giới hạn về khơng gian, thời gian, vị trí địa lý, khả năng xử lý đờng thời khới lượng nghiệp vụ rất lớn, khả năng kiểm tra, xét duyệt, tởng hợp, phân tích trên hệ thớng mạng,…Bên cạnh đó, cơng nghệ thơng tin cũng mang lại những thách thức ảnh hưởng đến việc tở chức bộ máy kế toán, đó là khả năng gian lận của nhân viên kế toán sẽ cao hơn, độ bảo mật, an toàn thơng tin có thể bị ảnh hưởng nghiêm trọng do rất nhiều nguyên nhân khách quan và chủ quan. Bộ máy kế toán trong doanh nghiệp được tở chức khhoa học, hợp lý sẽ giúp hệ thớng thơng tin kế toán đáp ứng được các yêu cầu quản lý của doanh nghiệp trong việc ghi nhận, xử lý, cung cấp thơng tin và đảm bảo an toàn cho tài sản. Khi tở chức bộ máy kế toán cần lựa chọn hình thức thích hợp, phân chia các phần hành hay các bộ phận kế toán, xây dựng bảng mơ tả cho từng phần hành, sau đó phân cơng nhân sự cho từng phần hành kế toán. Dooanh nghiệp sử dụng phần mềm kế toán, cần dự kiến phân quyền truy cập hệ thớng cho từng nhân viên kế toán hay cho từng người sử dụng phần mềm kế toán.