Điều kiện ổn định:
Để đảm bảo sự ổn định của sơ đồ hiện, bước thời gian cực đại được tính theo hệ số Courant do Richtmyer và Morton đưa ra ()<1. Thông thường ngoài thuỷ triều còn có nhiều tác động khác, các thành phần của dòng chảy có thể được tạo ra do gió, các sóng, và lưu lượng của sông đổ ra. Mỗi tác động sẽ sinh ra một tốc độ tương ứng vì vậy số Courant được xác định chính xác hơn bằng:
(62)
với là vận tốc dòng chảy do thủy triều, là tốc độ dòng chảy do tác động của gió là vận tốc dòng chảy sinh ra do sóng, là tốc độ dòng chảy do sông đổ ra. Trong các vùng có dòng chảy mạnh, như là tại vùng thuỷ triều dâng, rút mạnh (lạch triều) dòng triều chiếm ưu thế còn trong vùng sóng đổ, dòng chảy sinh ra do sóng có thể mạnh hơn đáng kể so với dòng triều. Tại các vùng này thông thường cần chia độ phân giải bước lưới theo không gian nhỏ hơn. Sự kết hợp của các dòng chảy mạnh và các ô lưới nhỏ giới hạn kích thước bước thời gian cho phép.
+ Đều kiện biên mực nước cho dưới dạng các sóng triều: trong mô hình CMS-flow có thể cho phép tính toán với tám sóng triều khác nhau gồm có (M2, S2, N2, K2, K1, O1, M4, và M6).
+ Điều kiện biên mực nước cho dưới dạng chuỗi mực nước theo thời gian: loại điều kiện này được cho bằng file các giá trị mực nước.
+ Điều kiện biên mực nước và tốc độ dòng chảy theo thời gian: loại điều kiện biên này áp đặt các giá trị mực nước và tốc độ dòng chảy theo thời gian tại các ô lưới trên biên.
+ Điều kiện biên lưu lượng theo thời gian: theo cách này, tại các ô trên biên sẽ được gán giá trị lưu lượng.
+ Điều kiện biên phản xạ, không thấm: loại biên này thường gặp tại nơi giao nhau giữa đất và nước được coi như mặt tường. Tại các ô lưới biên kiểu này, nước chỉ có thể chảy theo hướng song song với mặt tiếp giáp đất và nước mà không thấm qua nó.
+ Điều kiện biên thích ứng theo trường sóng và trường tốc độ: điều kiện bên này cho phép tính đến các hiệu ứng của trường sóng đến mực nước ở vùng sát bờ (các hiệu ứng nước dâng, nước rút do sự biến đổi của thành phần ứng suất bức xạ sóng vuông góc với bờ). Đây được coi là một điểm mới đối với các mô hình tính toán dòng chảy khu vực sát bờ.
Để giải quyết đồng thời các yếu tố động lực sóng, dòng chảy, và mực nước, mô hình CMS-flow có thể kết nối với mô hình tính sóng CMS-wave. Việc kết kết nối được thực hiện thông qua mô đun điều khiển trong hệ thống SMS. Nhờ khả năng kết nối này mà hai mô hình có thể trao đổi các dữ liệu cho nhau. Trong khi kết nối, hai mô hình được đặt trên hai hệ trục toạ độ khác nhau hoặc trùng nhau trong miền tính phụ thuộc vào sự định hướng của đường bờ với hệ trục toạ độ. Hệ thống SMS tự động tính toán các phép quay cần thiết của các hệ trục toạ độ khi trao đổi các trường kết quả tính giữa hai mô hình. Thông qua mô đun điều khiển, có sáu cách lựa chọn tương tác cho việc kết nối giữa hai mô hình như sau:
+ Trao đổi một chiều: Các građien ứng suất bức xạ và các tham số sóng từ mô hình CMS-wave cung cấp cho mô hình CMS-flow.
+ Trao đổi một chiều: Dòng chảy từ mô hình CMS-flow cung cấp cho mô hình CMS-wave..
+ Trao đổi một chiều: Độ sâu tổng cộng và dòng chảy từ mô hình CMS-flow cung cấp cho mô hình CMS-wave.
+ Trao đổi hai chiều: Các građien ứng suất bức xạ và tham số sóng từ mô hình CMS-wave cung cấp cho mô hình CMS-flow và dòng chảy, mực nước từ mô hình CMS-flow cung cấp cho mô hình CMS-wave.
+ Trao đổi hai chiều: Các građien ứng suất bức xạ và các tham số sóng từ mô hình CMS-wave cung cấp cho mô hình CMS-flow và độ sâu tổng cộng từ mô hình CMS-flow cung cấp cho mô hình CMS-wave.