Khảo sát vi khuẩn escherichia coli sinh beta lactamase phổ rộng trên gà tại một số trại chăn nuôi ở đồng bằng sông cửu long

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ BÙI THỊ LÊ MINH KHẢO SÁT VI KHUẨN ESCHERICHIA COLI SINH BETA-LACTAMASE PHỔ RỘNG TRÊN GÀ TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG LUẬN ÁN TỐT NGHIỆP TIẾN SĨ CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI MÃ NGÀNH: 62 64 01 02 2018 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ BÙI THỊ LÊ MINH KHẢO SÁT VI KHUẨN ESCHERICHIA COLI SINH BETA-LACTAMASE PHỔ RỘNG TRÊN GÀ TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG LUẬN ÁN TỐT NGHIỆP TIẾN SĨ CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI MÃ NGÀNH: 62 64 01 02 CÁN BỘ HƢỚNG DẪN PGS TS LƢU HỮU MÃNH 2018 LỜI CẢM TẠ Trong suốt trình học tập hoàn thành luận án, nổ lực phấn đấu thân, nhận giúp đỡ nhiều người Nhân đây, gửi lời cảm ơn chân thành đến người quan tâm, lo lắng hỗ trợ tận tình cho tơi suốt thời gian qua Trước tiên, xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến ba mẹ người thân yêu gia đình Cám ơn ba mẹ khơng quản khó khăn, vất vả, bên cạnh động viên chỗ dựa tinh thần vững để giúp tơi tiếp bước đường học vấn đến ngày hôm Cảm ơn chồng tạo điều kiện tốt cho tơi có thời gian học tập, ln giành cho tơi tất tình u, khuyến khích ủng hộ thời gian học tập hồn thành luận án tiến sĩ Tơi xin chân thành cảm ơn PGS.TS Lưu Hữu Mãnh PGS.TS Nguyễn Nhựt Xuân Dung tận tình hướng dẫn, giúp đỡ, dành nhiều thời gian cơng sức giúp cho tơi có định hướng đắn trình học tập, thực nghiên cứu hoàn thành luận án tiến sĩ Thầy cô người khơi dậy truyền cho tơi lòng tự tin, niềm đam mê nghiên cứu khoa học Xin chân thành cảm ơn Ban Giám Hiệu trường Đại học Cần Thơ, Ban Chủ nhiệm Khoa Nông nghiệp Sinh học ứng dụng, Ban Chủ nhiệm Bộ môn Thú y tạo điều kiện cho học tập nâng cao trình độ chun mơn Cảm ơn quý thầy cô bạn đồng nghiệp động viên giúp đỡ suốt thời gian học tập Xin gửi lời cảm ơn đến cán Chi cục thú y, Trạm thú y, chủ hộ trại chăn nuôi tỉnh Vĩnh Long, Trà Vinh, Sóc Trăng, Hậu Giang học viên cao học, sinh viên đồng hành với trình thực luận án Kính chúc người thật dồi sức khỏe, hạnh phúc thành công sống Bùi Thị Lê Minh i TÓM TẮT Luận án thực để nghiên cứu E coli sinh ESBL gà Đồng sông Cửu Long Mục tiêu luận án (i) Xác định lưu hành E coli sinh ESBL gà quy mơ chăn ni trang trại hộ gia đình, yếu tố có liên quan trứng gà, người chăn nuôi, thịt gà sở giết mổ yếu tố môi trường khu vực chăn nuôi sở giết mổ gia cầm số tỉnh Đồng sông Cửu Long; (ii) Xác định đặc tính đề kháng kháng sinh E coli sinh ESBL số loại kháng sinh sử dụng phổ biến gà (iii) Đánh giá tương đồng di truyền gen CTX-M TEM vi khuẩn E coli sinh ESBL phân lập từ gà, trứng, người chăn nuôi môi trường chăn nuôi Mẫu nghiên cứu thu thập từ 304 hộ gia đình, 104 trang trại nuôi gà công nghiệp 12 sở giết mổ gia cầm tỉnh Vĩnh Long, Trà Vinh, Hậu Giang Sóc Trăng Vi khuẩn E coli sinh ESBL phân lập phương pháp đĩa kết hợp Tính nhạy cảm E coli sinh ESBL kháng sinh kiểm tra phương pháp khuếch tán thạch; 14 loại kháng sinh thử nghiệm ampicillin, cefaclor, cefuroxime, gentamicin, streptomycin, kanamycin, amikacin, tetracycline, doxycycline, norfloxacin, ofloxacin, trimethoprim/sulfamethoxazole, fosfomycin colistin Các vi khuẩn E coli sinh ESBL chọn lọc từ phương pháp đĩa kết hợp kết kháng sinh đồ dùng để xác định diện gen TEM, CTX-M SHV phương pháp PCR với cặp mồi đặc hiệu Phân tích trình tự nucleotide gen thực công ty Macrogen, Hàn Quốc Kết phân tích trình tự nucleotide gen TEM CTX-M so sánh tương đồng di truyền với gen TEM CTX-M giới sở liệu Ngân hàng gen thuộc Trung tâm Quốc gia Thông tin Công nghệ Sinh học, Hoa kỳ (NCBI) chương trình Blast Phần mềm Mega 6.0 sử dụng để xây dựng phả hệ di truyền phương pháp Maximum-likelihood Kết nghiên cứu thu sau: (i) Tỉ lệ lưu hành vi khuẩn E coli sinh ESBL gà Đồng sông Cửu Long 62,01% Tỉ lệ lưu hành vi khuẩn E coli sinh ESBL gà hộ gia đình (58,89%) thấp gà trang trại (70,32%) Gà lứa tuổi nhiễm E coli sinh ESBL Người chăn nuôi tiếp xúc trực tiếp với gà nhiễm E coli sinh ESBL với tỉ lệ cao 62,5% Vi khuẩn E coli sinh ESBL không phát vỏ trứng gà từ trang trại có 6% vỏ trứng gà từ hộ gia đình nhiễm E coli sinh ESBL Các yếu tố môi trường chăn nuôi gồm nước sinh hoạt, thức ăn máng ăn, nước máng uống khơng khí chuồng ni có vi khuẩn E coli sinh ESBL Tại 12 sở giết mổ, tỉ lệ nhiễm vi khuẩn E coli sinh ESBL mẫu phân, thịt, gan phổi 48,33% (87/180), 11,11% (20/180), 11, 67% (21/180) 5% (9/180) E coli sinh ESBL phát yếu tố môi trường sàn giết mổ, nước vặt lông nước thải ii (ii) Vi khuẩn E coli sinh ESBL phân lập từ gà người chăn nuôi gần tương đồng nhạy cảm đề kháng loại kháng sinh Các vi khuẩn E coli sinh ESBL phân lập từ gà người chăn nuôi đề kháng cao với ampicillin (96,6798,87%), cefaclor (92,6-97,5%), cefuroxime (91,4-100%) trimethoprim/sulfamethoxazole (75,0-81,24%) Vi khuẩn E coli sinh ESBL phân lập từ gà đa kháng – 14 vi khuẩn phân lập từ người chăn nuôi đa kháng 3-13 loại kháng sinh Có 359 kiểu hình đa kháng kháng sinh E coli sinh ESBL phân lập từ gà kiểu hình đa kháng kháng sinh E coli sinh ESBL phân lập từ người chăn nuôi gà 40 kiểu Tuy nhiên, vi khuẩn E coli sinh ESBL phân lập từ gà người chăn nuôi nhạy cảm cao amikacin (94,1794,73%), fosfomycin (92,20-96,67%) colistin (83,33-86,13%) (iii) Các gen TEM, SHV CTX-M phát với tỉ lệ cao vi khuẩn E coli sinh ESBL phân lập từ loại mẫu thu thập hộ gia đình, trang trại sở giết mổ Tỉ lệ lưu hành gen TEM (86,21%) CTX-M (84,15%) cao tỉ lệ lưu hành gen SHV (54,68%) Sự lưu hành đồng thời gen TEM, CTX-M, SHV vi khuẩn chiếm ưu Trình tự nucleotide gen CTX-M TEM có tương đồng cao với gen CTX-M-3 TEM-1 công bố Ngân hàng gen Các gen CTX-M TEM vi khuẩn E coli sinh ESBL phân lập từ gà, vỏ trứng, người chăn ni yếu tố mơi trường chăn ni có mối quan hệ di truyền gần Từ khóa: Đề kháng kháng sinh, gà, E coli, ESBL, CTX-M, SHV, TEM iii ABSTRACT The dissertation was carried out to research on ESBL producing E coli in chickens in Mekong Delta The aims of the dissertation were: (i) To determine the prevalence of ESBL producing E coli on chickens in industrial farms and small households, relative factors such as eggs, chicken rearers, chicken meat in slaughterhouses and the environmental factors of husbandry regions and slaughterhouses in Mekong Delta; (ii) To determine the antibiotic resistance characterization of ESBL producing E coli isolated to the most commonly antibiotics used for chickens and (iii) To evaluate the homologeneity of CTX-M and TEM genes in ESBL producing E coli isolated from chicken, egg, chicken rearer and husbandry environment Samples were collected from 304 households, 104 industrial chicken farms, and 12 chicken slaughterhouses in Vinh Long, Tra Vinh, Hau Giang and Soc Trang provinces ESBL producing E coli was isolated by combination disk method The antibiotic resistance of bacteria was performed by disk diffusion method Fourteen antibiotics including ampicillin, cefaclor, cefuroxime, gentamicin, streptomycin, kanamycin, amikacin, tetracycline, doxycycline, norfloxacin, ofloxacin, trimethoprim/sulfamethoxazole, fosfomycin and colistin were tested ESBL producing E coli isolates selected from the results of combination disk method and antimicrobial susceptibility test were determined TEM, SHV and CTX-M genes by PCR method with specific primers Analyzing genetic sequences of nucleotides of genes encoding ESBL was carried out at Macrogen company, Korea The genetic homologeneity were compared to the data base of genebank of National Center for Biotechnology Information (NCBI) by Blast software Mega 6.0 software was used for building phylogenetic tree and used Maximum-likelihood method The results are as follows: (i) The prevalence of ESBL producing E coli on chickens in the Mekong Delta was 62.01% The prevalence of them on chickens in households (58.89%) was slower than on chickens in in industrial farms (70.32%) The all of chicken ages were infected The farmers (chicken rearers) contacted directly to poultry were infected at high rate 62.5% ESBL producing E coli were not detected in egg shells from industrial farms while egg shells from households infected 6% The husbandry environmental factors including domestic water, feed and water in trough, air were all detected ESBL producing E coli At slaughterhouses, the prevalence of them in feacal, meat, liver and lung samples were 48.33%, 11.11%, 11.67% and 5% respectively ESBL producing E coli were also detected in the environmental factors such as floor, removing feather water and waste water (ii) Susceptibility and antibiotic resistance of ESBL producing E coli isolated from chickens and farmers seem to be similarity They were highly resistant iv to ampicillin (96.67-98.87%), cefaclor (92.6-97.5%), cefuroxime (91.4-100%) and trimethoprim/sulfamethoxazole (75.0-81.24%) ESBL producing E coli isolated from chickens were multiresistant to 2–14 antibiotics while those isolated from farmers were multiresistant to 3-13 antibiotics There were 359 antibiotic multiresistant phenotypes in ESBL producing E coli isolated from chicken while those from farmers were 40 However, these bacteria were highly sensitive to amikacin (94.17-94.73%), fosfomycin (92.20-96.67%) and colistin (83.33-86.13%) (iii) TEM, SHV and CTX-M genes were highly detected in ESBL producing E coli isolated from the all of samples collected in households, farms and slaughterhouses The prevalence of TEM (86.21%) and CTX-M (84.15%) genes was higher than the prevalence of SHV gene (54.68%) The occurence of TEM, CTX-M, SHV gene combination in a bacteria was popular Nucleotide sequences of TEM and CTX-M genes were significantly correlative TEM-1 and CTX-M-3 genes published on Gen Bank CTX-M and TEM genes in ESBL producing E coli isolated from chickens, egg shells, farmers and husbandry environment factors had the high genetic homologeneity Key words: Antibiotic resistance, chickens, E coli, ESBL, CTX-M, SHV, TEM v LỜI CAM KẾT KẾT QUẢ Tôi xin cam kết luận án hoàn thành dựa kết nghiên cứu với hướng dẫn PGS.TS Lưu Hữu Mãnh Các số liệu kết trình bày luận án trung thực chưa công bố tác giả khác luận án cấp trước Cần Thơ, ngày … tháng … năm 2018 Người hướng dẫn khoa học Tác giả luận án PGS.TS Lưu Hữu Mãnh Bùi Thị Lê Minh vi MỤC LỤC Lời cảm tạ i Tóm tắt tiếng Việt ii Tóm tắt tiếng Anh iv Lời cam kết kết vi Mục lục vii Danh mục bảng x Danh mục hình xii Danh mục viết tắt xiv Chƣơng 1: Giới thiệu 1.1 Tính cấp thiết luận án 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.3 Những điểm luận án Chƣơng 2: Tổng quan tài liệu Tổng quan vi khuẩn Escherichia coli 2.1.1 Lịch sử phát 2.1.2 Phân loại vi khuẩn Escherichia coli gây bệnh 2.1.3 Đặc điểm hình thái đặc tính ni cấy 2.1.4 Đặc tính sinh hóa 2.1.5 Cấu trúc kháng nguyên 2.1.6 Các yếu tố độc lực 10 2.1.7 Độc tố đường ruột chế sinh bệnh 11 2.1.8 Sức đề kháng 12 2.1.9 Dịch tễ học 13 2.2 Thuốc kháng sinh chế tác động thuốc kháng sinh 16 2.3 Đề kháng kháng sinh phân loại đề kháng 18 2.3.1 Đề kháng giả 18 2.3.2 Đề kháng thật 18 2.4 Cơ chế đề kháng kháng sinh vi khuẩn 20 2.4.1 Tạo men phân hủy thuốc 21 2.4.2 Thay đổi tính thấm tế bào vi khuẩn 22 2.4.3 Biến đổi vị trí gắn kết 23 2.4.4 Bơm đẩy thuốc kháng sinh 24 2.5 Những lợi ích tác động tiêu cực việc sử dụng kháng sinh chăn nuôi 25 vii 2.6 Tổng quan beta-lactamase phổ rộng 27 2.6.1 Lịch sử di truyền beta-lactamase phổ rộng 27 2.6.2 Phân loại beta-lactamase phổ rộng 30 2.6.3 Phương pháp phát vi khuẩn sinh beta-lactamase phổ rộng 32 2.7 Tình hình nghiên cứu E coli sinh ESBL 38 2.7.1 Tình hình nghiên cứu E coli sinh ESBL người 38 2.7.2 Tình hình nghiên cứu E coli sinh ESBL chăn nuôi gà 42 Chƣơng 3: Phƣơng tiện phƣơng pháp nghiên cứu 49 3.1 Nội dung, thời gian địa điểm nghiên cứu 49 3.2 Phương tiện nghiên cứu 50 3.2.1 Thiết bị 50 3.2.2 Hóa chất 50 3.3 Phương pháp nghiên cứu 50 3.3.1 Phương pháp thu thập mẫu 50 3.3.2 Phương pháp nuôi cấy phân lập E coli sinh ESBL 59 3.3.3 Phương pháp khảo sát tính nhạy cảm E coli sinh ESBL với kháng sinh 62 3.3.4 Phương pháp xác định gen CTX-M, TEM SHV 64 3.3.5 Phương pháp phân tích trình tự nucleotide gen TEM, CTX-M xây dựng phả hệ di truyền 66 3.3.6 Các tiêu theo dõi 67 3.3.7 Phương pháp phân tích thống kê 68 Chƣơng 4: Kết thảo luận 69 4.1 Sự lưu hành E coli sinh ESBL hộ gia đình trang trại 69 4.1.1 Sự lưu hành E coli sinh ESBL gà theo tỉnh 69 4.1.2 Sự lưu hành E coli sinh ESBL gà theo quy mô chăn nuôi 71 4.1.3 Sự lưu hành E coli sinh ESBL gà thịt theo lứa tuổi 74 4.1.4 Sự lưu hành E coli sinh ESBL gà tiêu chảy 74 4.1.5 Sự lưu hành E coli sinh ESBL trứng 75 4.1.6 Sự lưu hành E coli sinh ESBL môi trường chăn nuôi 76 4.1.7 Sự lưu hành E coli sinh ESBL người chăn nuôi 78 Sự lưu hành E coli sinh ESBL sở giết mổ 80 4.2.1 Kết phân lập E coli sinh ESBL gà 80 4.2.2 Kết phân lập E coli sinh ESBL môi trường giết mổ 85 4.3 Sự đề kháng kháng sinh E coli sinh ESBL 86 viii Bảng 24: Kết khảo sát tình hình xử lý phân gà chất lót chuồng Hộ gia đình (n=304) Chất thải Trang trại (n=104) Tỉ lệ (%) Số hộ Số trại Tổng (n=408) Tỉ lệ (%) Số hộ trại Tỉ lệ (%) Có xử lý 150 49,34 0 150 36,76 Không xử lý 154 50,66 104 100 258 63,24 Bảng 25: Các hình thức xử lý chất thải hộ gia đình trang trại chăn ni gà Chất thải Có xử lý Hình thức Hộ gia đình (n=304) Trang trại (n=104) Số hộ Số trại Tỉ lệ (%) Bổ sung men Balasa vào chất lót chuồng 92 30,26 0 Phân gà dùng nuôi cá 56 18,42 0 0,66 0 150 49,34 0 7,56 104 100 Đổ phân chất lót chuồng trực tiếp mương, đất vườn 131 43,10 0 Tổng 154 50,66 104 100 Đốt phân chất lót chuồng Tổng Bán phân chất lót chuồng Khơng xử lý Tỉ lệ (%) 23 Bảng 26: Các nguồn nước sử dụng cho chăn nuôi gà Nguồn nước Hộ gia đình (n=304) Trang trại (n=104) Tỉ lệ (%) Số hộ Số trại Tổng (n=408) Tỉ lệ (%) Số hộ trại Tỉ lệ (%) Nước giếng khoan 179 58,88 104 100 283 69,36 Nước máy 58 19,08 0 58 14,22 Nước sông 60 19,74 0 60 14,71 Nước mưa 2,3 0 1,71 186 PHỤ LỤC C: KẾT QUẢ PHÂN TÍCH THỐNG KÊ Kết phân tích thống kê so sánh tỉ lệ lƣu hành E coli sinh ESBL gà theo tỉnh Bảng 4.1: Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL gà theo tỉnh Tỉnh Số mẫu khảo sát (con) Số mẫu dương tính (con) Tỉ lệ (%) Vĩnh Long 590 389 65,93a Trà Vinh 550 378 68,73a Sóc Trăng 450 298 66,22a Hậu Giang 450 200 44,44b 2.040 1.265 62,01 Tổng Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 389 201 590 365,86 224,14 1,464 2,389 378 172 550 341,05 208,95 4,002 6,533 298 152 450 279,04 170,96 1,288 2,102 200 250 450 279,04 170,96 22,391 36,547 Total 1265 775 2040 Chi-Sq = 76,716 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 389 201 590 396,96 193,04 0,159 0,328 Total 378 172 550 370,04 179,96 0,171 0,352 767 373 1140 187 Chi-Sq = 1,010 DF = P-Value = 0,315 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 298 152 450 249,00 201,00 9,643 11,945 200 250 450 249,00 201,00 9,643 11,945 Total 498 402 900 Chi-Sq = 43,176 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 389 201 590 334,14 255,86 9,006 11,761 200 250 450 254,86 195,14 11,807 15,420 Total 589 451 1040 Chi-Sq = 47,994 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 378 172 550 317,90 232,10 11,362 15,562 200 250 450 260,10 189,90 13,887 19,021 Total 578 422 1000 Chi-Sq = 59,832 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 389 201 590 389,74 200,26 188 0,001 0,003 298 152 450 297,26 152,74 0,002 0,004 Total 687 353 1040 Chi-Sq = 0,010 DF = P-Value = 0,922 Kết so sánh tỉ lệ lƣu hành E coli sinh ESBL gà theo quy mô chăn nuôi Bảng 4.2: Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL gà theo quy mô chăn nuôi Gà thịt Quy mô chăn nuôi SMKS (con) SMDT (con) Hộ gia đình (n=1.484) 858 510 Trang trại (n=556) 338 1.196 Tổng Gà đẻ Tỉ lệ (%) 59,44b 626 364 58,15a 874 58,89b 295 87,29a 218 96 44,04b 391 70,32a 805 59,44 844 460 54,50 1.265 62,01 Dương tính Âm tính Total 510 348 858 577,50 280,50 7,890 16,243 295 43 338 227,50 110,50 20,027 41,233 Total 805 391 1196 Chi-Sq = 85,393 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 364 262 626 341,18 284,82 1,526 1,828 189 SMDT (con) Tỉ lệ (%) SMDT (con) Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Tỉ lệ (%) SMKS (con) Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Tổng 96 122 218 118,82 99,18 4,381 5,248 Total 460 384 844 Chi-Sq = 12,982 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 510 348 858 505,32 352,68 0,043 0,062 364 262 626 368,68 257,32 0,059 0,085 Total 874 610 1484 Chi-Sq = 0,250 DF = P-Value = 0,617 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 295 43 338 237,69 100,31 13,816 32,739 96 122 218 153,31 64,69 21,421 50,761 Total 391 165 556 Chi-Sq = 118,737 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 874 610 1484 920,23 563,77 2,322 3,790 Total 391 165 556 344,77 211,23 6,198 10,116 1265 775 2040 Chi-Sq = 22,426 DF = P-Value = 0,000 190 Kết so sánh tỉ lệ lƣu hành E coli sinh ESBL gà theo lứa tuổi Bảng 4.3: Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL gà theo lứa tuổi Tuần tuổi Số mẫu khảo sát (con) Số mẫu dương tính (con) Tỉ lệ (%) ≤1 464 301 64,87 2-4 467 316 67,67 >4 265 188 70,94 1.196 805 67,31 Tổng Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 301 163 464 312,31 151,69 0,409 0,843 316 151 467 314,33 152,67 0,009 0,018 188 77 265 178,37 86,63 0,520 1,071 Total 805 391 1196 Chi-Sq = 2,871 DF = P-Value = 0,238 Kết so sánh tỉ lệ lƣu hành E coli sinh ESBL môi trƣờng chăn nuôi Bảng 4.6: Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL môi trường chăn nuôi Loại mẫu Nước sinh hoạt Nước máng uống Thức ăn máng ăn Khơng khí Quy mơ chăn ni Số mẫu khảo sát Số mẫu dương tính Tỉ lệ (%) Hộ gia đình 60 5,0 Trang trại 20 5,0 Hộ gia đình 60 27 45,0 Trang trại 20 30,0 Hộ gia đình 60 15 25,0 Trang trại 20 30,0 Hộ gia đình 60 12 20,0b Trang trại 20 11 55,0a 191 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 27 33 60 24,75 35,25 0,205 0,144 14 20 8,25 11,75 0,614 0,431 Total 33 47 80 Chi-Sq = 1,393 DF = P-Value = 0,238 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 15 45 60 15,75 44,25 0,036 0,013 14 20 5,25 14,75 0,107 0,038 Total 21 59 80 Chi-Sq = 0,194 DF = P-Value = 0,660 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 12 48 60 17,25 42,75 1,598 0,645 11 20 5,75 14,25 4,793 1,934 Total 23 57 80 Chi-Sq = 8,970 DF = P-Value = 0,003 192 Kết so sánh tỉ lệ lƣu hành E coli sinh ESBL ngƣời chăn nuôi gà Bảng 4.7: Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL người chăn nuôi gà Quy mô chăn nuôi Số mẫu khảo sát (người) Số mẫu dương tính (người) Tỉ lệ (%) Hộ gia đình 60 36 60,0 Trang trại 20 14 70,0 Tổng 80 50 62,5 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 36 24 60 37,50 22,50 0,060 0,100 14 12,50 0,180 Total 20 7,50 0,300 50 30 80 Chi-Sq = 0,640 DF = P-Value = 0,424 Kết so sánh tỉ lệ nhiễm E coli sinh ESBL môi trƣờng giết mổ Bảng 4.10: Tỉ lệ nhiễm E coli sinh ESBL môi trường giết mổ Loại mẫu Số mẫu khảo sát Số mẫu dương tính Tỉ lệ (%) Khơng khí 12 0,00 Nguồn nước 12 0,00 Nước vặt lông 12 8,33b Nước thải 12 16,67b Sàn pha lóc 12 58,33a 193 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 11 12 3,33 8,67 1,633 0,628 2 3,33 0,533 10 12 8,67 0,205 3,33 4,033 12 8,67 1,551 Total 10 26 36 Chi-Sq = 8,585 DF = P-Value = 0,014 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 11 12 1,50 10,50 0,167 0,024 2 10 12 1,50 10,50 0,167 0,024 Total 21 24 Chi-Sq = 0,381 DF = P-Value = 0,537 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 10 12 4,50 7,50 1,389 0,833 4,50 1,389 Total 12 7,50 0,833 15 24 Chi-Sq = 4,444 DF = P-Value = 0,035 194 Kết so sánh tỉ lệ phân bố gen TEM, CTX-M, SHV E coli sinh ESBL phân lập từ loại mẫu Bảng 4.20: Sự phân bố gen CTX-M, TEM SHV E coli sinh ESBL phân lập từ loại mẫu Số chủng E coli sinh ESBL (n=631) Gen Số chủng dương tính Tỉ lệ dương tính (%) TEM 544 86,21a CTX-M 531 84,15a SHV 345 54,68b 14 2,22c Không phát hiện* Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 544 87 631 358,50 272,50 95,984 126,276 531 100 631 358,50 272,50 83,002 109,197 345 286 631 358,50 272,50 0,508 0,669 14 617 631 358,50 272,50 331,047 435,524 Total 1434 1090 2524 Chi-Sq = 1182,207 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 544 87 631 537,50 93,50 0,079 0,452 Total 531 100 631 537,50 93,50 0,079 0,452 1075 187 1262 Chi-Sq = 1,061 DF = P-Value = 0,303 195 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 544 87 631 444,50 186,50 22,273 53,084 345 286 631 444,50 186,50 22,273 53,084 Total 889 373 1262 Chi-Sq = 150,714 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 531 100 631 438,00 193,00 19,747 44,813 Total 345 286 631 438,00 193,00 19,747 44,813 876 386 1262 Chi-Sq = 129,120 DF = P-Value = 0,000 Kết so sánh kiểu diện gen TEM, CTX-M, SHV E coli sinh ESBL phân lập từ gà Bảng 4.25: Các kiểu diện gen CTX-M, TEM SHV E coli sinh ESBL phân lập từ gà Số mẫu dương tính (Tỉ lệ %) STT Gen CTX-M TEM SHV CTX-M, SHV CTX-M, TEM TEM, SHV CTX-M, TEM, SHV Vĩnh Long (n=173) 31 (17,92) 13 (7,51) (2,31) (1,73) 65 (37,57) 12 (6,94) 37 (21,38) Trà Vinh (n=61) (9,83) (3,27) (1,64) (11,47) 12 (19,67) 30 (49,18) 196 Sóc Trăng (n=122) (0,82) (4,92) (0,82) 73 (59,83) (0,82) 40 (32,78) Hậu Giang (n=132) (3,03) (5,30) (3,03) (3,03) 20 (15,15) (4,55) 84 (63,63) Tổng (n=488) 42 (8,61b) 22 (4,51cd) 14 (2,86df) (1,84f) 165 (33,81a) 31 (6,35bc) 191 (39,14a) Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 42 446 488 67,71 420,29 9,765 1,573 22 466 488 67,71 420,29 30,862 4,972 14 474 488 67,71 420,29 42,609 6,865 479 488 67,71 420,29 50,910 8,202 165 323 488 67,71 420,29 139,771 22,519 31 457 488 67,71 420,29 19,906 3,207 191 297 488 67,71 420,29 224,463 36,164 Total 474 2942 3416 Chi-Sq = 601,791 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 42 446 488 32,00 456,00 3,125 0,219 22 466 488 32,00 456,00 3,125 0,219 Total 64 912 976 Chi-Sq = 6,689 DF = P-Value = 0,010 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 197 22 466 488 18,00 470,00 0,889 0,034 14 474 488 18,00 470,00 0,889 0,034 Total 36 940 976 Chi-Sq = 1,846 DF = P-Value = 0,174 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 14 474 488 11,50 476,50 0,543 0,013 479 488 11,50 476,50 0,543 0,013 Total 23 953 976 Chi-Sq = 1,113 DF = P-Value = 0,291 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 22 466 488 15,50 472,50 2,726 0,089 479 488 15,50 472,50 2,726 0,089 Total 31 945 976 Chi-Sq = 5,630 DF = P-Value = 0,018 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 22 466 488 26,50 461,50 0,764 0,044 31 457 488 198 26,50 461,50 0,764 0,044 Total 53 923 976 Chi-Sq = 1,616 DF = P-Value = 0,204 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 14 474 488 22,50 465,50 3,211 0,155 31 457 488 22,50 465,50 3,211 0,155 Total 45 931 976 Chi-Sq = 6,733 DF = P-Value = 0,009 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 42 446 488 36,50 451,50 0,829 0,067 31 457 488 36,50 451,50 0,829 0,067 Total 73 903 976 Chi-Sq = 1,792 DF = P-Value = 0,181 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 165 323 488 178,00 310,00 0,949 0,545 Total 191 297 488 178,00 310,00 0,949 0,545 356 620 976 Chi-Sq = 2,989 DF = P-Value = 0,084 199 Kết so sánh kiểu diện gen TEM, CTX-M, SHV E coli sinh ESBL phân lập từ ngƣời chăn nuôi gà Bảng 4.26: Các kiểu diện gen CTX-M, TEM SHV E coli sinh ESBL phân lập từ người chăn nuôi gà Số mẫu dương tính (Tỉ lệ %) STT Gen CTX-M, TEM TEM, SHV TEM, CTX-M, SHV Vĩnh Long (n=5) Trà Vinh (n=4) Sóc Trăng (n=6) Hậu Giang (n=6) Tổng (n=21) (20) (16, 7) (16,7) (14,3b) (50) 0 (9,5b) (80) (50) (83,3) (83,3) 16 (76,2a) Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 18 21 7,00 14,00 2,286 1,143 2 19 21 7,00 14,00 3,571 1,786 16 21 7,00 14,00 11,571 5,786 Total 21 42 63 Chi-Sq = 26,143 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 18 21 9,50 11,50 4,447 3,674 16 21 9,50 11,50 4,447 3,674 Total 19 23 42 Chi-Sq = 16,243 DF = P-Value = 0,000 200 ... BÙI THỊ LÊ MINH KHẢO SÁT VI KHUẨN ESCHERICHIA COLI SINH BETA- LACTAMASE PHỔ RỘNG TRÊN GÀ TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG LUẬN ÁN TỐT NGHIỆP TIẾN SĨ CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC... hành vi khuẩn E coli sinh ESBL gà Đồng sông Cửu Long 62,01% Tỉ lệ lưu hành vi khuẩn E coli sinh ESBL gà hộ gia đình (58,89%) thấp gà trang trại (70,32%) Gà lứa tuổi nhiễm E coli sinh ESBL Người chăn. .. kháng sinh vấn đề quan tâm nghiên cứu sâu rộng giới, đặc biệt vi khuẩn E coli sinh betalactamase phổ rộng (E coli sinh ESBL) Bởi vi khuẩn E coli sinh ESBL khơng có khả bất hoạt hầu hết kháng sinh