(LUẬN văn THẠC sĩ) phân tích biến đổi di truyền của bệnh nhân mắc tật khuyết mống mắt ở việt nam

BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ ĐÀO TẠO VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Vũ Đình Chất LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CỦA BỆNH NHÂN MẮC TẬT KHUYẾT MỐNG MẮT Ở VIỆT NAM Hà Nội – tháng năm 2021 download by : skknchat@gmail.com BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ ĐÀO TẠO VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Vũ Đình Chất LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CỦA BỆNH NHÂN MẮC TẬT KHUYẾT MỐNG MẮT Ở VIỆT NAM Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 8420114 CÁN BỘ HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS.Nguyễn Hải Hà Hà Nội – tháng năm 2021 download by : skknchat@gmail.com Lời cam đoan Tôi xin cam đoan kết đề tài: “Phân tích biến đổi di truyền bệnh nhân mắc tật khuyết mống mắt Việt Nam” công trình nghiên cứu cá nhân tơi cộng Viện nghiên cứu Hệ gen thuộc Viện Hàn Lâm Khoa Học Việt Nam Các số liệu, kết luận văn trung thực chưa công bố cơng trình khác Nếu khơng nêu trên, tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm đề tài Hà Nội, tháng năm 2021 Học viên Vũ Đình Chất download by : skknchat@gmail.com Lời cảm ơn Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới TS Nguyễn Hải Hà – Phó Trưởng Phịng phân tích hệ gen, Viện nghiên cứu hệ gen, người thầy – người chị theo sát hướng dẫn suốt thời gian thực tập làm luận văn Thời gian làm tốt nghiệp lúc tơi gặp nhiều khó khăn nghĩ tới bỏ cuộc, vậy, chị Hà tận tình giúp tơi để tơi hồn thành Luận văn Những câu chữ ngắn gọn khó giúp tơi diễn tả lịng biết ơn chị Khoảng thời gian năm làm việc với chị giúp học nhiều điều chắn kiến thức thu lượm hành trang tốt cho tơi đường phía trước Qua đây, tơi xin gửi lời cảm ơn đặc biệt tới TS Nguyễn Đăng Tơn – Trưởng Phịng phân tích hệ gen, Ths Nguyễn Thị Thanh Hoa toàn thể anh chị em làm việc học tập Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban lãnh đạo Học viện Khoa học Công nghệ dành tâm huyết xây dựng môi trường nghiên cứu học tập sáng tạo cho toàn thể học viên Bên cạnh đó, để hồn thành khố học với nhiều thơng tin bổ ích khơng thể khơng nhắc tới tận tuỵ thầy cô Học viện, đặc biệt thầy cô công tác Khoa Công nghệ Sinh học Đồng thời xin gửi lời cám ơn chân thành tới toàn thể anh chị em cán học viện hỗ trợ nhiều thời gian theo học Cuối cùng, xin gửi lời tri ân tới bố mẹ, vợ con, người thân gia đình bạn bè, đồng nghiệp Labo IVF Hồng Ngọc ln hỗ trợ, khích lệ động viên tinh thần từ lúc đăng ký thi suốt trình học tập Học viện Tơi xin chân thành cảm ơn! download by : skknchat@gmail.com Danh mục ký hiệu chữ viết tắt Microarray-based Comparative Genomic Hybridization BAC/YAC Bacterial/Yeast artificial chromosome Lai so sánh hệ gen aCGH CTS C-terminal subdomain Tiểu vùng đầu C CTE C-terminal exptension Kéo dài đầu C DRR Downstream Regulatory Region Vùng điều hoà xi dịng EE Ectodermal enhancer ELP4 Elongator complex protein FISH Fluorescence in situ hybridization FOXC1 Forkhead Box C1 HD Homeodomain ITPR1 Inositol 1,4,5-Trisphosphate Receptor Type KMM Khuyết mống mắt LNK Linker region Vùng liên kết LOVD Leiden open variation database Cơ sở liệu đột biến mở MLPA Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification NMD Nonsense-mediated decay Phân huỷ qua trung gian vô nghĩa NTS N-terminal subdomain Tiểu vùng đầu N OMIM Online Mendelian Inheritance in Man Cơ sở liệu trực tuyến bệnh di truyền Menden người aCGH Nhiễm sắc thể vi khuẩn/ nấm nhân tạo Kỹ thuật lai huỳnh quang chỗ Vùng HD download by : skknchat@gmail.com PAX6 Paired box PD Pair domain PITX2 Paired-like homeodomain transcription factor P0/1/ α Promoter 0/1/α PST Proline-serine-threonine domain Vùng giàu proline, serine, threonine PTC Premature termination codon Mã kết thúc sớm TRIM44 Tripartite Motif Containing 44 UTR Untranslated region WAGR Vùng PD Vùng không dịch mã Wilms tumor-aniridia-genital anomalies-retardation WES Whole Exom Sequencing Giải trình tự tồn hệ gen biểu WGS Whole Genome Sequencing Giải trình tự tồn hệ gen WT1 Wilms' tumor download by : skknchat@gmail.com Danh mục bảng biểu hình ảnh HÌNH ẢNH Hình 1.1 Bệnh nhân KMM với đột biến PAX6 dị hợp tử biểu kiểu hình mắt đa dạng Hình 1.2: Lô-cut PAX6 người 10 Hình 1.3: Các đoạn ADN locus 11p13 chứa vùng điều hoà 3' PAX6 16 Hình 1.4: Tần xuất kiểu đột biến sở liệu đột biến PAX6 17 Hình 1.5: Chiến lược xét nghiệm di truyền bệnh nhân khuyết mống mắt 24 Hình 2.1: Sơ đồ phương pháp nghiên cứu 28 Hình 3.1: Điện di kiểm tra ADN tổng số gel agarose 0.8% 38 Hình 3.2: Kết phân tích MLPA bệnh nhân TMM4 41 Hình 3.3: Kết phân tích MLPA hai mẫu có đột biến đoạn 42 Hình 3.4: Ảnh minh hoạ điện di đồ sản phẩm PCR từ mẫu dị tật mống mắt 44 Hình 3.5: Kết so sánh trình tự vùng chứa exon gen PAX6 mẫu KMM với trình tự chuẩn 44 Hình 3.6: Kết so sánh trình tự vùng chứa exon gen PAX6 mẫu KMM với trình tự chuẩn 45 Hình 3.7: Kết so sánh trình tự vùng chứa exon gen PAX6 mẫu KMM với trình tự chuẩn 46 Hình 3.8: Kết so sánh trình tự vùng chứa exon gen PAX6 mẫu KMM với trình tự chuẩn 47 Hình 3.9: Kết so sánh trình tự vùng chứa exon 11 gen PAX6 mẫu KMM với trình tự chuẩn 48 Hình 3.10: So sánh kết phân tích MLPA bệnh nhân TMM12 (A) người mẹ mắc KMM (B) 54 download by : skknchat@gmail.com Hình 3.11: Sơ đồ phả hệ bệnh nhân TMM11 55 BẢNG BIỂU Bảng 1.1 Các thành phần điều hoà bảo thủ điều hoà biểu mắt gen PAX6 [26] 13 Bảng 2.1: Thông số cài đặt máy điện di mao quản để chạy phân tích MLPA 31 Bảng 2.2 Trình tự cặp mồi đặc hiệu cho khuếch đại vùng giáp ranh exonintron toàn exon gen PAX6 32 Bảng 2.3: Thành phần PCR khuếch đại gen PAX6 34 Bảng 3.1: Đặc điểm lâm sàng bệnh nhân KMM 37 Bảng 3.2: Nồng độ ADN tổng số xác định 39 Bảng 3.3: Bảng mối liên hệ giá trị DQ số lượng 40 Bảng 3.4 Các đột biến gen phát bệnh nhân KMM 49 Bảng 3.5: Đột biến kiểu hình bệnh nhân 50 download by : skknchat@gmail.com MỤC LỤC MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU TỔNG QUAN BỆNH KHUYẾT MỐNG 1.1.1 Đặc điểm lâm sàng 1.1.2 Hội chứng WGAR 1.1.3 Hội chứng Gellespie CƠ SỞ DI TRUYỀN PHÂN TỬ CỦA BỆNH KHUYẾT MỐNG MẮT 1.2.1 Cấu trúc chức gen PAX6 1.2.2 Sự điều hoà PAX6 12 1.2.3 Các đột biến PAX6 16 1.2.3.1 Đột biến mã kết thúc sớm 17 1.2.3.2 Biến dị kéo dài đầu C (CTE) 18 1.2.3.3 Đột biến sai nghĩa 18 1.2.3.4 Các đột biến vùng khơng mã hố 19 1.2.3.5 Đột biến cấu trúc 19 1.2.3.6 Đột biến hai alen 20 1.2.4 Các gen khác 20 PHƯƠNG PHÁP CHẨN ĐOÁN 21 1.3.1 Chẩn đoán lâm sàng 21 1.3.2 Chẩn đoán di truyền 22 TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU BỆNH KHUYẾT MỐNG MẮT 24 CHƯƠNG 2: NGUYÊN VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 27 download by : skknchat@gmail.com NGUYÊN VẬT LIỆU 27 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 27 2.1.2 Hoá chất thiết bị 27 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 28 2.2.1 Thu mẫu 29 2.2.2 Tách chiết đánh giá chất lượng ADN 29 2.2.3 Xác định đột biến cấu trúc MLPA 29 2.2.4 Giải trình tự gen Sanger 32 2.2.4.1 Thiết kế mồi PCR 32 2.2.4.2 Giải trình tự gen 35 2.2.4.3 Phân tích kết tìm đột biến sau giải trình tự 35 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 37 KẾT QUẢ 37 3.1.1 Kết thu thập mẫu nghiên cứu 37 3.1.2 Tách chiết ADN tổng số 38 3.1.3 Phân tích đột biến cấu trúc MLPA 39 3.1.4 Kết PCR khuếch đại gen PAX6 43 3.1.5 Phát đột biến phương pháp giải trình tự 44 3.1.6 Đánh giá mối liên hệ kiểu gen kiểu hình cho bệnh nhân 49 THẢO LUẬN 51 KẾT LUẬN 57 KIẾN NGHỊ 58 TÀI LIỆU THAM KHẢO 59 download by : skknchat@gmail.com 55 gia đình bao gồm bố đẻ bệnh nhân (Hình 3.11) Ngồi ra, chị gái ruột, hai bác gái gái bệnh nhân TMM11 mắc tật khuyết mống mắt tương tự Bệnh biểu đại gia đình bao gồm thị lực rung giật nhãn cầu, triệu chứng khác chưa thấy xuất Kết phân tích di truyền mẫu gái (mắc bệnh), chị gái (mắc bệnh), mẹ đẻ (không mắc bệnh) gái chị gái (không mắc bệnh) cho thấy kết đột biến c.112delC xuất dạng dị hợp tử người mắc bệnh Bệnh nhân báo cáo người cha có mắc KMM bẩm sinh nhiên, ông nên thực phân tích di truyền nghiên cứu Kết lần khẳng định tình trạng dị tật mống mắt bẩm sinh gia đình TMM11 di truyền phát sinh từ đời trước Hình 3.11: Sơ đồ phả hệ bệnh nhân TMM11 Bệnh nhân TMM11 tham gia vào nghiên cứu xác định mang đột biến c.112delC gen PAX6 Đột biến làm lệch khung đọc mở tạo mã kết thúc sớm Phả hệ xây dựng từ việc khai thác tiền sử gia đình bệnh nhân Theo đó, dị tật KMM xuất tổng thể đời phả hệ Một số người thân bệnh nhân mẹ đẻ, gái, chị gái, cháu gái lấy mẫu máu để xét nghiệm cho gen PAX6 Kết người thân mắc bệnh (chị gái gái) xác nhận mang đột biến tương tự với bệnh nhân Ngược lại, mẹ đẻ cháu gái khoẻ mạnh không mang đột biến download by : skknchat@gmail.com 56 Có số 14 bệnh nhân (35%) tham gia vào nghiên cứu khơng xác định có bất thường sử dụng hai phương pháp xét nghiệm MLPA giải trình tự gen Phương pháp MLPA giải trình tự sử dụng nghiên cứu phát biến đổi nhỏ vùng điều hoà mà nằm cách xa gen PAX6 SIMO EE Hơn nữa, số bất thường di truyền gen khác TRIM44, FOXC1, PITX2 chứng minh gây bệnh khuyết mống mắt [45, 66, 67] Do đó, chúng tơi tiến hành nghiên cứu sâu nhóm mẫu chưa phát đột biến gây bệnh nghiên cứu công nghệ cho phép phát đột biến gen có quy mơ lớn giải trình tự hệ gen biểu (WES) aCGH Hiện WES sử dụng phổ biến xét nghiệm di truyền bệnh gặp nhà nghiên cứu chưa định hình rõ nhóm bệnh mà bệnh nhân gặp phải Bằng cách sử dụng WES có nhiều đột biến vùng biểu gen khác xác định bệnh nhân mắc dị tật bẩm sinh Bên cạnh đó, aCGH phương pháp hữu hiệu cho xác định vi đoạn toàn hệ gen Nhiều đột biến vi đoạn xác định nhiễm sắc thể đồ, MLPA phát nhờ kỹ thuật aCGH Lợi ích aCGH nghiên cứu tật khuyết mống mắt nhiều nghiên cứu khác Thực vậy, năm 2016 Ansari cộng sử dụng aCGH có độ phân giải cao để tìm đột biến di truyền 42 trường hợp bệnh nhân âm tính với giải trình tự nội gen PAX6 Kết tác giả tìm 15 42 trường hợp có biến đổi cấu trúc nhỏ vùng 11p13 [45] Một số bệnh nhân 27 trường hợp lại mức hội chứng Gillespie có đột biến gen ITPR1 Do đó, số tác giả ước tính có khoảng 5% số trường hợp khuyết mống mắt không phát nguyên nhân [68] Do vậy, để xác định nguyên nhân di truyền bệnh nhân lại, aCGH với độ phân giải cao tập trung vào đột biến gen khác lựa chọn ưu tiên download by : skknchat@gmail.com 57 KẾT LUẬN Từ kết đạt nghiên cứu xin đưa số kết luận sau: - Đã ứng dụng thành cơng kỹ thuật MLPA giải trình tự gen để phát đột biến di truyền gây tật khuyết mống mắt người Việt Nam - Đã xác định đột biến gây bệnh 9/14 bệnh nhân khuyết mống mắt Trong đó, hai đột biến đoạn gen lớn đột biến điểm gen PAX6 - Kết nghiên cứu bổ xung thông tin vào sở liệu đột biến gen gây bệnh mắt cộng đồng người Việt Nam download by : skknchat@gmail.com 58 KIẾN NGHỊ Từ kết đáng khích lệ thu nghiên cứu mạnh dạn đưa kiến nghị sau: - Áp dụng phương pháp MLPA giải trình tự Sanger để sàng lọc đột biến gen PAX6 cho bệnh nhân khuyết mống mắt - Đối với bệnh nhân khơng có đột biến gen PAX6, tiếp tục sàng lọc mở rộng phương pháp khác phân tích aCGH, giải trình tự tồn hệ gen mã hóa (WES) giải trình tự tồn hệ gen (WGS) download by : skknchat@gmail.com 59 TÀI LIỆU THAM KHẢO Grønskov K, Olsen JH, Sand A, Pedersen W, Carlsen N, Bak Jylling AM, Lyngbye T, Brøndum-Nielsen K, Rosenberg T, 2001, Population-based risk estimates of Wilms tumor in sporadic aniridia A comprehensive mutation screening procedure of PAX6 identifies 80% of mutations in aniridia, Hum Genet, 109(1), pp 11-8 Robinson DO, Howarth RJ, Williamson KA, van Heyningen V, Beal SJ, Crolla JA, 2008, Genetic analysis of chromosome 11p13 and the PAX6 gene in a series of 125 cases referred with aniridia, Am J Med Genet A, 146A(5), pp 558-69 Hingorani M, Hanson I, van Heyningen V, 2012, Aniridia, Eur J Hum Genet, 20(10), pp 1011-7 Hill RE, Favor J, Hogan BL, Ton CC, Saunders GF, Hanson IM, Prosser J, Jordan T, Hastie ND, van Heyningen V, 1991, Mouse small eye results from mutations in a paired-like homeobox-containing gen, Nature, 354(6354), pp 522-5 Azuma N, Yamaguchi Y, Handa H, Tadokoro K, Asaka A, Kawase E, Yamada M, 2003, Mutations of the PAX6 gene detected in patients with a variety of optic-nerve malformations, Am J Hum Genet, 72(6), pp 1565-70 Schmidt-Sidor B, Szymańska K, Williamson K, van Heyningen V, Roszkowski T, Wierzba-Bobrowicz T, Zaremba J, 2009, Malformations of the brain in two fetuses with a compound heterozygosity for two PAX6 mutation, Folia Neuropathologica, 47(4), pp 371-82 Crolla JA, van Heyningen V, 2002, Frequent chromosome aberrations revealed by molecular cytogenetic studies in patients with aniridia, Am J Hum Genet, 71(5), pp 1138-49 Hingorani M, Williamson KA, Moore AT, van Heyningen V, 2009, Detailed ophthalmologic evaluation of 43 individuals with PAX6 mutations, Invest Ophthalmol Vis Sci, 50(6), pp 2581-90 download by : skknchat@gmail.com 60 Blanco-Kelly F, Palomares M, Vallespín E, Villaverde C, Martín-Arenas R, Vélez-Monsalve C, Lorda-Sánchez I, Nevado J, Trujillo-Tiebas MJ, Lapunzina P, Ayuso C, Corton M, 2007, Improving molecular diagnosis of aniridia and WAGR syndrome using customized targeted array-based CGH, PLOS ONE, 12(2), pp e0172363 10 Zhang X, Wang P, Li S, Xiao X, Guo X, Zhang Q, 2011, Mutation spectrum of PAX6 in Chinese patients with aniridia, Mol Vis, 17, pp 213947 11 Primignani P, Allegrini D, Manfredini E, Romitti L, Mauri L, Patrosso MC, Veniani E, Franzoni A, Del Longo A, Gesu GP, Piozzi E, Damante G, Penco S, 2016, Screening of PAX6 gene in Italian congenital aniridia patients revealed four novel mutation, Ophthalmic Genet, 37(3), pp 307-13 12 Redeker EJ, de Visser AS, Bergen AA, Mannens MM, 2008, Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) enhances the molecular diagnosis of aniridia and related disorders, Mol Vis, 14, pp 836-40 13 Nelson LB, Spaeth GL, Nowinski TS, Margo CE, Jackson L, 1984, Aniridia A review, Surv Ophthalmol, 28, pp 621-642 621-642 14 Lee H, Khan R, O'Keefe M, 2008, Aniridia: current pathology and management, Acta Ophthalmol, 86, pp 708-715 15 Thompson PJ, Mitchell TN, Free SL, Williamson KA, Hanson IM, van Heyningen V, Moore AT, Sisodiya SM, 2004, Cognitive functioning in humans with mutations of the PAX6 gene, Neurology, 62, pp 1216–1218 16 Fischbach BV, Trout KL, Lewis J, Luis CA, Sika M, 2005, WAGR syndrome: a clinical review of 54 cases, Pediatrics, 116, pp 984–988 17 Gronskov K, Rosenberg T, Sand A, Brondum-Nielsen K, 1999, Mutational analysis of PAX6: 16 novel mutations including missense mutations with a mild aniridia phenotype, Eur J Hum Genet, 7, pp 274–286 18 Valenzuela A, Cline RA, 2004, Ocular and nonocular findings in patients with aniridia, Can J Ophthalmol, 39, pp 632–638 download by : skknchat@gmail.com 61 19 Bamiou DE, Free SL, Sisodiya SM, Chong WK, Musiek F, Williamson KA, van Heyningen V, Moore AT, Gadian D, Luxon LM, 2007, Auditory interhemispheric transfer deficits, hearing difficulties, and brain magnetic resonance imaging abnormalities in children with congenital aniridia due to PAX6 mutations, Arch Pediatr Adolesc Med, 161, pp 463–469 20 Heyman I, Frampton I, van Heyningen V, Hanson I, Teague P, Taylor A, Simonoff E, 1999, Psychiatric disorder and cognitive function in a family with an inherited novel mutation of the developmental control gene PAX6, Psychiatr Genet, 9, pp 85–90 21 Breslow NE, Collins AJ, Ritchey ML, Grigoriev YA, Peterson SM, Green DM, 2005, End stage renal disease in patients with Wilms tumor: results from the National Wilms Tumor Study Group and the United States Renal Data System, J Urol , 174, pp 1972–1975 22 McEntagart M, Williamson KA, Rainger JK, Wheeler A, Seawright A, De Baere E, Verdin H, Bergendahl LT, Quigley A, Rainger J, Dixit A, Sarkar A, López Laso E, Sanchez-Carpintero R, Barrio J, Bitoun P, Prescott T, Riise R, McKee S, Cook J, McKie L, Ceulemans B, Meire F, Temple IK, Prieur F, Williams J, Clouston P, Németh AH, Banka S, Bengani H, Handley M, Freyer E, Ross A; DDD Study, van Heyningen V, Marsh JA, Elmslie F, FitzPatrick DR, 2016, A Restricted repertoire of de novo mutations in ITPR1 cause gillespie syndrome with evidence for dominant-negative effect, Am J Hum Genet, 98, pp 981-992 23 Gerber S, Alzayady KJ, Burglen L, Brémond-Gignac D, Marchesin V, Roche O, Rio M, Funalot B, Calmon R, Durr A, Gil-da-Silva-Lopes VL, Ribeiro Bittar MF, Orssaud C, Héron B, Ayoub E, Berquin P, Bahi-Buisson N, Bole C, Masson C, Munnich A, Simons M, Delous M, Dollfus H, Boddaert N, Lyonnet S, Kaplan J, Calvas P, Yule DI, Rozet JM, Fares Taie L, 2016, Recessive and Dominant De Novo ITPR1 Mutations Cause Gillespie Syndrome, Am J Hum Genet, 98, pp 971-980 download by : skknchat@gmail.com 62 24 Kleinjan DA, Seawright A, Schedl A, Quinlan RA, Danes S, van Heyningen V, 2001, Aniridia-associated translocations, DNase hypersensitivity, sequence comparison and transgenic analysis redefine the functional domain of PAX6, Hum Mol Genet, 10, pp 2049–2059 25 Bhatia S, Bengani H, Fish M, Brown A, Divizia MT, de Marco R, Damante G, Grainger R, van Heyningen V, Kleinjan DA, 2013, Disruption of autoregulatory feedback by a mutation in a remote, ultraconserved PAX6 enhancer causes aniridia, Am J Hum Genet, 93, pp 1126-1134 26 Lima Cunha D, Arno G, Corton M, Moosajee M, 2019, The Spectrum of PAX6 Mutations and Genotype-Phenotype Correlations in the Eye, Genes (Basel), 10, pp 1050 27 Singh S, Chao LY, Mishra R, Davies J, Saunders GF, 2001, Missense mutation at the C-terminus of PAX6 negatively modulates homeodomain function, Hum Mol Genet, 10, pp 911-918 28 Tang HK, Singh S, Saunders GF, 1998 , Dissection of the transactivation function of the transcription factor encoded by the eye developmental gene PAX6, J Biol Chem, 273, pp 7210-7221 29 Azuma N, Yamaguchi Y, Handa H, Hayakawa M, Kanai A, Yamada M, 1999, Missense mutation in the alternative splice region of the PAX6 gene in eye anomalies, Am J Hum Genet, 65, pp 656-663 30 Carriere C, Plaza S, Martin P, Quatannens B, Bailly M, Stehelin D, Saule S, 1993, Characterization of quail Pax-6 (Pax-QNR) proteins expressed in the neuroretina, Mol Cell Biol, 13, pp 7257-7266 31 Kleinjan DA, Seawright A, Mella S, Carr CB, Tyas DA, Simpson TI, Mason JO, Price DJ, van Heyningen V, 2006, Long-range downstream enhancers are essential for Pax6 expression, Dev Biol, 299, pp 563-581 32 Lakowski J, Majumder A, Lauderdale JD, 2007, Mechanisms controlling Pax6 isoform expression in the retina have been conserved between teleosts and mammals, Dev Biol, 307, pp 498-520 download by : skknchat@gmail.com 63 33 Azuma N, Tadokoro K, Asaka A, Yamada M, Yamaguchi Y, Handa H, Matsushima S, Watanabe T, Kohsaka S, Kida Y, Shiraishi T, Ogura T, Shimamura K, Nakafuku M, 2005, The Pax6 isoform bearing an alternative spliced exon promotes the development of the neural retinal structure, Hum Mol Genet, 14, pp 735-745 34 Zhang W, Cveklova K, Oppermann B, Kantorow M, Cvekl A, 2001, Quantitation of PAX6 and PAX6 (5a) transcript levels in adult human lens, cornea, and monkey retina, Mol Vis, 7, pp 1-5 35 Sasamoto Y, Hayashi R, Park SJ, Saito-Adachi M, Suzuki Y, Kawasaki S, Quantock AJ, Nakai K, Tsujikawa M, Nishida K, 2016, PAX6 Isoforms, along with Reprogramming Factors, Differentially Regulate the Induction of Cornea-specific Genes, Sci Rep , 6, p 20807 36 Aota S, Nakajima N, Sakamoto R, Watanabe S, Ibaraki N, Okazaki K, 2003, Pax6 autoregulation mediated by direct interaction of Pax6 protein with the head surface ectoderm-specific enhancer of the mouse Pax6 gene, Dev Biol , 257, pp 1-13 37 Pinson J, Mason JO, Simpson TI, Price DJ, 2005, Regulation of the Pax6: Pax6 (5a) mRNA ratio in the developing mammalian brain, BMC Dev Biol , 5, p 13 38 Kammandel B, Chowdhury K, Stoykova A, Aparicio S, Brenner S, Gruss P, 1999, Distinct cis-essential modules direct the time-space pattern of the Pax6 gene activity, Dev Biol , 205, pp 79-97 39 Xu ZP, Saunders GF, 1997, Transcriptional regulation of the human PAX6 gene promoter, J Biol Chem , 272, pp 3430-3436 40 Inoue M, Kamachi Y, Matsunami H, Imada K, Uchikawa M, Kondoh H, 2007, PAX6 and SOX2-dependent regulation of the Sox2 enhancer N-3 involved in embryonic visual system development, Genes Cells, 12, pp 10491061 41 McBride DJ, Buckle A, van Heyningen V, Kleinjan DA, 2011, DNaseI hypersensitivity and ultraconservation reveal novel, interdependent long- download by : skknchat@gmail.com 64 range enhancers at the complex Pax6 cis-regulatory region, PLoS One, 6, p e28616 42 Griffin C, Kleinjan DA, Doe B, van Heyningen V, 2002, New 30 elements control Pax6 expression in the developing pretectum, neural retina and olfactory region, Mech Dev, 112, pp 89-100 43 Patricia V Dimanlig, Sonya C Faber, Woytek Auerbach, Helen P Makarenkova, Richard A Lang, 2001, The upstream ectoderm enhancer in Pax6 has an important role in lens induction, Development, 128, pp 4415– 4424 44 Zhang X, Friedman A, Heaney S, Purcell P, Maas RL, 2002, Meis homeoproteins directly regulate Pax6 during vertebrate lens morphogenesis, Genes Dev, 2002, 16, pp 2097-107 45 Ansari M, Rainger J, Hanson IM, Williamson KA, Sharkey F, Harewood L, Sandilands A, Clayton-Smith J, Dollfus H, Bitoun P, Meire F, Fantes J, Franco B, Lorenz B, Taylor DS, Stewart F, Willoughby CE, McEntagart M, Khaw PT, Clericuzio C, Van Maldergem L, Williams D, Newbury-Ecob R, Traboulsi EI, Silva ED, Madlom MM, Goudie DR, Fleck BW, Wieczorek D, Kohlhase J, McTrusty AD, Gardiner C, Yale C, Moore AT, Russell-Eggitt I, Islam L, Lees M, Beales PL, Tuft SJ, Solano JB, Splitt M, Hertz JM, Prescott TE, Shears DJ, Nischal KK, Doco-Fenzy M, Prieur F, Temple IK, Lachlan KL, Damante G, Morrison DA, van Heyningen V, FitzPatrick DR, 2016, Genetic Analysis of ‘PAX6-Negative’ Individuals with Aniridia or Gillespie Syndrome, PLoS One, 11, p e0153757 46 Macdonald GC, Hesselson SE, Chan JY, Jenkins AB, Laybutt DR, Hesselson D, Campbell LV, 2019, Deletion distal to the PAX6 coding region reveals a novel basis for familial cosegregation of aniridia and diabetes mellitus, Diabetes Res Clin Pract, 48, pp 64-71 47 Plaisancié J, Tarilonte M, Ramos P, Jeanton-Scaramouche C, Gaston V, Dollfus H, Aguilera D, Kaplan J, Fares-Taie L, Blanco-Kelly F, Villaverde C, Francannet C, Goldenberg A, Arroyo I, Rozet JM, Ayuso C, Chassaing N, download by : skknchat@gmail.com 65 Calvas P, Corton M, 2018, Implication of non-coding PAX6 mutations in aniridia, Hum Genet, 137, pp 831-846 48 Bhatia S, Monahan J, Ravi V, Gautier P, Murdoch E, Brenner S, van Heyningen V, Venkatesh B, Kleinjan DA, 2014, A survey of ancient conserved non-coding elements in the PAX6 locus reveals a landscape of interdigitated cis-regulatory archipelagos, Dev Biol, 387, pp 214-228 49 Moosajee M, Hingorani M, Moore AT, 2003, PAX6-Related Aniridia, In GeneReviews 50 Tzoulaki I, White IM, Hanson IM, 2005, PAX6 mutations: Genotypephenotype correlations, BMC Genet, 6, p 27 51 Celik A, Kervestin S, Jacobson A, 2015, At the crossroads between translation termination and ribosome recycling, Biochimie, 114, pp 2-9 52 Inoue K, Khajavi M, Ohyama T, Hirabayashi S, Wilson J, Reggin JD, Mancias P, Butler IJ, Wilkinson MF, Wegner M, Lupski JR, 2004, Molecular mechanism for distinct neurological phenotypes conveyed by allelic truncating mutations, Nat Genet, 36, pp 361-369 53 Vasilyeva TA, Voskresenskaya AA, Käsmann-Kellner B, Khlebnikova OV, Pozdeyeva NA, Bayazutdinova GM, Kutsev SI, Ginter EK, Semina EV, Marakhonov AV, Zinchenko RA, 2017, Molecular analysis of patients with aniridia in Russian Federation broadens the spectrum of PAX6 mutations, Clin Genet, 92, pp 639-644 54 Bobilev AM, McDougal ME, Taylor WL, Geisert EE, Netland PA, Lauderdale JD, 2016, Assessment of PAX6 alleles in 66 families with aniridia, Clin Genet, 89, pp 669-677 55 Williamson KA, FitzPatrick DR, 2014, The genetic architecture of microphthalmia, anophthalmia and coloboma, Eur J Med Genet, 57, pp 369380 56 Harding P, Moosajee M, 2019, The Molecular Basis of Human Anophthalmia and Microphthalmia, J Dev Biol, 7, p 16 download by : skknchat@gmail.com 66 57 eml B, Reis LM, Lemyre E, Clark RD, Kariminejad A, Semina EV, 2016, Novel mutations in PAX6, OTX2 and NDP in anophthalmia, microphthalmia and coloboma, Eur J Hum Genet, 24, pp 535-541 58 Perenthaler E, Yousefi S, Niggl E, Barakat TS, 2019, Beyond the Exome: The Non-coding Genome and Enhancers in Neurodevelopmental Disorders and Malformations of Cortical Development, Front Cell Neurosci, 13, p 352 59 Protas ME, Weh E, Footz T, Kasberger J, Baraban SC, Levin AV, Katz LJ, Ritch R, Walter MA, Semina EV, Gould DB, 2017, Mutations of conserved non-coding elements of PITX2 in patients with ocular dysgenesis and developmental glaucoma, Hum Mol Genet, 26, pp 3630-3638 60 Filatova AY, Vasilyeva TA, Marakhonov AV, Voskresenskaya AA, Zinchenko RA, Skoblov MY, 2019, Functional reassessment of PAX6 single nucleotide variants by in vitro splicing assay, Eur J Hum Genet, 27, pp 488493 61 Yokoi T, Nishina S, Fukami M, Ogata T, Hosono K, Hotta Y, Azuma N, 2016, Genotype-phenotype correlation of PAX6 gene mutations in aniridia, Hum Genome Var, 3, p 15052 62 Hall HN, Williamson KA, FitzPatrick DR, 2019, The genetic architecture of aniridia and Gillespie syndrome, Hum Genet, 138, pp 881-898 63 Glaser T, Jepeal L, Edwards JG, Young SR, Favor J, Maas RL, 1994, PAX6 gene dosage effect in a family with congenital cataracts, aniridia, anophthalmia and central nervous system defects, Nat Genet, 7, pp 463-471 64 olomon BD, Pineda-Alvarez DE, Balog JZ, Hadley D, Gropman AL, Nandagopal R, Han JC, Hahn JS, Blain D, Brooks B, Muenke M, 2009, Compound heterozygosity for mutations in PAX6 in a patient with complex brain anomaly, neonatal diabetes mellitus, and microophthalmia, Am J Med Genet A, 149A, pp 2543-2546 65 Perveen R, Lloyd IC, Clayton-Smith J, Churchill A, van Heyningen V, Hanson I, Taylor D, McKeown C, Super M, Kerr B, Winter R, Black GC, download by : skknchat@gmail.com 67 2000, Phenotypic variability and asymmetry of Rieger syndrome associated with PITX2 mutations, Invest Ophthalmol Vis Sci, 41, pp 2456-2460 66 Sadagopan KA, Liu GT, Capasso JE, Wuthisiri W, Keep RB, Levin AV, 2015, Anirdia-like phenotype caused by 6p25 dosage aberrations, Am J Med Genet A, 167A, pp 524-528 67 Zhang X, Qin G, Chen G, Li T, Gao L, Huang L, Zhang Y, Ouyang K, Wang Y, Pang Y, Zeng B, Yu L, 2015, Variants in TRIM44 cause aniridia by impairing PAX6 expression, Hum Mutat, 36, pp 1164-1167 68 Hall HN, Williamson KA, FitzPatrick DR, 2019, The genetic architecture of aniridia and Gillespie syndrome, Hum Genet, 138, pp 881-898 69 Thomas MG, Kumar A, Mohammad S, Proudlock FA, Engle EC, Andrews C, Chan WM, Thomas S, Gottlob I, 2011, Structural grading of foveal hypoplasia using spectral-domain optical coherence tomography a predictor of visual acuity, Ophthalmology, 118, pp 1653-1660 70 Fantes JA, Bickmore WA, Fletcher JM, Ballesta F, Hanson IM, van Heyningen V, 1992, Submicroscopic deletions at the WAGR locus, revealed by nonradioactive in situ hybridization, Am J Hum Genet, 51, pp 1286–1294 71 Hu L, Liang F, Cheng D, Zhang Z, Yu G, Zha J, Wang Y, Xia Q, Yuan D, Tan Y, Wang D, Liang Y, Lin G, 2020, Location of Balanced ChromosomeTranslocation Breakpoints by Long-Read Sequencing on the Oxford Nanopore Platform, Front Genet, 10, p 1313 72 Dolan M, Berry SA, Rubin KR, Hirsch B, 2011, Deletion and duplication of 11p13-11p14: reciprocal aberrations derived from a paternal insertion, Am J Med Genet A, 155A, pp 2775–2783 73 Ito YA, Footz TK, Berry FB, Mirzayans F, Yu M, Khan AO, Walter MA, 2009, Severe molecular defects of a novel FOXC1 W152G mutation result in aniridia, Invest Ophthalmol Vis Sci, 50, pp 3573-3579 74 Semina EV, Ferrell RE, Mintz-Hittner HA, Bitoun P, Alward WL, Reiter RS, Funkhauser C, Daack-Hirsch S, Murray JC, 1998, A novel homeobox download by : skknchat@gmail.com 68 gene PITX3 is mutated in families with autosomal-dominant cataracts and ASMD, Nat Genet, 19, pp 167-170 75 D'Elia AV, Pellizzari L, Fabbro D, Pianta A, Divizia MT, Rinaldi R, Grammatico B, Grammatico P, Arduino C, Damante G, 2007, A deletion 3' to the PAX6 gene in familial aniridia cases, Mol Vis, 13, pp 1245-1250 76 Wawrocka A, Budny B, Debicki S, Jamsheer A, Sowinska A, Krawczynski MR, 2012, PAX6 3' deletion in a family with aniridia, Ophthalmic Genet, 33, pp 44-48 77 Davis LK, Meyer KJ, Rudd DS, Librant AL, Epping EA, Sheffield VC, Wassink TH, 2008, Pax6 3' deletion results in aniridia, autism and mental retardation, Hum Genet, 123, pp 371-378 78 Kleinjan DA, Seawright A, Childs AJ, van Heyningen V, 2004, Conserved elements in Pax6 intron involved in (auto)regulation and alternative transcription, Dev Biol, 265, pp 462-477 79 Vance KW, Sansom SN, Lee S, Chalei V, Kong L, Cooper SE, Oliver PL, Ponting CP, 2014, The long non-coding RNA Paupar regulates the expression of both local and distal genes, EMBO J, 33, pp 296-311 80 Roux LN, Petit I, Domart R, Concordet JP, Qu J, Zhou H, Joliot A, Ferrigno O, Aberdam D, 2018, Modeling of Aniridia-Related Keratopathy by CRISPR/Cas9 Genome Editing of Human Limbal Epithelial Cells and Rescue by Recombinant PAX6 Protein, Stem Cells, 36(9), pp.1421-1429 81 Phạm Thị Chi Lan (2008), “Nhận xét 30 trường hợp tật không mống mắt từ 2000 - 2007 BV Mắt TP.HCM”, Hội nghị Nhãn khoa toàn quốc Việt nam TP.HCM 11-13/9/2008 82 Lê Đỗ Thuỳ Lan cộng sự, 2010, “Khảo sát tỷ lệ dị tật bẩm sinh mắt Bệnh viện mắt thành phố Hồ Chí Minh tuyến sở”, Y học thực hành, 11, pp 45-51 83 Vũ Thị Bích Thuỷ, Trần Thu Hà, 2010, Nhân trường hợp glơcơm bẩm sinh khơng có mống mắt, Tạp chí nhãn khoa Việt Nam, 19, pp 49-51 download by : skknchat@gmail.com 69 download by : skknchat@gmail.com ... VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Vũ Đình Chất LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CỦA BỆNH NHÂN MẮC TẬT KHUYẾT MỐNG MẮT Ở VIỆT NAM Chuyên... ? ?Phân tích biến đổi di truyền bệnh nhân mắc tật khuyết mống mắt Việt Nam? ?? cơng trình nghiên cứu cá nhân cộng Viện nghiên cứu Hệ gen thuộc Viện Hàn Lâm Khoa Học Việt Nam Các số liệu, kết luận văn. .. cứu Việt Nam công bố di truyền phân tử bệnh KMM Mặc dù có nhiều vấn đề với mắt, hầu hết bệnh nhân mắc dị tật khuyết mống mắt bảo tồn thị lực chăm sóc phù hợp Trong số bệnh nhân KMM, 2/3 số ca mắc