chủng C.perfringens: Để khẳng định đặc điểm phân loại xác định vị trí phân loại ... ribosom vi khuẩn có loại phân tử rRNA với số lắng tương ứng 16S, 23S 5S Đối với hầu hết loại vi khuẩn, phân tích trình tự gen 16s rRNA kết luận giống lồi, vị trí vi khuẩn bảng phân loại quan hệ họ ... C.perfringens phân lập từ dê, cừu mắc bệnh viêm ruột tiêu chảy, giải trình tự gen 16S rRNA chủng phân lập Các đặc tính chủng thể bảng Bảng Đặc tính chủng C.perfringens lựa chọn giải mã 16S rRNA...

7
829
4