Vấn đề có tính quyết định nhất là phải có cuộc cải cách lớn về cơ chế quản lý tiền tệ. Bắt buộc các quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa, dịch vụ phải thanh toán bằng chuyển khoản, hạn chế đến mức thấp nhất hình thức thanh toán bằng tiền mặt như hiện nay. Thông qua các tài khoản tại hệ thống ngân hàng, đây là phương thức thanh toán tiên tiến nhất, đang được áp dụng hầu hết các nước trên thế giới. Trước mắt, đối với các DN hạch toán theo phương pháp khấu trừ, ngoài yếu tố bắt buộc phải có hoá đơn GTGT, muốn được khấu trừ thuế hay hoàn thuế đều phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng. Có như vậy, thì hoá đơn GTGT sẽ trở về với bản chất thực của nó là chứng từ kế toán và việc gian lận ghi trên hoá đơn như: trên cao dưới thấp hoặc tội phạm mua bán hoá đơn GTGT sẽ được hạn chế và đẩy lùi. DN sẽ tự lựa chọn và đăng ký hình thức sử dụng hoá đơn ngay từ khi đăng ký cấp mã số thuế, đồng thời DN cũng thực hiện đăng ký hình thức sử dụng hoá đơn mà chủ yếu là hoá đơn tự in. Khi sử dụng hoá đơn tự in, DN vừa tự quảng bá thương hiệu của mình trên thị trường và tự chịu trách nhiệm về việc sử dụng hoá đơn của DN mình. Thực tế qua nhiều năm qua đã cho thấy chưa có hiện tượng mua, bán hoá đơn đối với các DN sử dụng hoá đơn tự in, vì trên loại hoá đơn này đã thể hiện đầy đủ thương hiệu, logo, mã số, tài khoản... nên một DN khác muốn sử dụng cũng không thể được. Còn đối với hoá đơn GTGT là một loại hoá đơn dùng chung nên dễ bị lợi dụng.