Tìm vùng bảo thủ, thiết kế mồi tách dòng gen sinh PEROXIDASE từ củ cải trắng

Tìm vùng bảo thủ, thiết kế mồi tách dòng gen sinh PEROXIDASE từ củ cải trắng

Bài tập Tinh Sinh học Đề tài: Tìm vùng bảo thủ, thiết kế mồi tách dòng gen sinh PEROXIDASE từ củ cải trắng Dự đoán kết trước biến nạp gen Nhóm Khái quát  Peroxidase có ứng dụng như:  Xử lý nước thải công nghiệp  Xác định hàm lượng thủy ngân nước ô nhiễm Phần 1: tìm vùng bảo thủ để thiết kế mồi Tìm vùng bảo thủ Tìm vùng bảo thủ Chạy chương trình ClustalW Chạy chương trình ClustalW Chạy chương trình ClustalW Tìm vùng bảo thủ theo protein Tìm vùng bảo thủ theo protein Thiết kế vector tách dòng Thiết kế vector tách dòng Cặp mồi lựa chọn  GAATTCGCCTTTAGTATCATTCTC  GAGCTCCCTAAAGAACTCATCTTG Phần 2: Dự đoán kết sản phẩm  Trình tự cần dự đoán tích chất  CGAGACGGTCGTCCATGGGTCGCCTCTTCCCTTCTTCGCGTCTCTCGCTCTCTCTCTTCC TCCTAGCAGTGGGATCAGCAGAAGCCCAGGCTCCGAGTTGGCTTCTACTCCAAGTCATGC CCTCATGCTGAGGTCCATCATCACCGAGGAGATCGACAGAGCCAGTCAGGGCGCTATAGA CCCCCTCCATTGGAGGCCCCACTCTCTCAGGCTCTTCTTCCACGAGCTGCTTCGTCAGAG GATGCGACGCCTCGCTTCTACTCAACGCCACCAGCTCGAGTAACCCGACGGAAAAGGAC GCCCCGCCGAACCAGTTCCTTAGGGGGCTTCCGCTCTCATCGACAGGATCAAGGCCGAG GCTGGAGAGGGCCTGCCCCTCTCACCGTCTCGTGCCGCCGATATCACTCGGTCTACCGCT CTCATTTGGCCAGGGACGTCGTACATCGCGGACCAGGGCCCATTCCTGGCAAGTCTCCTC ACGGCGGCCGGCAGGGACGAGGTTGCGTCTCCATCGCCAGTGAGGCCACGCAA Kiểm tra cấu trúc tương đồng Kiểm tra cấu trúc tương đồng Kiểm tra cấu trúc tương đồng Dự đoán kết tính chất gen  Các cấu trúc tương đồng chọn để dự đoán kết  Z22920.1 : 100%  XM_003568125.1: 62%  D14997.1: 54%  EU725469.1: 34%  NM_001153470.1: 36%  NM_001156283.1: 30% Cơ sở lựa chọn dãy  Các kết đặc tính gen công bố cấu trúc gen  Các cấu trúc khác thường công bố phần nhỏ gen cung cấp Kết đặc tính gen chọn  Z22920.1 hoạt tính  peroxidase, được công bố là mRNA của chủng  S.polyrrhiza  XM_003568125.1 Kết đặc tính gen chọn  D14997.1  Được công bố  MRNA  Oryza  Sativa  japonica Kết đặc tính gen chọn  EU725469.1 Kết đặc tính gen chọn  NM_001153470.1 Kết đặc tính gen chọn  NM_001156283.1 Kết luận  Đoạn gen cần xác định hoạt tính sinh học, có hoạt tính sinh học Enzyme peroxidase [...].. .Tìm đoạn bảo thủ để tách dòng gen  Chọn chủng sau tìm đoạn bảo thủ Thiết kế mồi tách dòng Thiết kế mồi tách dòng Thiết kế mồi tách dòng Thiết kế mồi tách dòng Kiểm tra sự bắt cặp của mồi Kiểm tra sự bắt cặp của mồi Kết luận  Vậy cặp mồi cấn thiết kế cho việc tách dòng gen là:  1 CGAAAACCACCAAAAACCTC  2 CCAACTTCACCATGCCTTCT Kết quả chạy iPCR Kết quả chạy iPCR Thiết kế vector tách dòng  Chạy... CCAACTTCACCATGCCTTCT Kết quả chạy iPCR Kết quả chạy iPCR Thiết kế vector tách dòng  Chạy NEB Chọn vector tách dòng pet Chọn Enzyme giới hạn  EcoRI :GAATTC  SacI :GAGCTC Thiết kế vector tách dòng Thiết kế vector tách dòng Cặp mồi được lựa chọn  GAATTCGCCTTTAGTATCATTCTC  GAGCTCCCTAAAGAACTCATCTTG Phần 2: Dự đoán kết quả sản phẩm  Trình tự cần dự đoán tích chất  CGAGACGGTCGTCCATGGGTCGCCTCTTCCCTTCTTCGCGTCTCTCGCTCTCTCTCTTCC... đồng Dự đoán kết quả tính chất của gen  Các cấu trúc tương đồng được chọn để dự đoán kết quả  Z22920.1 : 100%  XM_003568125.1: 62%  D14997.1: 54%  EU725469.1: 34%  NM_001153470.1: 36%  NM_001156283.1: 30% Cơ sở lựa chọn dãy trên  Các kết quả về đặc tính gen được công bố trên cấu trúc gen  Các cấu trúc khác thường được công bố là một phần nhỏ của gen cung cấp Kết quả đặc tính của các gen chọn... nhỏ của gen cung cấp Kết quả đặc tính của các gen chọn  Z22920.1 hoạt tính peroxidase,  được công bố là mRNA của chủng  S.polyrrhiza  XM_003568125.1 Kết quả đặc tính của các gen chọn  D14997.1  Được công bố là  MRNA của  Oryza  Sativa  japonica Kết quả đặc tính của các gen chọn  EU725469.1 Kết quả đặc tính của các gen chọn  NM_001153470.1 ... ClustalW Tìm vùng bảo thủ theo protein Tìm vùng bảo thủ theo protein Tìm đoạn bảo thủ để tách dòng gen  Chọn chủng sau tìm đoạn bảo thủ Thiết kế mồi tách dòng Thiết kế mồi tách dòng Thiết kế mồi tách. .. mồi tách dòng Thiết kế mồi tách dòng Kiểm tra bắt cặp mồi Kiểm tra bắt cặp mồi Kết luận  Vậy cặp mồi cấn thiết kế cho việc tách dòng gen là:  CGAAAACCACCAAAAACCTC  CCAACTTCACCATGCCTTCT Kết chạy... iPCR Kết chạy iPCR Thiết kế vector tách dòng  Chạy NEB Chọn vector tách dòng pet Chọn Enzyme giới hạn  EcoRI :GAATTC  SacI :GAGCTC Thiết kế vector tách dòng Thiết kế vector tách dòng Cặp mồi