Theo kết quả nghiên cứu của các Chương trình Biển từ 1981 đến1990 đã tập hợp lại các kết quả nghiên cứu từ trước, đồng thời tiến hành khảo sát các rạn san hô trên toànvùng biển ven bờ, các đảo ven bờ và vùng khơi (Trường Sa). Trong khi tiếp tục hoàn thiện nghiên cứu về thành phần loài đã chú trọng nghiên cứu cấu trúc rạn, tình hình phân bố, quần xã sinh vật trên rạn và đánh giá hiện trạng các nguyên nhân gây suy thoái các rạn san hô biển ở nước ta. Trên cơ sở các kết quả nghiên cứu, đề xuất các biện pháp bảo vệ nguồn lợi, xây dựng một số khu bảo tồn các rạn san hô thiên nhiên ở vùng biển nước ta. Từ năm 1986-1989 đã tổ chức các chuyến khảo sát ở các khu vực ven bờ như : Cát Bà, Hạ Long, Cô Tô, Nha Trang, Phú Quốc, Thổ Chu, Côn Đảo, Cồn Cỏ, cù lao Chàm và vùng nước xung quanh Trường Sa. Các kết quả nghiên cứu cho thấy biển Việt Nam có thành phần loài san hô phong phú không kém các vùng giàu san hô nhất ở phía tây Thái Bình Dương, nhưng có sự khác biệt giữa vùng biển phía bắc và phía nam, phụ thuộc vào sự khác biệt về điều kiện tự nhiên của hai vùng. Vùng biển phía bắc, bao gồm vịnh Bắc Bộ, có thành phần loài nghèo hơn vùng biển miền Trung và Nam, có khoảng 100 loài , trong đó chủ yếu là các dạng san hô khối, phủ, cột, dạng cành ít, với các loài rộng muối, rộng nhiệt. Về hình thái cấu trúc rạn, chủ yếu là dạng viền bờ (fringing type) cấu tạo ít nhiều khác biệt với các dạng kinh điển. Các rạn san hô kém phát triển, chiều rộng chỉ 10-100m, độ phủ dưới 25%. Quần xã sinh vật trên rạn cũng kém phong phú hơn so với vùng phía nam, thiếu các loài nhiệt đới điển hình, các dạng đặc trưng.